Le niveau supérieur pour l’élevage de poissons en Europe
Les programmes de sélection des principales espèces européennes de poissons varient en termes de taille, de structure et de niveau technologique. On observe une tendance en faveur de l’amélioration génétique des poissons utilisés dans les élevages pour augmenter l’efficacité et les profits de l’aquaculture. Le projet FISHBOOST (Improving European aquaculture by advancing selective breeding to the next level for the six main finfish species), financé par l’UE, est un effort de recherche mené en collaboration avec l’industrie qui a examiné les principales composantes des programmes d’élevage pour le saumon atlantique, la carpe commune, le bar commun, la dorade royale, la truite arc-en-ciel et le turbot. FISHBOOST a rassemblé des scientifiques réputés issus de 14 institutions et de 11 entreprises. En tant que coordinatrice du projet et scientifique confirmée chez Nofima, la Dre Anna Sonesson explique que «l’objectif principal de FISHBOOST était d’améliorer l’efficacité et la rentabilité de l’aquaculture européenne en faisant passer l’élevage sélectif au niveau supérieur pour chacune des six principales espèces de poissons , par le biais de recherches menées en collaboration avec l’industrie». Des outils innovants pour la pisciculture En aquaculture commerciale, les maladies causées par des virus, des parasites ou des bactéries ont un impact économique majeur, entraînant une augmentation de la mortalité ou une réduction de la productivité, et nécessitant parfois des traitements coûteux. En outre, les épidémies affectent négativement le bien-être des poissons et, si les environnements marins et d’eau douce sont affectés, elles menacent les populations de poissons sauvages. FISHBOOST a étudié les marqueurs génétiques de la maladie dans l’ensemble du génome, en entreprenant la plus grande étude de génotypage par séquençage d’espèces aquacoles au monde à ce jour. Les chercheurs ont produit des bases de données sur les marqueurs de polymorphisme mononucléotidique et des cartes de liaison génétique, ainsi que des estimations de l’héritabilité des maladies chez les poissons les plus communs. Une étude d’épidémiologie génétique sur le turbot a démontré que les variations de la résistance aux maladies pouvaient s’exprimer en termes de tolérance, de résilience et d’infectivité. La cartographie de la variation génétique a permis aux scientifiques de sélectionner des espèces présentant une résistance accrue aux maladies, améliorant ainsi les programmes de sélection aquacoles existants. Le projet a également validé et mis en œuvre l’emploi de caractères liés aux lipides en tant qu’indicateurs de l’efficacité de la production, tels que le rendement en filets. Ces caractères liés aux lipides servent à améliorer génétiquement la survie hivernale de la carpe commune. De plus, l’élevage sélectif pour le développement des produits alimentaires permet de sélectionner des poissons génétiquement capables de s’adapter à des régimes difficiles comportant des quantités croissantes d’ingrédients multiples. En utilisant les ensembles de données FISHBOOST, les méthodologies génomiques ont permis une amélioration de la précision de la sélection des poissons allant jusqu’à 22 % par rapport aux pratiques traditionnelles. En outre, les méthodes de sélection génomique propres à chacune des six espèces étudiées ont apporté des avantages économiques. FISHBOOST a également développé le logiciel BASEPOP pour la sélection d’individus en vue de nouveaux programmes de sélection en aquaculture, tandis que l’outil FISHBOOSTSEL a optimisé le gain génétique en aidant à décider des accouplements entre les différents bassins. L’avenir de l’élevage sélectif Le projet a permis de mettre en évidence, auprès des parties prenantes et des pisciculteurs, l’importance et l’utilité de l’élevage sélectif pour une aquaculture durable. Grâce à de nouveaux outils et caractères inclus dans l’objectif d’élevage, les chercheurs ont insisté sur la nécessité d’exploiter les aspects biologiques et génétiques des espèces présentant le meilleur potentiel de reproduction. Améliorer les pratiques de reproduction, adapter les méthodes aux nouvelles normes et inclure de nouveaux caractères constitue la voie à suivre pour parvenir à une industrie aquacole durable et rentable. Il est important de noter que les outils FISHBOOST sont susceptibles d’améliorer le bien-être des poissons en réduisant les épidémies, tandis qu’une productivité accrue pourrait entraîner une réduction des prix des produits aquacoles. La Dre Sonesson espère que «l’industrie mettra en œuvre les connaissances et les outils produits dans le cadre du projet FISHBOOST afin d’améliorer la production aquacole».
Mots‑clés
FISHBOOOST, industrie aquacole, pisciculture, élevage sélectif, génomique, résistance aux maladies
