La microbiota intestinal como predictor de la infección sistémica
La microbiota intestinal desempeña un papel de protección frente a la colonización y la infección por organismos patógenos. Sin embargo, la administración frecuente de antibióticos de amplio espectro puede llevar a un desequilibrio de las bacterias comensales que traiga consigo un aumento de los microorganismos multirresistentes, particularmente durante la hospitalización. Esto supone una gran preocupación para los pacientes pediátricos trasplantados, que dependen en gran medida de los antibióticos tras una intervención quirúrgica.
Cálculo de la carga de la resistencia a antibióticos en la microbiota intestinal
El proyecto qMAR, llevado a cabo con el apoyo de las Acciones Marie Skłodowska-Curie, tenía por objeto desarrollar una herramienta de seguimiento de la carga intestinal de genes de resistencia a los antibióticos. «Nuestro objetivo era estimar la fracción de las células microbianas de la microbiota intestinal que transportan genes de resistencia a los antibióticos como indicador de las cosas que van mal», explica el investigador Elias Dahdouh. Dado el tamaño y la diversidad de la microbiota intestinal, la fracción de bacterias que transportan genes de resistencia a los antibióticos no se puede medir mediante métodos basados en la microbiología. Por este motivo, los investigadores desarrollaron un enfoque basado en la reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa (qPCR, por sus siglas en inglés) para detectar genes específicos de resistencia a los antibióticos, y utilizaron el gen del ARNr 16S universal, que se encuentra presente en todas las bacterias, para estimar la población bacteriana total. El método qMAR ofreció una cuantificación relativa de los genes de resistencia en el microbioma intestinal con respecto a la población bacteriana total. Usando esta misma tecnología, los investigadores habían asociado previamente una carga intestinal elevada de la cepa bacteriana «Klebsiella pneumoniae» en los hisopos rectales de pacientes adultos hospitalizados con la aparición de una infección por este mismo patógeno. En qMAR, utilizaron esta herramienta basada en qPCR para medir los genes de resistencia a los antibióticos en muestras obtenidas tanto de pacientes trasplantados como de pacientes no trasplantados. Así, descubrieron una asociación entre la carga intestinal de resistencia a los antibióticos y el consumo de antibióticos. Por otra parte, establecieron valores de corte en torno al 1-5 % para los distintos genes, por encima de los cuales existe un alto riesgo de diseminación e infección extraintestinal.
Aplicaciones clínicas y futuras de la herramienta de supervisión qMAR
Los pacientes trasplantados a menudo han estado hospitalizados durante largos períodos y han recibido varios ciclos de tratamientos antibióticos, por lo que no resulta sorprendente que sean colonizados por bacterias resistentes a los antibióticos. Sin embargo, cuando las especies resistentes dominan la microbiota del huésped, resulta muy difícil erradicarlas incluso aunque sean superadas por otras especies. La herramienta qMAR ofrece un método sencillo, rápido y fácil de poner en práctica para supervisar el grado de colonización intestinal por cualquier especie o cepa bacteriana. Esta detección en tiempo real puede ayudar a los profesionales sanitarios a reducir al mínimo los efectos secundarios y mejorar el resultado clínico de los pacientes. «Otro aspecto importante es que se puede modificar fácilmente para incluir cualquier gen de resistencia que sea endémico en cualquier hospital del mundo», subraya Dahdouh. El equipo científico confía en que la herramienta qMAR se utilice para ayudar a controlar las infecciones y la transmisión de organismos de resistencia a los antibióticos como parte de los métodos rutinarios de control. El trabajo futuro en pacientes de edad avanzada y pacientes adultos y pediátricos inmunodeprimidos, que presentan un mayor riesgo de infección por bacterias resistentes a los antibióticos, validará aún más la aplicabilidad clínica del método qMAR. Además, los socios prevén su aplicación para investigar el papel de la carga intestinal de resistencia a los antibióticos en la transmisión entre pacientes o al entorno.
Palabras clave
qMAR, resistencia a los antibióticos, gen de resistencia, microbiota intestinal, infección, pacientes trasplantados, pacientes pediátricos, qPCR, ARNr 16S