Description du projet
Des calculs à haute performance pour traiter la maladie au niveau individuel
Formuler des traitements sur mesure pour les patients, de manière à fournir une approche thérapeutique aussi individualisée que l’est la maladie, est une question qui se trouve au cœur de la médecine personnalisée, une discipline qui combine des informations cliniques et omiques. Ce domaine a cependant encore un long chemin à parcourir avant de réellement se démocratiser. Par exemple, les logiciels actuels de simulation s’avèrent insuffisants pour répondre à des problèmes médicaux tels que l’évolution des tumeurs ou les traitements spécifiques aux patients. Le projet PerMedCoE, financé par l’UE, fournira un point d’entrée efficace et durable pour le tout nouveau domaine européen des calculs à haute performance (CHP) ainsi qu’en matière de supercalculateurs exaflopiques, afin de traduire les analyses omiques en modèles exploitables. Le principal objectif du projet est d’optimiser quatre applications pour des simulations à l’échelle cellulaire. L’équipe proposera également l’accès à des logiciels CHP et adaptés au calcul exaflopique optimisé, afin d’intégrer PerMed au sein du nouvel écosystème européen en la matière.
Objectif
Personalised Medicine (PerMed) opens unexplored frontiers to treat diseases at the individual level combining clinical and omics information. However, the performances of the current simulation software are still insufficient to tackle medical problems such as tumour evolution or patient-specific treatments. The challenge is to develop a sustainable roadmap to scale-up the essential software for the cell-level simulation to the new European HPC/Exascale systems. Simulation of cellular mechanistic models are essential for the translation of omic data to medical relevant actions and these should be accessible to the end-users in the appropriate environment of the PerMed-specific big confidential data.
The goal of the HPC/Exascale Centre of Excellence in Personalised Medicine (PerMedCoE) is to provide an efficient and sustainable entry point to the HPC/Exascale-upgraded methodology to translate omics analyses into actionable models of cellular functions of medical relevance. It will accomplish so by 1) optimising four core applications for cell-level simulations to the new pre-exascale platforms; 2) integrating PerMed into the new European HPC/Exascale ecosystem, by offering access to HPC/Exascale-adapted and optimised software; 3) running a comprehensive set of PerMed use cases; & 4) building the basis for the sustainability of the PerMedCoE by coordinating PerMed and HPC communities, and reaching out to industrial and academic end-users, with use cases, training, expertise, and best practices.
The PerMedCoE cell-level simulations will fill the gap between the molecular- and organ-level simulations from the CompBioMed and BioExcel CoEs with which this proposal is aligned at different levels. It will connect methods’ developers with HPC, HTC and HPDA experts (at POP and HiDALGO CoEs). Finally, the PerMedCoE will work with biomedical consortia (i.e. ELIXIR, LifeTime initiative) and pre-exascale infrastructures (BSC and CSC), including a substantial co-design effort.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
- sciences naturelles informatique et science de l'information logiciel
- sciences naturelles sciences biologiques écologie écosystème
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
-
H2020-EU.1.4. - EXCELLENT SCIENCE - Research Infrastructures
PROGRAMME PRINCIPAL
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H2020-EU.1.4.1.3. - Development, deployment and operation of ICT-based e-infrastructures
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
RIA - Research and Innovation action
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) H2020-INFRAEDI-2018-2020
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
08034 BARCELONA
Espagne
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.