Une étape importante vers des traitements personnalisés pour la MII
La maladie inflammatoire de l'intestin (MII) est une inflammation chronique de l'ensemble du système digestif. Rien qu'en Europe, cette maladie touche environ 2 à 3 millions de personnes, leur occasionnant une gêne et des souffrances importantes. Cette maladie est en général diagnostiquée en procédant à un examen des antécédents du patient, à des tests sanguins de routine destinés à trouver des biomarqueurs inflammatoires non spécifiques, et à des procédures invasives parfois inutiles. Un autre problème essentiel tient au fait que jusqu'à maintenant, les professionnels de la santé n'ont pas pu émettre des pronostics sur la base des seuls biomarqueurs. «Le meilleur outil disponible actuellement est un marqueur fécal capable de détecter l'inflammation. Malheureusement, il ne fait pas la différence entre la maladie de Crohn et la colite», explique Jack Satsangi, professeur de gastroentérologie à l'Université d'Édimbourg au Royaume-Uni et coordinateur du projet IBD BIOM. «Il s'agit d'un bon outil de dépistage, mais il n'élimine pas la nécessité de la coloscopie et de la radiologie; il réduit juste le nombre d'interventions inutiles chez les personnes ne présentant pas d'inflammation. Les marqueurs fécaux sont également plus problématiques en termes d'acceptabilité chez les patients concernés». La route vers des traitements personnalisés En combinant un grand nombre d'échantillons anciens issus de biobanques avec des données provenant de nouveaux patients au moment du diagnostic, le projet IBD BIOM a pu identifier, pour l'ensemble du génome, des modifications de la méthylation de l'ADN associées à une expression génique altérée à différents stades de la MII. Cela ouvre la porte à l'identification de nouveaux biomarqueurs pouvant apporter des indications sur la pathogénèse de la maladie. «Dans ce projet, notre objectif était de développer des méthodes non invasives pour trouver des biomarqueurs plus sensibles», précise le Dr Satsangi. «Au cours de la prochaine décennie, je prévois l'identification de biomarqueurs permettant aux professionnels de la santé de répartir les patients selon la façon dont se comporte leur maladie. Cela signifie que les formes les plus agressives de la maladie pourront être repérées et faire l'objet d'un recours précoce à la chirurgie ou à de nouvelles thérapies biologiques, alors que les formes moins agressives pourront être suivies sans intensification du traitement.» Grâce à ce projet, la recherche médicale européenne reste à l'avant-garde de la médecine personnalisée. «Il existe un très grand nombre de nouvelles thérapies et d'agents biologiques qui pourraient être utilisés pour traiter la MII», déclare le Dr Satsangi. «Pour nous, le défi consiste à trouver les biomarqueurs capables de prévoir la réponse à une thérapie particulière. Il existe des thérapies spécifiques qui correspondent au profil recherché.» Des découvertes révolutionnaires L'un des points forts du projet IBD BIOM a été sa capacité d'accéder à un grand nombre d'échantillons issus de précédents projets et de suivre des nouveaux patients à partir du moment du diagnostic. À partir de cet important volume de données, l'équipe du projet a cherché les altérations épigénétiques associées à la MII et a pu, pour la première fois, définir la maladie (le méthylome associé, c'est-à-dire le relevé complet des modifications de la méthylation de l'acide nucléique dans le génome d'un organisme). «C'est un procédé révolutionnaire», déclare le Dr Satsangi. «Nous n'avions auparavant aucune certitude, même lorsque nous pouvions trouver des altérations épigénétiques reproductibles associées à la MII. Non seulement nous avons pu trouver ces dernières, mais nous avons pu montrer qu'elles reflètent le degré d'inflammation chez les patients, ainsi que la progression de la maladie. Il s'agit d'une grande découverte.» Une autre réalisation importante du projet a été le développement de l'activomique, une nouvelle technologie établie par l'un des partenaires d'IBD-BIOM pour la découverte de biomarqueurs. L'activomique analyse les enzymes responsables des modifications post-translationnelles (phosphorylation, glycosylation ou protéolyse). On espère maintenant que les résultats du projet seront exploités pour développer des soins personnalisés pour la MII, et que l'on trouvera de nouvelles cibles pour des thérapies médicamenteuses.
Mots‑clés
IBD BIOM, MII, digestif, Crohn, colite, activomique, méthylome, biomarqueurs, ADN, sang, intestin