Ultimate: une place de marché en ligne unique dédiée à la découverte de médicaments
Au cours de la phase initiale de la découverte d’un médicament, après avoir identifié la cible thérapeutique, les chercheurs doivent sélectionner les molécules candidates les plus appropriées qui inhibent ou stimulent l’activité de la cible. Cela signifie qu’ils doivent faire leur choix parmi plus de 30 millions de molécules facilement disponibles chez les fournisseurs. Il ne s’agit pas d’une tâche aisée, et seuls les composés synthétiques sont proposés.
Une base de données de composés virtuels
Le projet ULTIMATE, financé par l’UE, a mis au point une base de données exclusive de produits chimiques. Outre les produits chimiques facilement disponibles, elle contient des composés virtuels dont on prévoit qu’ils pourront être synthétisés. «Nous entendons créer des composés virtuels d’intérêt pharmaceutique élevé, qui peuvent être synthétisés en deux à six semaines pour un prix raisonnable», explique Róbert Kiss, directeur général et co‑fondateur de Mcule et coordinateur du projet. Grâce à une collaboration étroite avec des fournisseurs de produits chimiques, des experts et les partenaires d’Ultimate, Mcule a conçu une innovation clé: un algorithme de chimiste artificiel capable de générer des composés virtuels en utilisant des produits chimiques provenant de fournisseurs partenaires connus et des réactions chimiques robustes sélectionnées. Les composés virtuels contenus dans la base de données ULTIMATE sont générés à partir d’un point de départ chimique et sont d’une nouveauté et d’une qualité exceptionnellement élevées. Les scientifiques ont ainsi l’opportunité de travailler avec des molécules inédites à haut potentiel en terme de brevet et ont la possibilité d’identifier des composés analogues à des médicaments qui n’existaient pas auparavant.
Caractéristiques de la base de données
Il est possible d’accéder à la base de données ULTIMATE via la plateforme web de la société Mcule. Elle contient actuellement 500 millions de composés achetables avec un délai de livraison de maximum six semaines. Moyennant des frais d’abonnement, la plateforme Mcule propose des outils de recherche ainsi que des outils de modélisation moléculaire permettant aux scientifiques d’identifier les composés en se basant sur la structure 3D et la fonction de leur cible. Grâce à la base de données ULTIMATE, les scientifiques peuvent procéder à l’amarrage moléculaire de divers composés sur des cibles thérapeutiques afin de garantir une interaction critique. Ils peuvent exploiter différents échafaudages de produits chimiques, et tester également les propriétés physico‑chimiques et la toxicité des composés qui en résultent. Cela permet aux chercheurs de classer par ordre de priorité les composés les plus efficaces et de rejeter ceux qui posent problème en raison de leur toxicité, de leur sélectivité ou de leurs propriétés pharmacocinétiques. Prise dans son ensemble, la gamme complète des outils de découverte de médicaments permet aux scientifiques d’établir des flux de travail complexes sur le modèle des briques de LEGO.
Les avantages de la base de données ULTIMATE
Le grand espace consacré à la chimie d’ULTIMATE met à la disposition des entreprises pharmaceutiques et biotechnologiques un outil très utile, qui augmentera leurs chances d’identifier avec efficacité des composés innovants pour soigner différentes maladies, tout en permettant un gain de temps et d’argent. Il propose en outre une boutique en ligne de produits chimiques facile à utiliser qui peut être intégrée de manière transparente à la plateforme interne des entreprises pharmaceutiques. Cette plateforme en ligne permet également la sélection automatisée de composés et le calcul de devis. La première version de la base de données d’ULTIMATE et la plateforme sont achevées. Faisant suite à des tests bêta fructueux, les partenaires prévoient de commercialiser la plateforme et de la rendre accessible au public. Ils envisagent également d’incorporer des solutions uniques supplémentaires, telles que la manipulation et l’analyse de données biologiques. En ce qui concerne l’avenir, M. Kiss est convaincu que «la base de données ULTIMATE accélèrera la découverte de médicaments à petites molécules et aidera à trouver des options de traitements efficaces pour différents types de cancers ou de maladies neurodégénératives, telles que la maladie d’Alzheimer».
Mots‑clés
ULTIMATE, composés, base de données, produits chimiques, plateforme, découverte de médicaments, pharmaceutique, toxicité