Genotipado rápido de la enfermedad inflamatoria intestinal compleja
La compleja naturaleza de la enfermedad inflamatoria intestinal (EII) hace que sea extremadamente difícil categorizar esta dolencia desde un punto de vista bioquímico. Esto, a su vez, conduce a errores en el diagnóstico y a posibles retrasos en el tratamiento de muchos pacientes afectados. Estas limitaciones sirvieron de estímulo para que el proyecto financiado por la Unión Europea GENETICS OF IBD adoptara un enfoque sistemático para seguir esclareciendo la base poligénica de la enfermedad. El objetivo era aplicar a gran escala técnicas proteómicas y genómicas en anormalidades moleculares validadas para que se pudieran utilizar como dianas terapéuticas. El equipo del Hospital Universitario de Schleswig-Holstein, en Alemania, se centró específicamente en la aplicación de un sistema de alto rendimiento para el genotipado de polimorfismos de nucleótido único (SNP). Estos podrían servir como base de nuevas investigaciones al integrar una amplia base de datos que incorporaría unos 2,3 millones de genotipos SNP a lo largo de la duración de este proyecto de investigación. Se genotiparon detalles de mutaciones detectadas obtenidos a partir de las bases de datos públicas en familias con pares de hermanos y, en su caso, trillizos. Para el tipaje de las placas microtiter se utilizó en ambos casos la técnica TAQman de alto rendimiento. El diseño fijo logrado, junto con el propio método TAQman, fue uno de los factores que determinaron la rapidez en el procesamiento de las muestras. La reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en tiempo real mediante sondas TAQman mide la acumulación del producto no en el punto final de la PCR, como es habitual, sino en las etapas exponenciales, lo que hace que el proceso sea intrínsecamente más rápido. Se leyeron las placas TAQman y los resultados se importaron a la base de datos integrada establecida por el proyecto. A cada paciente de las placas de 96 ó 384 pocillos se le asignaron coordenadas y, en función del código, se pudo asignar un genotipo a cada individuo. Por otra parte, de los controles en cada placa se derivó un control de calidad. Para lograr una reducción de los costos de un factor de diez durante el proyecto, se aplicó la tecnología SNPlex de genotipado, que permite el desarrollo de múltiples ensayos en paralelo (o multiplexado) de los SNP. SNPlex permite el genotipado simultáneo de hasta 48 polimorfismos en una sola muestra. Esto significa que las investigaciones futuras que utilicen la base de datos y los métodos de este proyecto tendrán una ventaja competitiva.
