HetERogeneous sEmantic Data integratIon for the guT-bRain interplaY

Informations projet

HEREDITARY

N° de convention de subvention: 101137074

DOI

10.3030/101137074

Date de signature de la CE 13 Decembre 2023

Date de début 1 Janvier 2024

Date de fin 31 Decembre 2027

Financé au titre de

• Health

Coût total

€ 9 988 833,75

Contribution de l’UE

€ 9 988 833,75

Coordonné par

UNIVERSITA DEGLI STUDI DI PADOVA
Italy

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Publications

Conference proceedings (19)

Binomial Confidence Intervals for Knowledge Graph Accuracy Estimation (Extended Abstract)

Auteurs: Marchesin, Stefano; Silvello, Gianmaria
Publié dans: SEBD 2025, 2025
Éditeur: Ceur-Ws
DOI: 10.5281/ZENODO.15745400

Utility-Oriented Knowledge Graph Accuracy Estimation with LimitedAnnotations: A Case Study on DBpedia

Auteurs: Marchesin, Stefano; Silvello, Gianmaria; Alonso, Omar
Publié dans: HCOMP 2024, 2024
Éditeur: AAAI
DOI: 10.1609/hcomp.v12i1.31605

Extending Nanopublications with Knowledge Provenance for Multi-Source Scientific Assertions

Auteurs: Fabio Giachelle, Stefano Marchesin, Laura Menotti, and Gianmaria Silvello
Publié dans: IRCDL 2025, 2025
Éditeur: CEUR

Constrained Linked Entity ANnotation using RAG (CLEANR)

Auteurs: B. Kantz, S. Lengauer, P. Waldert, T. Schreck
Publié dans: CLEF 2025 BioASQ Report Paper for Task GutBrainIE on Gut-Brain Interplay Information Extraction, 2025
Éditeur: CEUR Workshop Proceedings

Doctron: A Web-based Collaborative Annotation Tool for Ground Truth Creation in IR

Auteurs: Ornella Irrera, Stefano Marchesin, Farzad Shami, Gianmaria Silvello
Publié dans: Proceedings of the 48th International ACM SIGIR Conference on Research and Development in Information Retrieval, 2025
Éditeur: ACM
DOI: 10.1145/3726302.3730286

MetaTron: Streamlining Collaborative Annotation for Biomedical Documents

Auteurs: Irrera, Ornella; Marchesin, Stefano; Silvello, Gianmaria
Publié dans: SWAT4HCLS, 2025
Éditeur: Arxiv
DOI: 10.5281/ZENODO.15656043

Advancing Inclusivity in a Medical Terminology Resource concerning the Gut-Brain Interplay: Insights from the HEREDITARY Project

Auteurs: Vanessa Bonato, Federica Vezzani, Giorgio Maria Di Nunzio
Publié dans: Semmelweis Medical Linguistics Conference 2025 Inclusivity and Diversity in Healthcare Communication Research, 2025
Éditeur: in press

Reusability of Biomedical Annotations for Gut-Brain Interplay Information Extraction as Terminological Data

Auteurs: Vanessa Bonato
Publié dans: MDTT 2025, 2025
Éditeur: CEUR-WS

Consumer-Centered Technology-Assisted Review: Insights and Challenges from the CLEF eHealth Tasks

Auteurs: Giorgio Maria Di Nunzio
Publié dans: Semmelweis Medical Linguistics Conference 2025 Inclusivity and Diversity in Healthcare Communication Research, 2025
Éditeur: in press

Reproducibility and Analysis of Scientific Dataset Recommendation Methods

Auteurs: Ornella Irrera; Matteo Lissandrini; Daniele Dell'Aglio; Gianmaria Silvello
Publié dans: 18th ACM Conference on Recommender Systems, 2024
Éditeur: ACM Press
DOI: 10.1145/3640457.3688071

Publishing CoreKB Facts as Nanopublications

Auteurs: Fabio Giachelle; Stefano Marchesin; Laura Menotti; Gianmaria Silvello
Publié dans: IRCDL 2024, 2024, ISSN 1613-0073
Éditeur: CEUR

Exploring Terminological Collocations in Biomedical Texts

Auteurs: Costa, Rute; Ramos, Margarida; Canelas, Matilde; Mouro, Ana
Publié dans: MDTT 2025, 2025
Éditeur: Ceur-Ws
DOI: 10.5281/ZENODO.15863151

BioASQ at CLEF2025: The Thirteenth Edition of the Large-Scale Biomedical Semantic Indexing and Question Answering Challenge

Auteurs: Anastasios Nentidis, Georgios Katsimpras, Anastasia Krithara, Martin Krallinger, Miguel Rodriguez Ortega, Natalia Loukachevitch, Andrey Sakhovskiy, Elena Tutubalina, Grigorios Tsoumakas, George Giannakoulas, Alexandra Bekiaridou, Athanasios Samaras, Giorgio Maria Di Nunzio, Nicola Ferro, Stefano Marchesin, Laura Menotti, Gianmaria Silvello, Georgios Paliouras
Publié dans: Lecture Notes in Computer Science, Advances in Information Retrieval, 2025
Éditeur: Springer Nature Switzerland
DOI: 10.1007/978-3-031-88720-8_61

Veracity Estimation for Entity-Oriented Search with Knowledge Graphs

Auteurs: Marchesin, Stefano; Silvello, Gianmaria; Alonso, Omar
Publié dans: CIKM 2024, 2024
Éditeur: ACM
DOI: 10.1145/3627673.3679561

FAIR Terminology Meets CLEAR Global

Auteurs: Giorgio Maria Di Nunzio, Eszter Papp, Federica Vezzani, Ellie Kemp
Publié dans: Lecture Notes in Computer Science, Linking Theory and Practice of Digital Libraries, 2024
Éditeur: Springer Nature Switzerland
DOI: 10.1007/978-3-031-72440-4_17

Fact Verification in Knowledge Graphs Using LLMs

Auteurs: Farzad Shami, Stefano Marchesin, and Gianmaria Silvello
Publié dans: SIGIR 2025, 2025
Éditeur: THE 48TH INTERNATIONAL ACM SIGIR CONFERENCE ON RESEARCH AND DEVELOPMENT IN INFORMATION RETRIEVAL
DOI: 10.1145/3726302.3730142

The Elephant in the Room: The Impact of Domain-Expert (Dis)agreement. A Case Study on Cryptic Species

Auteurs: Giorgio Maria Di Nunzio, Lucia Manni, Emanuela De Lisa, Federica Vezzani
Publié dans: MDTT 2025, 2025
Éditeur: CEUR-WS

A Marker Design for visually enhancing Local Cluster Association

Auteurs: S. Lengauer, P. Waldert, T. Schreck
Publié dans: IEEE VIS 2024 Bio+MedVis Challenge, 2024
Éditeur: Zenodo

OnSET: Ontology and Semantic Exploration Toolkit

Auteurs: B. Kantz, K. Innerebner, P. Waldert, S. Lengauer, E. Lex, T. Schreck
Publié dans: ACM SIGIR 2025 Proceedings, 2025
Éditeur: ACM

Peer reviewed articles (18)

Behavioral Clusters and Lesion Distributions in Ischemic Stroke, Based on NIHSS Similarity Network

Auteurs: Louis Fabrice Tshimanga; Andrea Zanola; Silvia Facchini; Antonio Luigi Bisogno; Lorenzo Pini; Manfredo Atzori; Maurizio Corbetta
Publié dans: Journal of Healthcare Informatics Research, 2023, ISSN 2509-498X
Éditeur: Journal of Healthcare Informatics Research
DOI: 10.1101/2023.11.08.23297808

BMC Bioinformatics

Auteurs: Ornella Irrera; Stefano Marchesin; Gianmaria Silvello
Publié dans: BMC Bioinformatics, Numéro 25(112), 2024, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/S12859-024-05730-9

Efficient and Reliable Estimation of Knowledge Graph Accuracy

Auteurs: Stefano Marchesin; Gianmaria Silvello
Publié dans: PVLDB, Numéro 17(9), 2024, ISSN 2150-8097
Éditeur: VLDB Endowment
DOI: 10.14778/3665844.3665865

Changes to Average Survival of Patients With Amyotrophic Lateral Sclerosis (1995–2018)

Auteurs: Rosario Vasta, Filippo De Mattei, Salvatore Tafaro, Antonio Canosa, Umberto Manera, Maurizio Grassano, Francesca Palumbo, Sara Cabras, Enrico Matteoni, Francesca Di Pede, Grazia Zocco, Giorgio Pellegrino, Emilio Minerva, Daniela Pascariu, Barbara Iazzolino, Stefano Callegaro, Giuseppe Fuda, Paolina Salamone, Fabiola De Marchi, Letizia Mazzini, Cristina Moglia, Andrea Calvo, Adriano Chiò
Publié dans: Neurology, Numéro 104, 2025, ISSN 0028-3878
Éditeur: Ovid Technologies (Wolters Kluwer Health)
DOI: 10.1212/WNL.0000000000213467

Credible Intervals for Knowledge Graph Accuracy Estimation

Auteurs: Stefano Marchesin, Gianmaria Silvello
Publié dans: Proceedings of the ACM on Management of Data, Numéro 3, 2025, ISSN 2836-6573
Éditeur: Association for Computing Machinery (ACM)
DOI: 10.1145/3725279

The More, the Better? Evaluating the Role of EEG Preprocessing for Deep Learning Applications

Auteurs: Federico Del Pup, Andrea Zanola, Louis Fabrice Tshimanga, Alessandra Bertoldo, Manfredo Atzori
Publié dans: IEEE Transactions on Neural Systems and Rehabilitation Engineering, Numéro 33, 2025, ISSN 1534-4320
Éditeur: Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE)
DOI: 10.1109/TNSRE.2025.3547616

An extensible and unifying approach to retrospective clinical data modeling: the BrainTeaser Ontology

Auteurs: Guglielmo Faggioli, Laura Menotti, Stefano Marchesin, Adriano Chió, Arianna Dagliati, Mamede de Carvalho, Marta Gromicho, Umberto Manera, Eleonora Tavazzi, Giorgio Maria Di Nunzio, Gianmaria Silvello, Nicola Ferro
Publié dans: Journal of Biomedical Semantics, Numéro 15, 2024, ISSN 2041-1480
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/S13326-024-00317-Y

Le rôle du référent en terminologie : enquête sur la perception du trouble dysmorphique corporel

Auteurs: Federica Vezzani; Rute Costa
Publié dans: Roczniki Humanistyczne, 2024, ISSN 0035-7707
Éditeur: Towarzystwo Naukowe Kul & Katolicki Uniwersytet Lubelski Jana Pawła II – Wydział Nauk Humanistycznych
DOI: 10.18290/RH24728.5

Variation in psychopathological terminology

Auteurs: Federica Vezzani, Rute Costa
Publié dans: Terminology. International Journal of Theoretical and Applied Numéros in Specialized Communication, Terminology / International Journal of Theoretical and Applied Numéros in Specialized Communication, Terminology, Numéro 30, 2024, ISSN 0929-9971
Éditeur: John Benjamins Publishing Company
DOI: 10.1075/TERM.00078.VEZ

Phosphatemia is an Independent Prognostic Factor in Amyotrophic Lateral Sclerosis

Auteurs: Vasta, Rosario; Koumantakis, Emanuele; Canosa, Antonio; Manera, Umberto; Grassano, Maurizio; Palumbo, Francesca; Cabras, Sara; Matteoni, Enrico; Di Pede, Francesca; De Mattei, Filippo; Vergnano, Filippo; Mandrioli, Jessica; Simonini, Cecilia; Martinelli, Ilaria; De Marchi, Fabiola; Mazzini, Letizia; Moglia, Cristina; Calvo, Andrea; Chiò, Adriano
Publié dans: Annals of Neurology, 2025, ISSN 1531-8249
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/ANA.27252

When LMF and TMF meet

Auteurs: Federica Vezzani, Giorgio Maria Di Nunzio, Ana Salgado, Rute Costa
Publié dans: Terminology. International Journal of Theoretical and Applied Numéros in Specialized Communication, Terminology / International Journal of Theoretical and Applied Numéros in Specialized Communication, Terminology, Numéro 31, 2025, ISSN 0929-9971
Éditeur: John Benjamins Publishing Company
DOI: 10.1075/TERM.00084.VEZ

Exploring Publicly Accessible Optical Coherence Tomography Datasets: A Comprehensive Overview

Auteurs: Anastasiia Rozhyna; Gábor Márk Somfai; Manfredo Atzori; Delia Cabrera DeBuc; Amr Saad; Jay Zoellin; Henning Müller
Publié dans: Diagnostics, 2024, ISSN 2075-4418
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/DIAGNOSTICS14151668

MetaTron: advancing biomedical annotation empowering relation annotation and collaboration

Auteurs: Ornella Irrera, Stefano Marchesin, Gianmaria Silvello
Publié dans: BMC Bioinformatics, Numéro 25, 2024, ISSN 1471-2105
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/S12859-024-05730-9

Toward improving reproducibility in neuroimaging deep learning studies

Auteurs: Federico Del Pup; Federico Del Pup; Federico Del Pup; Manfredo Atzori; Manfredo Atzori; Manfredo Atzori
Publié dans: Frontiers in Neuroscience, 2024, ISSN 1662-453X
Éditeur: Frontiers
DOI: 10.3389/FNINS.2024.1509358

SelfEEG: A Python library for Self-Supervised Learning in Electroencephalography

Auteurs: Federico Del Pup; Andrea Zanola; Louis Fabrice Tshimanga; Paolo Emilio Mazzon; Manfredo Atzori
Publié dans: The Journal of Open Source Software, Numéro 9(95), 2024, ISSN 2475-9066
Éditeur: Journal of Open Source Software
DOI: 10.48550/arxiv.2401.05405

BIDSAlign: a library for automatic merging and preprocessing of multiple EEG repositories

Auteurs: Andrea Zanola; Federico Del Pup; Camillo Porcaro; Manfredo Atzori
Publié dans: Journal of Neural Engineering, 2024, ISSN 1741-2552
Éditeur: Springer
DOI: 10.1088/1741-2552/AD6A8C

The role of data partitioning on the performance of EEG-based deep learning models in supervised cross-subject analysis: A preliminary study

Auteurs: Federico Del Pup, Andrea Zanola, Louis Fabrice Tshimanga, Alessandra Bertoldo, Livio Finos, Manfredo Atzori
Publié dans: Computers in Biology and Medicine, Numéro 196, 2025, ISSN 0010-4825
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.COMPBIOMED.2025.110608

Can We Measure the Impact of a Database?

Auteurs: Peter Buneman, Dennis Dosso, Matteo Lissandrini, Gianmaria Silvello, He Sun
Publié dans: Communications of the ACM, Numéro 68, 2025, ISSN 0001-0782
Éditeur: Association for Computing Machinery (ACM)
DOI: 10.1145/3704723

Book chapters (1)

Content-Based Dataset Retrieval Methods: Reproducibility of the ACORDAR Test Collection

Auteurs: Laura Menotti, Manuel Barusco, Riccardo Forzan, Gianmaria Silvello
Publié dans: Lecture Notes in Computer Science, Linking Theory and Practice of Digital Libraries, 2024
Éditeur: Springer Nature Switzerland
DOI: 10.1007/978-3-031-72437-4_18