Adaptive immunity in prokaryotes: how Bacteria do not forgive and do not forget their enemies

Projektinformationen

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ID Finanzhilfevereinbarung: 639707

DOI

10.3030/639707

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 11 Februar 2015

Startdatum 1 Juni 2015

Enddatum 31 Mai 2020

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 499 183,75

EU-Beitrag

€ 1 499 183,75

Koordiniert durch

TECHNISCHE UNIVERSITEIT DELFT
Netherlands

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (21)

Evolution of BACON Domain Tandem Repeats in crAssphage and Novel Gut Bacteriophage Lineages

Autoren: Patrick A. de Jonge, F. A. Bastiaan von Meijenfeldt, Laura E. van Rooijen, Stan J. J. Brouns, Bas E. Dutilh
Veröffentlicht in: Viruses, Ausgabe 11/12, 2019, Seite(n) 1085, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v11121085

An educational guide for nanopore sequencing in the classroom

Autoren: Alex N. Salazar, Franklin L. Nobrega, Christine Anyansi, Cristian Aparicio-Maldonado, Ana Rita Costa, Anna C. Haagsma, Anwar Hiralal, Ahmed Mahfouz, Rebecca E. McKenzie, Teunke van Rossum, Stan J. J. Brouns, Thomas Abeel
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 16/1, 2020, Seite(n) e1007314, ISSN 1553-7358
Herausgeber: PLOS Computational Biology
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1007314

Direct Visualization of Native CRISPR Target Search in Live Bacteria Reveals Cascade DNA Surveillance Mechanism

Autoren: Jochem N.A. Vink, Koen J.A. Martens, Marnix Vlot, Rebecca E. McKenzie, Cristóbal Almendros, Boris Estrada Bonilla, Daan J.W. Brocken, Johannes Hohlbein, Stan J.J. Brouns
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 77/1, 2020, Seite(n) 39-50.e10, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2019.10.021

Adsorption Sequencing as a Rapid Method to Link Environmental Bacteriophages to Hosts

Autoren: Patrick A. de Jonge, F.A. Bastiaan von Meijenfeldt, Ana Rita Costa, Franklin L. Nobrega, Stan J.J. Brouns, Bas E. Dutilh
Veröffentlicht in: iScience, Ausgabe 23/9, 2020, Seite(n) 101439, ISSN 2589-0042
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.isci.2020.101439

Harnessing type I CRISPR–Cas systems for genome engineering in human cells

Autoren: Peter Cameron, Mary M. Coons, Sanne E. Klompe, Alexandra M. Lied, Stephen C. Smith, Bastien Vidal, Paul D. Donohoue, Tomer Rotstein, Bryan W. Kohrs, David B. Nyer, Rachel Kennedy, Lynda M. Banh, Carolyn Williams, Mckenzi S. Toh, Matthew J. Irby, Leslie S. Edwards, Chun-Han Lin, Arthur L. G. Owen, Tim Künne, John van der Oost, Stan J. J. Brouns, Euan M. Slorach, Chris K. Fuller, Scott Gradia, Stev
Veröffentlicht in: Nature Biotechnology, Ausgabe 37/12, 2019, Seite(n) 1471-1477, ISSN 1087-0156
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-019-0310-0

Conserved motifs in the CRISPR leader sequence control spacer acquisition levels in Type I-D CRISPR-Cas systems

Autoren: Sebastian N Kieper, Cristóbal Almendros, Stan J J Brouns
Veröffentlicht in: FEMS Microbiology Letters, Ausgabe 366/11, 2019, ISSN 1574-6968
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/femsle/fnz129

Systematic analysis of Type I‐E Escherichia coli CRISPR‐Cas PAM sequences ability to promote interference and primed adaptation

Autoren: Olga Musharova, Vasily Sitnik, Marnix Vlot, Ekaterina Savitskaya, Kirill A. Datsenko, Andrey Krivoy, Ivan Fedorov, Ekaterina Semenova, Stan J. J. Brouns, Konstantin Severinov
Veröffentlicht in: Molecular Microbiology, Ausgabe 111/6, 2019, Seite(n) 1558-1570, ISSN 0950-382X
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/mmi.14237

Molecular and Evolutionary Determinants of Bacteriophage Host Range

Autoren: Patrick A. de Jonge, Franklin L. Nobrega, Stan J.J. Brouns, Bas E. Dutilh
Veröffentlicht in: Trends in Microbiology, Ausgabe 27/1, 2019, Seite(n) 51-63, ISSN 0966-842X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tim.2018.08.006

Complete Genome Sequences of Two T4-Like Escherichia coli Bacteriophages

Autoren: Ana Rita Costa, Stan J. J. Brouns, Franklin L. Nobrega
Veröffentlicht in: Genome Announcements, Ausgabe 6/26, 2018, ISSN 2169-8287
Herausgeber: American Society for Microbiology Journals
DOI: 10.1128/genomea.00586-18

Bacteriophage DNA glucosylation impairs target DNA binding by type I and II but not by type V CRISPR–Cas effector complexes

Autoren: Marnix Vlot, Joep Houkes, Silke J A Lochs, Daan C Swarts, Peiyuan Zheng, Tim Kunne, Prarthana Mohanraju, Carolin Anders, Martin Jinek, John van der Oost, Mark J Dickman, Stan J J Brouns
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 46/2, 2017, Seite(n) 873-885, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkx1264

Cas4 Facilitates PAM-Compatible Spacer Selection during CRISPR Adaptation

Autoren: Sebastian N. Kieper, Cristóbal Almendros, Juliane Behler, Rebecca E. McKenzie, Franklin L. Nobrega, Anna C. Haagsma, Jochem N.A. Vink, Wolfgang R. Hess, Stan J.J. Brouns
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 22/13, 2018, Seite(n) 3377-3384, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2018.02.103

Complete Genome Sequence of the Escherichia coli Phage Ayreon

Autoren: Marnix Vlot, Franklin L. Nobrega, Che F. A. Wong, Yue Liu, Stan J. J. Brouns
Veröffentlicht in: Genome Announcements, Ausgabe 6/2, 2018, ISSN 2169-8287
Herausgeber: American Society for Microbiology Journals
DOI: 10.1128/genomea.01354-17

Repetitive DNA Reeling by the Cascade-Cas3 Complex in Nucleotide Unwinding Steps

Autoren: Luuk Loeff, Stan J.J. Brouns, Chirlmin Joo
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 70/3, 2018, Seite(n) 385-394.e3, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2018.03.031

Role of nucleotide identity in effective CRISPR target escape mutations

Autoren: Tim Künne, Yifan Zhu, Fausia da Silva, Nico Konstantinides, Rebecca E McKenzie, Ryan N Jackson, Stan JJ Brouns
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 46/19, 2018, Seite(n) 10395-10404, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky687

CRISPR-Cas: Adapting to change

Autoren: Simon A. Jackson, Rebecca E. McKenzie, Robert D. Fagerlund, Sebastian N. Kieper, Peter C. Fineran, Stan J. J. Brouns
Veröffentlicht in: Science, Ausgabe 356/6333, 2017, Seite(n) eaal5056, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aal5056

Targeting mechanisms of tailed bacteriophages

Autoren: Franklin L. Nobrega, Marnix Vlot, Patrick A. de Jonge, Lisa L. Dreesens, Hubertus J. E. Beaumont, Rob Lavigne, Bas E. Dutilh, Stan J. J. Brouns
Veröffentlicht in: Nature Reviews Microbiology, Ausgabe 16, 2018, Seite(n) 760 - 773, ISSN 1740-1526
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41579-018-0070-8

Cas3-Derived Target DNA Degradation Fragments Fuel Primed CRISPR Adaptation

Autoren: Tim Künne, Sebastian N. Kieper, Jasper W. Bannenberg, Anne I.M. Vogel, Willem R. Miellet, Misha Klein, Martin Depken, Maria Suarez-Diez, Stan J.J. Brouns
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 63/5, 2016, Seite(n) 852-864, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2016.07.011

An updated evolutionary classification of CRISPR–Cas systems

Autoren: Kira S. Makarova, Yuri I. Wolf, Omer S. Alkhnbashi, Fabrizio Costa, Shiraz A. Shah, Sita J. Saunders, Rodolphe Barrangou, Stan J. J. Brouns, Emmanuelle Charpentier, Daniel H. Haft, Philippe Horvath, Sylvain Moineau, Francisco J. M. Mojica, Rebecca M. Terns, Michael P. Terns, Malcolm F. White, Alexander F. Yakunin, Roger A. Garrett, John van der Oost, Rolf Backofen, Eugene V. Koonin
Veröffentlicht in: Nature Reviews Microbiology, Ausgabe 13/11, 2015, Seite(n) 722-736, ISSN 1740-1526
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nrmicro3569

CRISPR interference and priming varies with individual spacer sequences

Autoren: Chaoyou Xue, Arun S. Seetharam, Olga Musharova, Konstantin Severinov, Stan J. J. Brouns, Andrew J. Severin, Dipali G. Sashital
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 43/22, 2015, Seite(n) 10831-10847, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkv1259

Using CAPTURE to detect spacer acquisition in native CRISPR arrays

Autoren: Rebecca E. McKenzie, Cristóbal Almendros, Jochem N. A. Vink, Stan J. J. Brouns
Veröffentlicht in: Nature Protocols, Ausgabe 14/3, 2019, Seite(n) 976-990, ISSN 1754-2189
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41596-018-0123-5

Cas4–Cas1 fusions drive efficient PAM selection and control CRISPR adaptation

Autoren: Cristóbal Almendros, Franklin L Nobrega, Rebecca E McKenzie, Stan J J Brouns
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 47/10, 2019, Seite(n) 5223-5230, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz217

Non-peer reviewed articles (1)

CRISPR sabotage

Autoren: John van der Oost, Stan J. J. Brouns
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 16/1, 2015, Seite(n) 1-3, ISSN 1474-760X
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13059-015-0820-0