Building biological computers from bacterial populations

Informations projet

SynBioBrain

N° de convention de subvention: 770835

DOI

10.3030/770835

Projet clôturé

Date de signature de la CE 23 Avril 2018

Date de début 1 Mai 2018

Date de fin 31 Octobre 2024

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 998 025,00

Contribution de l’UE

€ 1 998 025,00

Coordonné par

UNIVERSITY COLLEGE LONDON
United Kingdom

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Publications

Non-peer reviewed articles (2)

Single strain control of microbial consortia

Auteurs: Fedorec AJ, Karkaria BD, Sulu M, Barnes CP
Publié dans: Nature Communications, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2019.12.23.887331

SynBioBrain: building biological computers from bacterial

Auteurs: Neythen J Treloar, Ke Yan Wen, Alex JH Fedorec, Chris P Barnes
Publié dans: The Project Repository Journal, Numéro 11, 2021, Page(s) 32-35, ISSN 2632-4067
Éditeur: European Dissemination Media Agency Limited
DOI: 10.54050/prj1117751

Peer reviewed articles (12)

From Microbial Communities to Distributed Computing Systems

Auteurs: Behzad D. Karkaria, Neythen J. Treloar, Chris P. Barnes, Alex J. H. Fedorec
Publié dans: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Numéro 8, 2020, ISSN 2296-4185
Éditeur: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fbioe.2020.00834

FlopR: An Open Source Software Package for Calibration and Normalization of Plate Reader and Flow Cytometry Data

Auteurs: Alex J. H. Fedorec, Clare M. Robinson, Ke Yan Wen, Chris P. Barnes
Publié dans: ACS Synthetic Biology, Numéro 9/9, 2020, Page(s) 2258-2266, ISSN 2161-5063
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.0c00296

Toward Engineering Biosystems With Emergent Collective Functions

Auteurs: Thomas E. Gorochowski, Sabine Hauert, Jan-Ulrich Kreft, Lucia Marucci, Namid R. Stillman, T.-Y. Dora Tang, Lucia Bandiera, Vittorio Bartoli, Daniel O. R. Dixon, Alex J. H. Fedorec, Harold Fellermann, Alexander G. Fletcher, Tim Foster, Luca Giuggioli, Antoni Matyjaszkiewicz, Scott McCormick, Sandra Montes Olivas, Jonathan Naylor, Ana Rubio Denniss, Daniel Ward
Publié dans: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Numéro 8, 2020, ISSN 2296-4185
Éditeur: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fbioe.2020.00705

Emergent digital bio-computation through spatial diffusion and engineered bacteria

Auteurs: Alex J. H. Fedorec, Neythen J. Treloar, Ke Yan Wen, Linda Dekker, Qing Hsuan Ong, Gabija Jurkeviciute, Enbo Lyu, Jack W. Rutter, Kathleen J. Y. Zhang, Luca Rosa, Alexey Zaikin, Chris P. Barnes
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-49264-3

Deep Reinforcement Learning for Optimal Experimental Design in Biology

Auteurs: Neythen J. Treloar, Nathan Braniff, Brian Ingalls, Chris P. Barnes
Publié dans: PLOS Computational Biology, 2024, ISSN 1553-7358
Éditeur: PLOS
DOI: 10.1101/2022.05.09.491138

Chaos in synthetic microbial communities

Auteurs: Behzad D. Karkaria, Angelika Manhart, Alex J. H. Fedorec, Chris P. Barnes
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 18, 2023, Page(s) e1010548, ISSN 1553-7358
Éditeur: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1010548

Towards an Aspect-Oriented Design and Modelling Framework for Synthetic Biology

Auteurs: Philipp Boeing, Miriam Leon, Darren Nesbeth, Anthony Finkelstein, Chris Barnes
Publié dans: Processes, Numéro 6/9, 2018, Page(s) 167, ISSN 2227-9717
Éditeur: MDPI AG
DOI: 10.3390/pr6090167

Automated design of synthetic microbial communities

Auteurs: Behzad D. Karkaria, Alex J. H. Fedorec, Chris P. Barnes
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-20756-2

Automated design of gene circuits with optimal mushroom-bifurcation behavior

Auteurs: Irene Otero-Muras, Ruben Perez-Carrasco, Julio R. Banga, Chris P. Barnes
Publié dans: iScience, Numéro 26, 2025, Page(s) 106836, ISSN 2589-0042
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.isci.2023.106836

Detecting Changes in the Caenorhabditis elegans Intestinal Environment Using an Engineered Bacterial Biosensor.

Auteurs: Rutter, Jack W.; Ozdemir, Tanel; Galimov, Evgeniy R.; Quintaneiro, Leonor M.; Rosa, Luca; Thomas, Geraint M.; Cabreiro, Filipe; Barnes, Chris P.
Publié dans: ACS Synthetic Biology, Numéro 1, 2019, ISSN 2161-5063
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.9b00166

Engineered acetoacetate-inducible whole-cell biosensors based on the AtoSC two-component system

Auteurs: Jack W. Rutter, Linda Dekker, Alex J. H. Fedorec, David T. Gonzales, Ke Yan Wen, Lewis E. S. Tanner, Emma Donovan, Tanel Ozdemir, Geraint Thomas, Chris P. Barnes
Publié dans: Biotechnology and Bioengineering, 2024, ISSN 1097-0290
Éditeur: Wiley Periodicals LLC (United States)
DOI: 10.1101/035972

Deep reinforcement learning for the control of microbial co-cultures in bioreactors

Auteurs: Neythen J. Treloar, Alex J. H. Fedorec, Brian Ingalls, Chris P. Barnes
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 16/4, 2020, Page(s) e1007783, ISSN 1553-7358
Éditeur: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1007783