Building biological computers from bacterial populations

Projektinformationen

SynBioBrain

ID Finanzhilfevereinbarung: 770835

DOI

10.3030/770835

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 23 April 2018

Startdatum 1 Mai 2018

Enddatum 31 Oktober 2024

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 998 025,00

EU-Beitrag

€ 1 998 025,00

Koordiniert durch

UNIVERSITY COLLEGE LONDON
United Kingdom

CORDIS bietet Links zu öffentlichen Ergebnissen und Veröffentlichungen von HORIZONT-Projekten.

Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Veröffentlichungen

Non-peer reviewed articles (2)

Single strain control of microbial consortia

Autoren: Fedorec AJ, Karkaria BD, Sulu M, Barnes CP
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2019.12.23.887331

SynBioBrain: building biological computers from bacterial

Autoren: Neythen J Treloar, Ke Yan Wen, Alex JH Fedorec, Chris P Barnes
Veröffentlicht in: The Project Repository Journal, Ausgabe 11, 2021, Seite(n) 32-35, ISSN 2632-4067
Herausgeber: European Dissemination Media Agency Limited
DOI: 10.54050/prj1117751

Peer reviewed articles (12)

From Microbial Communities to Distributed Computing Systems

Autoren: Behzad D. Karkaria, Neythen J. Treloar, Chris P. Barnes, Alex J. H. Fedorec
Veröffentlicht in: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Ausgabe 8, 2020, ISSN 2296-4185
Herausgeber: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fbioe.2020.00834

FlopR: An Open Source Software Package for Calibration and Normalization of Plate Reader and Flow Cytometry Data

Autoren: Alex J. H. Fedorec, Clare M. Robinson, Ke Yan Wen, Chris P. Barnes
Veröffentlicht in: ACS Synthetic Biology, Ausgabe 9/9, 2020, Seite(n) 2258-2266, ISSN 2161-5063
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.0c00296

Toward Engineering Biosystems With Emergent Collective Functions

Autoren: Thomas E. Gorochowski, Sabine Hauert, Jan-Ulrich Kreft, Lucia Marucci, Namid R. Stillman, T.-Y. Dora Tang, Lucia Bandiera, Vittorio Bartoli, Daniel O. R. Dixon, Alex J. H. Fedorec, Harold Fellermann, Alexander G. Fletcher, Tim Foster, Luca Giuggioli, Antoni Matyjaszkiewicz, Scott McCormick, Sandra Montes Olivas, Jonathan Naylor, Ana Rubio Denniss, Daniel Ward
Veröffentlicht in: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Ausgabe 8, 2020, ISSN 2296-4185
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fbioe.2020.00705

Emergent digital bio-computation through spatial diffusion and engineered bacteria

Autoren: Alex J. H. Fedorec, Neythen J. Treloar, Ke Yan Wen, Linda Dekker, Qing Hsuan Ong, Gabija Jurkeviciute, Enbo Lyu, Jack W. Rutter, Kathleen J. Y. Zhang, Luca Rosa, Alexey Zaikin, Chris P. Barnes
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-49264-3

Deep Reinforcement Learning for Optimal Experimental Design in Biology

Autoren: Neythen J. Treloar, Nathan Braniff, Brian Ingalls, Chris P. Barnes
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, 2024, ISSN 1553-7358
Herausgeber: PLOS
DOI: 10.1101/2022.05.09.491138

Chaos in synthetic microbial communities

Autoren: Behzad D. Karkaria, Angelika Manhart, Alex J. H. Fedorec, Chris P. Barnes
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 18, 2023, Seite(n) e1010548, ISSN 1553-7358
Herausgeber: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1010548

Towards an Aspect-Oriented Design and Modelling Framework for Synthetic Biology

Autoren: Philipp Boeing, Miriam Leon, Darren Nesbeth, Anthony Finkelstein, Chris Barnes
Veröffentlicht in: Processes, Ausgabe 6/9, 2018, Seite(n) 167, ISSN 2227-9717
Herausgeber: MDPI AG
DOI: 10.3390/pr6090167

Automated design of synthetic microbial communities

Autoren: Behzad D. Karkaria, Alex J. H. Fedorec, Chris P. Barnes
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 12, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-20756-2

Automated design of gene circuits with optimal mushroom-bifurcation behavior

Autoren: Irene Otero-Muras, Ruben Perez-Carrasco, Julio R. Banga, Chris P. Barnes
Veröffentlicht in: iScience, Ausgabe 26, 2025, Seite(n) 106836, ISSN 2589-0042
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.isci.2023.106836

Detecting Changes in the Caenorhabditis elegans Intestinal Environment Using an Engineered Bacterial Biosensor.

Autoren: Rutter, Jack W.; Ozdemir, Tanel; Galimov, Evgeniy R.; Quintaneiro, Leonor M.; Rosa, Luca; Thomas, Geraint M.; Cabreiro, Filipe; Barnes, Chris P.
Veröffentlicht in: ACS Synthetic Biology, Ausgabe 1, 2019, ISSN 2161-5063
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.9b00166

Engineered acetoacetate-inducible whole-cell biosensors based on the AtoSC two-component system

Autoren: Jack W. Rutter, Linda Dekker, Alex J. H. Fedorec, David T. Gonzales, Ke Yan Wen, Lewis E. S. Tanner, Emma Donovan, Tanel Ozdemir, Geraint Thomas, Chris P. Barnes
Veröffentlicht in: Biotechnology and Bioengineering, 2024, ISSN 1097-0290
Herausgeber: Wiley Periodicals LLC (United States)
DOI: 10.1101/035972

Deep reinforcement learning for the control of microbial co-cultures in bioreactors

Autoren: Neythen J. Treloar, Alex J. H. Fedorec, Brian Ingalls, Chris P. Barnes
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 16/4, 2020, Seite(n) e1007783, ISSN 1553-7358
Herausgeber: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1007783