Assessing, preserving and restoring man-microbes symbiosis

Informations projet

Homo.symbiosus

N° de convention de subvention: 788191

DOI

10.3030/788191

Projet clôturé

Date de signature de la CE 6 Novembre 2018

Date de début 1 Janvier 2019

Date de fin 31 Decembre 2024

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 491 014,00

Contribution de l’UE

€ 2 491 014,00

Coordonné par

INSTITUT NATIONAL DE RECHERCHE POUR L'AGRICULTURE, L'ALIMENTATION ET L'ENVIRONNEMENT
France

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Publications

Peer reviewed articles (19)

Temporary dietary fiber depletion prompts rapid and lasting gut microbiota restructuring in mice

Auteurs: Colombe Rous, Julie Cadiou, Hiba Yazbek, Elena Monzel, Mahesh S. Desai, Joel Doré, Maarten van de Guchte, Stanislas Mondot
Publié dans: Microbiology Spectrum, Numéro 13, 2025, ISSN 2165-0497
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/spectrum.01517-24

Microbiome testing in Europe: navigating analytical, ethical and regulatory challenges

Auteurs: Julie Rodriguez, Magali Cordaillat-Simmons, Nelly Badalato, Bernard Berger, Heloise Breton, Raynald de Lahondès, Mélanie Deschasaux-Tanguy, Clara Desvignes, Camille D’Humières, Stephan Kampshoff, Aonghus Lavelle, Amira Metwaly, Narciso M. Quijada, Jos F. M. L. Seegers, Austin Udocor, Hub Zwart, null null, Alessio Fasano, Federica Carraturo, Jonel Trebicka, Yolanda Godoy, Robert Schierwagen, P
Publié dans: Microbiome, Numéro 12, 2024, ISSN 2049-2618
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s40168-024-01991-x

Anorexia nervosa and gut microbiota: A systematic review and quantitative synthesis of pooled microbiological data

Auteurs: Laura Di Lodovico, Stanislas Mondot, Joël Doré, Isabelle Mack, Mouna Hanachi, Philip Gorwood
Publié dans: Progress in Neuro-Psychopharmacology and Biological Psychiatry, 2020, Page(s) 110114, ISSN 0278-5846
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.pnpbp.2020.110114

Roseburia, a decreased bacterial taxon in the gut microbiota of patients suffering from anorexia nervosa

Auteurs: Stanislas Mondot, Laurine Lachkar, Joël Doré, Hervé M. Blottière, Mouna Hanachi
Publié dans: European Journal of Clinical Nutrition, Numéro 76, 2022, Page(s) 1486-1489, ISSN 0954-3007
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41430-022-01116-3

Effects of isolation and confinement on gastrointestinal microbiota–a systematic review

Auteurs: Bea Klos, Christina Steinbach, Jasmin Ketel, Claude Lambert, John Penders, Joël Doré, Paul Enck, Isabelle Mack
Publié dans: Frontiers in Nutrition, Numéro 10, 2023, ISSN 2296-861X
Éditeur: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fnut.2023.1214016

Human-microbes symbiosis in health and disease, on earth and beyond planetary boundaries

Auteurs: Joel Doré, Sandra Ortega Ugalde
Publié dans: Frontiers in Astronomy and Space Sciences, Numéro 10, 2023, ISSN 2296-987X
Éditeur: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fspas.2023.1180522

Multicenter evaluation of gut microbiome profiling by next-generation sequencing reveals major biases in partial-length metabarcoding approach

Auteurs: Hugo Roume, Stanislas Mondot, Adrien Saliou, Sophie Le Fresne-Languille, Joël Doré
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 13, 2023, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-46062-7

Diet, fruit and vegetables and One Health: benefits for health, environment, society and the consumer—proceedings of the 9th edition of EGEA conference

Auteurs: Nathalie Komati, Elio Riboli, Joël Dore, Emma Boyland, Jean-Pierre Cravedi, Frans Folkvord, Jean-Michel Lecerf, Françoise Lescourret, Alain Peeters, Christian Reynolds, Benjamin Alles, Marie-Josèphe Amiot, Philippe Binard, Nathalie Delzenne, Nita Forouhi, Céline Giner, Boitshepo Giyose, Carmen Gloria Gonzalez, Marc J. Gunter, Rémi Kahane, Anna Herforth, Roel Hermans, Diego S. Intrigliolo, Giu
Publié dans: European Journal of Nutrition, Numéro 64, 2025, ISSN 1436-6207
Éditeur: Dr. Dietrich Steinkopff Verlag
DOI: 10.1007/s00394-025-03610-3

Increasing the diversity of dietary fibers in a daily-consumed bread modifies gut microbiota and metabolic profile in subjects at cardiometabolic risk

Auteurs: Harimalala Ranaivo, Florence Thirion, Christel Béra-Maillet, Susie Guilly, Chantal Simon, Monique Sothier, Laurie Van Den Berghe, Nathalie Feugier-Favier, Stéphanie Lambert-Porcheron, Isabelle Dussous, Loïc Roger, Hugo Roume, Nathalie Galleron, Nicolas Pons, Emmanuelle Le Chatelier, Stanislav Dusko Ehrlich, Martine Laville, Joël Doré, Julie-Anne Nazare
Publié dans: Gut Microbes, Numéro 14, 2025, ISSN 1949-0976
Éditeur: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/19490976.2022.2044722

Associations Among Diet, Health, Lifestyle, and Gut Microbiota Composition in the General French Population: Protocol for the Le French Gut – Le Microbiote Français Study

Auteurs: Chloe Connan, Sébastien Fromentin, Mourad Benallaoua, Anne-Sophie Alvarez, Nicolas Pons, Benoît Quinquis, Christian Morabito, Julie-Anne Nazare, Elise Borezée-Durant, null null, Florence Haimet, Stanislav Dusko Ehrlich, Karine Valeille, Alexandre Cavezza, Hervé Blottière, Patrick Veiga, Mathieu Almeida, Joël Doré, Robert Benamouzig
Publié dans: JMIR Research Protocols, Numéro 14, 2025, Page(s) e64894, ISSN 1929-0748
Éditeur: JMIR Publications Inc.
DOI: 10.2196/64894

Questioning the fetal microbiome and pitfalls of low-biomass microbial studies

Auteurs: Kennedy, Katherine M.; de Goffau, Marcus C.; Perez-Munoz, Maria Elisa; Arrieta, Marie-Claire; Bäckhed, Fredrick; Bork, Peer; Braun, Thorsten; Bushman, Frederic D.; Dore, Joel; de Vos, Willem M.; Earl, Ashley M.; Eisen, Jonathan A.; Elovitz, Michal A.; Ganal-Vonarburg, Stephanie C.; Gänzle, Michael G.; Garrett, Wendy S.; Hall, Lindsay J.; Hornef, Mathias W.; Huttenhower, Curtis; Konnikova, Liza;
Publié dans: Nature, Numéro 19, 2023, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05546-8

Gut Microbiota Resilience: Definition, Link to Health and Strategies for Intervention

Auteurs: Shaillay Kumar Dogra, Joel Doré, Sami Damak
Publié dans: Frontiers in Microbiology, Numéro 11, 2020, ISSN 1664-302X
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2020.572921

A mechanistic modelling approach of the host–microbiota interactions to investigate beneficial symbiotic resilience in the human gut

Auteurs: Marie Haghebaert, Béatrice Laroche, Lorenzo Sala, Stanislas Mondot, Joël Doré
Publié dans: Journal of The Royal Society Interface, Numéro 21, 2024, ISSN 1742-5662
Éditeur: The Royal Society
DOI: 10.1098/rsif.2023.0756

Introduction to host microbiome symbiosis in health and disease

Auteurs: Florent Malard, Joel Dore, Béatrice Gaugler, Mohamad Mohty
Publié dans: Mucosal Immunology, Numéro 14/3, 2021, Page(s) 547-554, ISSN 1933-0219
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41385-020-00365-4

Dynamic properties of the intestinal ecosystem call for combination therapies, targeting inflammation and microbiota, in ulcerative colitis

Auteurs: Maarten van de Guchte, Stanislas Mondot, Joël Doré
Publié dans: Gastroenterology, 2021, ISSN 0016-5085
Éditeur: W. B. Saunders Co., Ltd.
DOI: 10.1053/j.gastro.2021.08.057

Alternative stable states in the intestinal ecosystem: proof of concept in a rat model and a perspective of therapeutic implications

Auteurs: Maarten Van de Guchte, Sebastian D. Burz, Julie Cadiou, Jiangbo Wu, Stanislas Mondot, Hervé M. Blottière, Joël Doré
Publié dans: Microbiome, Numéro 8/1, 2020, ISSN 2049-2618
Éditeur: BMS
DOI: 10.1186/s40168-020-00933-7

Alterations in gut microbiota characteristics along a type 2 diabetes risk gradient linked with family history

Auteurs: Oscar Gitton-Quent, Mathilde Sola, Nicolas Maziers, Anne Hiol, Nicolas Dechamp, Emmanuelle Le Chatelier, Mathilde Touvier, Pilar Galan, Aymeric David, Christian Morabito, Alexandre Famechon, Benoit Quinquis, Mahendra Mariadassou, Patrick Veiga, Joel Dore, Magali Berland, Melanie Deschasaux-Tanguy
Publié dans: Gut Microbes Reports, Numéro 2, 2025, ISSN 2993-3935
Éditeur: Informa UK Limited
DOI: 10.1080/29933935.2025.2527766

Cognition and gut microbiota in schizophrenia spectrum and mood disorders: A systematic review

Auteurs: S. Frileux, M. Boltri, J. Doré, M. Leboyer, P. Roux
Publié dans: Neuroscience & Biobehavioral Reviews, Numéro 162, 2024, Page(s) 105722, ISSN 0149-7634
Éditeur: Pergamon Press Ltd.
DOI: 10.1016/j.neubiorev.2024.105722

Gut microbiota diversity after autologous fecal microbiota transfer in acute myeloid leukemia patients

Auteurs: Florent Malard, Anne Vekhoff, Simona Lapusan, Francoise Isnard, Evelyne D’incan-Corda, Jérôme Rey, Colombe Saillard, Xavier Thomas, Sophie Ducastelle-Lepretre, Etienne Paubelle, Marie-Virginie Larcher, Clément Rocher, Christian Recher, Suzanne Tavitian, Sarah Bertoli, Anne-Sophie Michallet, Lila Gilis, Pierre Peterlin, Patrice Chevallier, Stéphanie Nguyen, Emilie Plantamura, Lilia Boucinha,
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-23376-6