A Google Earth Approach to Understanding Collagen Mineralization

Informations projet

COLMIN

N° de convention de subvention: 788982

DOI

10.3030/788982

Projet clôturé

Date de signature de la CE 24 Mai 2018

Date de début 1 Janvier 2019

Date de fin 30 Avril 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 3 498 006,25

Contribution de l’UE

€ 3 498 006,00

Coordonné par

STICHTING RADBOUD UNIVERSITAIR MEDISCH CENTRUM
Netherlands

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Publications

Thesis and dissertations (1)

Unravelling the Role of Glycosylation on the Mineralization of Collagen Type I - Model Systems and Advanced Transmission Electron Microscopy

Auteurs: Rutten, L.J.
Publié dans: Numéro 1, 2024, ISBN 978-94-6473-655-6
Éditeur: Luco Rutten

Peer reviewed articles (17)

A Cryo‐to‐Liquid Phase Correlative Light Electron Microscopy Workflow for the Visualization of Biological Processes in Graphene Liquid Cells

Auteurs: Luco Rutten, Ben Joosten, Judith Schaart, Marit de Beer, Rona Roverts, Steffen Gräber, Willi Jahnen‐Dechent, Anat Akiva, Elena Macías‐Sánchez, Nico Sommerdijk
Publié dans: Advanced Functional Materials, Numéro 35, 2025, ISSN 1616-301X
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/adfm.202416938

Involvement of ceramide biosynthesis in increased extracellular vesicle release in Pkd1 knock out cells

Auteurs: Valentina Carotti, Jenny van der Wijst, Eric H. J. Verschuren, Luco Rutten, Nico Sommerdijk, Charlotte Kaffa, Vera Sommers, Juan P. Rigalli, Joost G. J. Hoenderop
Publié dans: Frontiers in Endocrinology, Numéro 13, 2022, ISSN 1664-2392
Éditeur: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fendo.2022.1005639

Bioinspired Silk Fibroin Mineralization for Advanced In Vitro Bone Remodeling Models

Auteurs: Bregje W. M. de Wildt,Robin van der Meijden,Paul A. A. Bartels,Nico A. J. M. Sommerdijk,Anat Akiva,Keita Ito,Sandra Hofmann
Publié dans: ADVANCED FUNCTIONAL MATERIALS, Numéro 1616301X, 2022, ISSN 1616-301X
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/adfm.202206992

On the role of the glycosylation of type I collagen in bone

Auteurs: Luco Rutten, Elena Macías-Sánchez, Nico Sommerdijk
Publié dans: Journal of Structural Biology, Numéro 216, 2025, Page(s) 108145, ISSN 1047-8477
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jsb.2024.108145

Precise targeting for 3D cryo-correlative light and electron microscopy volume imaging of tissues using a FinderTOP

Auteurs: Marit de Beer, Deniz Daviran, Rona Roverts, Luco Rutten, Elena Macías-Sánchez, Juriaan R. Metz, Nico Sommerdijk, Anat Akiva
Publié dans: Communications Biology, Numéro 6, 2023, ISSN 2399-3642
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s42003-023-04887-y

Comparative 3D ultrastructure of Plasmodium falciparum gametocytes

Auteurs: Felix Evers, Rona Roverts, Cas Boshoven, Mariska Kea-te Lindert, Julie M. J. Verhoef, Nico Sommerdijk, Robert E. Sinden, Anat Akiva, Taco W. A. Kooij
Publié dans: Nature Communications, Numéro 16, 2025, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-55413-5

Cell-induced collagen alignment in a 3D in vitro culture during extracellular matrix production

Auteurs: Judith M. Schaart, Mariska Kea-te Lindert, Rona Roverts, Wouter H. Nijhuis, Nico Sommerdijk, Anat Akiva
Publié dans: Journal of Structural Biology, Numéro 216, 2024, Page(s) 108096, ISSN 1047-8477
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jsb.2024.108096

Intermolecular channels direct crystal orientation in mineralized collagen

Auteurs: YiFei Xu, Fabio Nudelman, E. Deniz Eren, Maarten J. M. Wirix, Bram Cantaert, Wouter H. Nijhuis, Daniel Hermida-Merino, Giuseppe Portale, Paul H. H. Bomans, Christian Ottmann, Heiner Friedrich, Wim Bras, Anat Akiva, Joseph P. R. O. Orgel, Fiona C. Meldrum, Nico Sommerdijk
Publié dans: Nature Communications, Numéro 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-18846-2

Correlative Raman spectroscopy and electron microscopy identifies glycogen rich deposits correlated with local structural defects in long bones of type IV osteogenesis imperfecta patients

Auteurs: R.H.M. Van der Meijden, M.H. Scholten, W.H. Nijhuis, R.J.B. Sakkers, N. Sommerdijk, A. Akiva
Publié dans: Journal of Structural Biology, Numéro 216, 2025, Page(s) 108142, ISSN 1047-8477
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jsb.2024.108142

Visualizing Biological Tissues: A Multiscale Workflow from Live Imaging to 3D Cryo-CLEM

Auteurs: Marit de Beer, Rona Roverts, Xavier Heiligenstein, Edwin Lamers, Nico Sommerdijk, Anat Akiva
Publié dans: Microscopy and Microanalysis, Numéro 27, 2023, Page(s) 11-12, ISSN 1431-9276
Éditeur: Cambridge University Press
DOI: 10.1017/s1431927621013635

An Organoid for Woven Bone

Auteurs: Anat Akiva, Johanna Melke, Sana Ansari, Nalan Liv, Robin Meijden, Merijn Erp, Feihu Zhao, Merula Stout, Wouter H. Nijhuis, Cilia Heus, Claudia Muñiz Ortera, Job Fermie, Judith Klumperman, Keita Ito, Nico Sommerdijk, Sandra Hofmann
Publié dans: Advanced Functional Materials, 2021, Page(s) 2010524, ISSN 1616-301X
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/adfm.202010524

Imatinib attenuates reperfusion injury in a rat model of acute myocardial infarction

Auteurs: Lara S. F. Konijnenberg, Tom T. J. Luiken, Andor Veltien, Laween Uthman, Carolien T. A. Kuster, Laura Rodwell, Guus A. de Waard, Mariska Kea-te Lindert, Anat Akiva, Dick H. J. Thijssen, Robin Nijveldt, Niels van Royen
Publié dans: Basic Research in Cardiology, Numéro 118, 2023, ISSN 1435-1803
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1007/s00395-022-00974-z

Human pluripotent stem cell-derived kidney organoids for personalized congenital and idiopathic nephrotic syndrome modeling

Auteurs: Jitske Jansen, Bartholomeus T. van den Berge, Martijn van den Broek, Rutger J. Maas, Deniz Daviran, Brigith Willemsen, Rona Roverts, Marit van der Kruit, Christoph Kuppe, Katharina C. Reimer, Gianluca Di Giovanni, Fieke Mooren, Quincy Nlandu, Helmer Mudde, Roy Wetzels, Dirk den Braanker, Naomi Parr, James S. Nagai, Vedran Drenic, Ivan G. Costa, Eric Steenbergen, Tom Nijenhuis, Henry Dijkman, Nicol
Publié dans: Development, Numéro 149, 2022, ISSN 0950-1991
Éditeur: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/dev.200198

Endocytosis-like DNA uptake by cell wall-deficient bacteria

Auteurs: Renée Kapteijn, Shraddha Shitut, Dennis Aschmann, Le Zhang, Marit de Beer, Deniz Daviran, Rona Roverts, Anat Akiva, Gilles P. van Wezel, Alexander Kros, Dennis Claessen
Publié dans: Nature Communications, Numéro 13, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-33054-w

From bone regeneration to three-dimensional in vitro models: tissue engineering of organized bone extracellular matrix

Auteurs: Bregje W.M. de Wildt, Sana Ansari, Nico A.J.M. Sommerdijk, Keita Ito, Anat Akiva, Sandra Hofmann
Publié dans: Current Opinion in Biomedical Engineering, Numéro 10, 2019, Page(s) 107-115, ISSN 2468-4511
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cobme.2019.05.005

A 3D Cell‐Free Bone Model Shows Collagen Mineralization is Driven and Controlled by the Matrix

Auteurs: Robin H.M. van der Meijden, Deniz Daviran, Luco Rutten, X. Frank Walboomers, Elena Macías‐Sánchez, Nico Sommerdijk, Anat Akiva
Publié dans: Advanced Functional Materials, Numéro 33, 2023, ISSN 1616-301X
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/adfm.202212339

SARS-CoV-2 infects the human kidney and drives fibrosis in kidney organoids

Auteurs: Jitske Jansen; Katharina C. Reimer; James S. Nagai; Finny S. Varghese; Gijs J. Overheul; Marit de Beer; Rona Roverts; Deniz Daviran; Liline A.S. Fermin; Brigith Willemsen; Marcel Beukenboom; Sonja Djudjaj; Saskia von Stillfried; Larissa E. van Eijk; Mirjam Mastik; Marian Bulthuis; Wilfred den Dunnen; Harry van Goor; Jan-Luuk Hillebrands; Sergio H. Triana; Theodore Alexandrov; Marie-Cherelle Timm;
Publié dans: CELL STEM CELL, Numéro 19345909, 2021, ISSN 1934-5909
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stem.2021.12.010

Book chapters (1)

HPM live μ for a full CLEM workflow

Auteurs: Xavier Heiligenstein, Marit de Beer, Jérôme Heiligenstein, Frédérique Eyraud, Laurent Manet, Fabrice Schmitt, Edwin Lamers, Joerg Lindenau, Mariska Kea-te Lindert, Jean Salamero, Graça Raposo, Nico Sommerdijk, Martin Belle, Anat Akiva
Publié dans: Correlative Light and Electron Microscopy IV, Numéro 162, 2021, Page(s) 115-149, ISBN 9780128220580
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/bs.mcb.2020.10.022