Unified computational solutions to disentangle biological interactions in multi-omics data

Informations projet

FindingPheno

N° de convention de subvention: 952914

DOI

10.3030/952914

Projet clôturé

Date de signature de la CE 2 Decembre 2020

Date de début 1 Mars 2021

Date de fin 31 Août 2025

Financé au titre de

• INDUSTRIAL LEADERSHIP - Leadership in enabling and industrial technologies – Biotechnology

Coût total

€ 5 793 085,00

Contribution de l’UE

€ 5 793 085,00

Coordonné par

KOBENHAVNS UNIVERSITET
Denmark

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Documents, reports (8)

Analysis of host-microbiome dynamics in gut microenvironment
Second Report on dissemination, training and networking activities in FindingPheno

Report on dissemination, training and networking activities in FindingPheno

Report on dissemination, training and networking activities in FindingPheno

Report on dissemination training and networking activities in FindingPheno

Plenary kick-off meeting, including minutes

Plenary kickoff meeting including minutes

PDER agreed (updated annually or when needed)

PDER agreed updated annually or when needed

Summary on challenges in curating public data to apply FindingPheno's solutions

Summary on challenges in curating public data to apply FindingPheno’s solutions

Knowledge resources for chicken, salmon and maize

Knowledge resources for chicken salmon and maize

Stakeholder Synergy Meeting

Websites, patent fillings, videos etc. (2)

Visual identity and project website for FindingPheno released
Dynamic model for multi-omic host-microbiome interactions

Publications

Peer reviewed articles (16)

A strategic model of a host–microbe–microbe system reveals the importance of a joint host–microbe immune response to combat stress-induced gut dysbiosis

Auteurs: István Scheuring, Jacob A, Rasmussen, Davide Bozzi, Morten T Limborg
Publié dans: Frontiers in Microbiology, Numéro 04. August, 2022, ISSN 1664-302X
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2022.912806

Cooperation in public goods game does not require assortment and depends on population density

Auteurs: Adél Károlyi, István Scheuring
Publié dans: Journal of Evolutionary Biology, Numéro 37, 2024, Page(s) 451-463, ISSN 1420-9101
Éditeur: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/jeb/voae029

The Evolution of Microbial Facilitation: Sociogenesis, Symbiogenesis, and Transition in Individuality

Auteurs: István Zachár, Gergely Boza
Publié dans: Frontiers in Ecology and Evolution, Numéro 13 April, 2022, ISSN 2296-701X
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fevo.2022.798045

Assessing the safety of microbiome perturbations

Auteurs: Aline Metris, Alan W. Walker, Alicia Showering, Andrea Doolan, Andrew J. McBain, Antonis Ampatzoglou, Barry Murphy, Catherine O'Neill, Colette Shortt, Elizabeth M. Darby, Gary Aldis, Greg G. Hillebrand, Helen L. Brown, Hilary P. Browne, Jay P. Tiesman, Joy Leng, Leo Lahti, Nicholas S. Jakubovics, Oliver Hasselwander, Robert D. Finn, Silvia Klamert, Tamas Korcsmaros, Lindsay J. Hall
Publié dans: Microbial Genomics, Numéro 11, 2025, ISSN 2057-5858
Éditeur: Microbiology Society
DOI: 10.1099/mgen.0.001405

Effects of joint invasion: How co-invaders affect each other's success in model food webs?

Auteurs: Ágnes Móréh, Ferenc Jordán, István Scheuring
Publié dans: Ecological Modelling, Numéro 492, 2025, Page(s) 110735, ISSN 0304-3800
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ecolmodel.2024.110735

Invaders’ trophic position and their direct and indirect relationship influence on resident food webs

Auteurs: Ágnes Móréh, István Scheuring
Publié dans: Ecological Modelling, Numéro 508, 2025, Page(s) 111238, ISSN 0304-3800
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ecolmodel.2025.111238

LimROTS: A Hybrid Method Integrating Empirical Bayes and Reproducibility-Optimized Statistics for Robust Differential Expression Analysis

Auteurs: Ali Mostafa Anwar, Akewak Jeba, Leo Lahti, Eleanor Coffey
Publié dans: bioRXiv, Numéro February 08, 2025, 2025, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1101/2025.02.06.636801

Dealing with dimensionality: the application of machine learning to multi-omics data

Auteurs: Dylan Feldner-Busztin ,Panos Firbas Nisantzis,Shelley Jane Edmunds ,Gergely Boza ,Fernando Racimo,Shyam Gopalakrishnan,Morten Tønsberg Limborg,Leo Lahti,Gonzalo G. de Polavieja
Publié dans: Bioinformatics, Numéro Volume 39, Numéro 2, February 2023, 2023, ISSN 1367-4811
Éditeur: Oxford Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad021

Quantifying the impact of ecological memory on the dynamics of interacting communities

Auteurs: Moein Khalighi; Didier Gonze; Karoline Faust; Guilhem Sommeria-Klein; Leo Lahti
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 1553734X, 2022, Page(s) e1009396, ISSN 1553-734X
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1009396

Eco-evolutionary modelling of microbial syntrophy indicates the robustness of cross-feeding over cross-facilitation

Auteurs: Gergely Boza, György Barabás, István Scheuring, István Zachar
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 2022 January 17. Volume 13, 2022, Page(s) 1-15, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-27421-w

Elementary methods provide more replicable results in microbial differential abundance analysis

Auteurs: Juho Pelto, Kari Auranen, Janne V Kujala, Leo Lahti
Publié dans: Briefings in Bioinformatics, Numéro 26, 2025, ISSN 1467-5463
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bib/bbaf130

iSEEtree: interactive explorer for hierarchical data

Auteurs: Giulio Benedetti, Ely Seraidarian, Theotime Pralas, Akewak Jeba, Tuomas Borman, Leo Lahti
Publié dans: Bioinformatics Advances, Numéro 5, 2025, ISSN 2635-0041
Éditeur: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioadv/vbaf107

Gender differences in global antimicrobial resistance

Auteurs: Mahkameh Salehi, Ville Laitinen, Shivang Bhanushali, Johan Bengtsson-Palme, Peter Collignon, John J. Beggs, Katariina Pärnänen, Leo Lahti
Publié dans: npj Biofilms and Microbiomes, Numéro 11, 2025, ISSN 2055-5008
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41522-025-00715-9

Integration of polygenic and gut metagenomic risk prediction for common diseases

Auteurs: Yang Liu, Scott C. Ritchie, Shu Mei Teo, Matti O. Ruuskanen, Oleg Kambur, Qiyun Zhu, Jon Sanders, Yoshiki Vázquez-Baeza, Karin Verspoor, Pekka Jousilahti, Leo Lahti, Teemu Niiranen, Veikko Salomaa, Aki S. Havulinna, Rob Knight, Guillaume Méric, Michael Inouye
Publié dans: Nature Aging, Numéro 4, 2024, Page(s) 584-594, ISSN 2662-8465
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s43587-024-00590-7

Cue-driven microbial cooperation and communication: evolving quorum sensing with honest signaling

Auteurs: Tamás Czárán, István Scheuring, István Zachar, Szabolcs Számadó
Publié dans: BMC Biology, Numéro 22, 2024, ISSN 1741-7007
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-024-01857-6

Learning and teaching biological data science in the Bioconductor community

Auteurs: Jenny Drnevich, Frederick J. Tan, Fabricio Almeida-Silva, Robert Castelo, Aedin C. Culhane, Sean Davis, Maria A. Doyle, Ludwig Geistlinger, Andrew R. Ghazi, Susan Holmes, Leo Lahti, Alexandru Mahmoud, Kozo Nishida, Marcel Ramos, Kevin Rue-Albrecht, David J. H. Shih, Laurent Gatto, Charlotte Soneson
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 21, 2025, Page(s) e1012925, ISSN 1553-7358
Éditeur: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1012925

Non-peer reviewed articles (2)

Biome-specific genome catalogues reveal functional potential of shallow sequencing

Auteurs: Alejandra Escobar-Zepeda, Matti O. Ruuskanen, Martin Beracochea, Jennifer Lu, Dattatray Mongad, Lorna Richardson, Robert D. Finn, Leo Lahti
Publié dans: bioRXiv, 2025, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1101/2025.06.16.659887

Multi-omics time-series analysis in microbiome research: a systematic review

Auteurs: Moiz Khan Sherwani, Matti O. Ruuskanen, Dylan Feldner-Busztin, Panos Nisantzis Firbas, Gergely Boza, Ágnes Móréh, Tuomas Borman, Pande Putu Erawijantari, István Scheuring, Shyam Gopalakrishnan, Leo Lahti
Publié dans: bioRXiv, 2025, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1101/2025.07.03.659054

Other (1)

C.La.P.: Enhancing transformer-based genomic signal modeling by integrating DNA sequences and chromatin accessibility data

Auteurs: Panos Firbas Nisantzis, Carolina Gonçalves, Gonzalo de Polavieja
Publié dans: bioRxiv, Numéro February 23, 2025, 2025
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2025.02.19.638643