Unified computational solutions to disentangle biological interactions in multi-omics data

Projektinformationen

FindingPheno

ID Finanzhilfevereinbarung: 952914

DOI

10.3030/952914

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 2 Dezember 2020

Startdatum 1 März 2021

Enddatum 31 August 2025

Finanziert unter

• INDUSTRIAL LEADERSHIP - Leadership in enabling and industrial technologies – Biotechnology

Gesamtkosten

€ 5 793 085,00

EU-Beitrag

€ 5 793 085,00

Koordiniert durch

KOBENHAVNS UNIVERSITET
Denmark

CORDIS bietet Links zu öffentlichen Ergebnissen und Veröffentlichungen von HORIZONT-Projekten.

Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Leistungen

Documents, reports (8)

Analysis of host-microbiome dynamics in gut microenvironment
Second Report on dissemination, training and networking activities in FindingPheno

Report on dissemination, training and networking activities in FindingPheno

Report on dissemination, training and networking activities in FindingPheno

Report on dissemination training and networking activities in FindingPheno

Plenary kick-off meeting, including minutes

Plenary kickoff meeting including minutes

PDER agreed (updated annually or when needed)

PDER agreed updated annually or when needed

Summary on challenges in curating public data to apply FindingPheno's solutions

Summary on challenges in curating public data to apply FindingPheno’s solutions

Knowledge resources for chicken, salmon and maize

Knowledge resources for chicken salmon and maize

Stakeholder Synergy Meeting

Websites, patent fillings, videos etc. (2)

Visual identity and project website for FindingPheno released
Dynamic model for multi-omic host-microbiome interactions

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (16)

A strategic model of a host–microbe–microbe system reveals the importance of a joint host–microbe immune response to combat stress-induced gut dysbiosis

Autoren: István Scheuring, Jacob A, Rasmussen, Davide Bozzi, Morten T Limborg
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 04. August, 2022, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2022.912806

Cooperation in public goods game does not require assortment and depends on population density

Autoren: Adél Károlyi, István Scheuring
Veröffentlicht in: Journal of Evolutionary Biology, Ausgabe 37, 2024, Seite(n) 451-463, ISSN 1420-9101
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/jeb/voae029

The Evolution of Microbial Facilitation: Sociogenesis, Symbiogenesis, and Transition in Individuality

Autoren: István Zachár, Gergely Boza
Veröffentlicht in: Frontiers in Ecology and Evolution, Ausgabe 13 April, 2022, ISSN 2296-701X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fevo.2022.798045

Assessing the safety of microbiome perturbations

Autoren: Aline Metris, Alan W. Walker, Alicia Showering, Andrea Doolan, Andrew J. McBain, Antonis Ampatzoglou, Barry Murphy, Catherine O'Neill, Colette Shortt, Elizabeth M. Darby, Gary Aldis, Greg G. Hillebrand, Helen L. Brown, Hilary P. Browne, Jay P. Tiesman, Joy Leng, Leo Lahti, Nicholas S. Jakubovics, Oliver Hasselwander, Robert D. Finn, Silvia Klamert, Tamas Korcsmaros, Lindsay J. Hall
Veröffentlicht in: Microbial Genomics, Ausgabe 11, 2025, ISSN 2057-5858
Herausgeber: Microbiology Society
DOI: 10.1099/mgen.0.001405

Effects of joint invasion: How co-invaders affect each other's success in model food webs?

Autoren: Ágnes Móréh, Ferenc Jordán, István Scheuring
Veröffentlicht in: Ecological Modelling, Ausgabe 492, 2025, Seite(n) 110735, ISSN 0304-3800
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ecolmodel.2024.110735

Invaders’ trophic position and their direct and indirect relationship influence on resident food webs

Autoren: Ágnes Móréh, István Scheuring
Veröffentlicht in: Ecological Modelling, Ausgabe 508, 2025, Seite(n) 111238, ISSN 0304-3800
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ecolmodel.2025.111238

LimROTS: A Hybrid Method Integrating Empirical Bayes and Reproducibility-Optimized Statistics for Robust Differential Expression Analysis

Autoren: Ali Mostafa Anwar, Akewak Jeba, Leo Lahti, Eleanor Coffey
Veröffentlicht in: bioRXiv, Ausgabe February 08, 2025, 2025, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1101/2025.02.06.636801

Dealing with dimensionality: the application of machine learning to multi-omics data

Autoren: Dylan Feldner-Busztin ,Panos Firbas Nisantzis,Shelley Jane Edmunds ,Gergely Boza ,Fernando Racimo,Shyam Gopalakrishnan,Morten Tønsberg Limborg,Leo Lahti,Gonzalo G. de Polavieja
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe Volume 39, Ausgabe 2, February 2023, 2023, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Oxford Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad021

Quantifying the impact of ecological memory on the dynamics of interacting communities

Autoren: Moein Khalighi; Didier Gonze; Karoline Faust; Guilhem Sommeria-Klein; Leo Lahti
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 1553734X, 2022, Seite(n) e1009396, ISSN 1553-734X
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1009396

Eco-evolutionary modelling of microbial syntrophy indicates the robustness of cross-feeding over cross-facilitation

Autoren: Gergely Boza, György Barabás, István Scheuring, István Zachar
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 2022 January 17. Volume 13, 2022, Seite(n) 1-15, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-27421-w

Elementary methods provide more replicable results in microbial differential abundance analysis

Autoren: Juho Pelto, Kari Auranen, Janne V Kujala, Leo Lahti
Veröffentlicht in: Briefings in Bioinformatics, Ausgabe 26, 2025, ISSN 1467-5463
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bib/bbaf130

iSEEtree: interactive explorer for hierarchical data

Autoren: Giulio Benedetti, Ely Seraidarian, Theotime Pralas, Akewak Jeba, Tuomas Borman, Leo Lahti
Veröffentlicht in: Bioinformatics Advances, Ausgabe 5, 2025, ISSN 2635-0041
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioadv/vbaf107

Gender differences in global antimicrobial resistance

Autoren: Mahkameh Salehi, Ville Laitinen, Shivang Bhanushali, Johan Bengtsson-Palme, Peter Collignon, John J. Beggs, Katariina Pärnänen, Leo Lahti
Veröffentlicht in: npj Biofilms and Microbiomes, Ausgabe 11, 2025, ISSN 2055-5008
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41522-025-00715-9

Integration of polygenic and gut metagenomic risk prediction for common diseases

Autoren: Yang Liu, Scott C. Ritchie, Shu Mei Teo, Matti O. Ruuskanen, Oleg Kambur, Qiyun Zhu, Jon Sanders, Yoshiki Vázquez-Baeza, Karin Verspoor, Pekka Jousilahti, Leo Lahti, Teemu Niiranen, Veikko Salomaa, Aki S. Havulinna, Rob Knight, Guillaume Méric, Michael Inouye
Veröffentlicht in: Nature Aging, Ausgabe 4, 2024, Seite(n) 584-594, ISSN 2662-8465
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s43587-024-00590-7

Cue-driven microbial cooperation and communication: evolving quorum sensing with honest signaling

Autoren: Tamás Czárán, István Scheuring, István Zachar, Szabolcs Számadó
Veröffentlicht in: BMC Biology, Ausgabe 22, 2024, ISSN 1741-7007
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-024-01857-6

Learning and teaching biological data science in the Bioconductor community

Autoren: Jenny Drnevich, Frederick J. Tan, Fabricio Almeida-Silva, Robert Castelo, Aedin C. Culhane, Sean Davis, Maria A. Doyle, Ludwig Geistlinger, Andrew R. Ghazi, Susan Holmes, Leo Lahti, Alexandru Mahmoud, Kozo Nishida, Marcel Ramos, Kevin Rue-Albrecht, David J. H. Shih, Laurent Gatto, Charlotte Soneson
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 21, 2025, Seite(n) e1012925, ISSN 1553-7358
Herausgeber: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1012925

Non-peer reviewed articles (2)

Biome-specific genome catalogues reveal functional potential of shallow sequencing

Autoren: Alejandra Escobar-Zepeda, Matti O. Ruuskanen, Martin Beracochea, Jennifer Lu, Dattatray Mongad, Lorna Richardson, Robert D. Finn, Leo Lahti
Veröffentlicht in: bioRXiv, 2025, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1101/2025.06.16.659887

Multi-omics time-series analysis in microbiome research: a systematic review

Autoren: Moiz Khan Sherwani, Matti O. Ruuskanen, Dylan Feldner-Busztin, Panos Nisantzis Firbas, Gergely Boza, Ágnes Móréh, Tuomas Borman, Pande Putu Erawijantari, István Scheuring, Shyam Gopalakrishnan, Leo Lahti
Veröffentlicht in: bioRXiv, 2025, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1101/2025.07.03.659054

Other (1)

C.La.P.: Enhancing transformer-based genomic signal modeling by integrating DNA sequences and chromatin accessibility data

Autoren: Panos Firbas Nisantzis, Carolina Gonçalves, Gonzalo de Polavieja
Veröffentlicht in: bioRxiv, Ausgabe February 23, 2025, 2025
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2025.02.19.638643