La cartographie génétique dans la maladie
Des recherches récentes ont alimenté la découverte de plus de 500 associations de phénotype de polymorphisme d'un nucléotide simple (PNS) validées. Cependant, les PNS n'expliquent pas le caractère héritable de nombreuses maladies génétiques courantes et leur effet au niveau de la cellule reste inconnu. Dans un proche avenir, les projets de cartographie des maladies auront accès à la totalité du séquençage du génome. Pour pouvoir gérer et analyser des données dimensionnelles très élevées de manière statistiquement puissante et les interpréter en lien avec les phénotypes complexes, des méthodes appropriées sont nécessaires de toute urgence. Le projet NEXTGENE (Next generation disease mapping), financé par l'UE, visait à développer de nouvelles méthodes capables d'identifier plusieurs variantes contribuant à la maladie en modélisant explicitement leur interaction et en combinant le signal statistique apporté par plusieurs variantes rares. L'approche a analysé les données de séquençage et les fréquences des variantes associées ont été basées sur celles obtenues de la théorie de l'évolution. En outre, ils ont étudié comment les gènes associés à la maladie se rapprochent davantage dans l'espace d'interaction de la protéine et ont utilisé cela pour concevoir une nouvelle méthode pour l'identification des gènes de la maladie. Ils ont également généré des logiciels capables de détecter des polymorphismes d'insertion et de suppression ainsi que de permettre un assemblage efficace de mitochondries complètes dans les études de séquençage du génome entier. Curieusement, la comparaison des génomes des parents et des enfants a permis aux chercheurs de calculer le taux de mutation de novo et de trouver sa contribution en faveur de nouvelles maladies. Ensemble, les résultats attendus du projet NEXTGENE fournissent une compréhension approfondie de la façon dont certaines variantes génétiques contribuent à la maladie. Les outils générés et les résultats sont d'une pertinence clinique et stimuleront les futurs projets de recherche dans le domaine.
Mots‑clés
Génétique humaine, SNP, NEXTGENE, mitochondries, taux de mutation
