Mapowanie genetyczne w przypadku chorób
Ostatnie badania zaowocowały odkryciem ponad 500 zweryfikowanych powiązań fenotypowych, w których występuje polimorfizm pojedynczego nukleotydu (SNP). Jednakże polimorfizmy SNP nie wyjaśniają dziedziczności wielu powszechnych chorób genetycznych, a ich działanie na poziomie komórki jest cały czas nieznane. W najbliższej przyszłości w projektach mapowania chorób będzie możliwe sekwencjonowanie całego genomu. Aby móc zarządzać bardzo dużymi ilościami danych wielowymiarowych, analizować je w sposób umożliwiający prowadzenie statystyk oraz interpretować w odniesieniu do złożonych fenotypów, pilnie potrzebne jest opracowanie odpowiednich metod. W ramach finansowanego ze środków UE projektu NEXTGENE (Next generation disease mapping) opracowano nowe metody, które umożliwiają identyfikację większej ilości wariantów przyczyniających się do chorób poprzez dokładne modelowanie ich interakcji oraz łączenie sygnału statystycznego przekazywanego przez kilka rzadkich wariantów. Tą metodą analizowano dane sekwencyjne, a w przypadku częstotliwości powiązanych wariantów bazowano na częstotliwościach wynikających z teorii ewolucyjnej. Dodatkowo zbadano, w jaki sposób geny związane z chorobą znajdują się bliżej w przestrzeni interakcji białkowych i wykorzystano te informacje do opracowania nowej metody identyfikacji genów chorobowych. Stworzono również oprogramowanie zdolne do wykrywania polimorfizmów insercji i delecji oraz umożliwiające skuteczne złożenie kompletnych mitochondriów podczas sekwencjonowania całego genomu. Co ciekawe, porównanie genomów rodziców i potomków pozwoliło naukowcom ponownie obliczyć częstość mutacji i określić jej wpływ na powstawanie nowych chorób. Wyniki projektu NEXTGENE pozwalają na szczegółowe zrozumienie wpływu niektórych wariantów genetycznych na chorobę. Stworzone narzędzia i uzyskane wyniki mają znaczenie kliniczne i przyczynią się do rozwoju projektów badawczych w tej dziedzinie.
Słowa kluczowe
Genetyka człowieka, SNP, NEXTGENE, mitochondria, częstość mutacji