La mappatura genetica nella malattia
Ricerche recenti hanno portato alla scoperta di oltre 500 associazioni convalidate con fenotipo SNP (Polimorfismo a singolo nucleotide). Gli SNP, tuttavia, non spiegano l'ereditabilità di molte malattie genetiche diffuse e il loro effetto a livello cellulare resta sconosciuto. Nel prossimo futuro, i progetti di mappatura delle malattie potranno accedere al sequenziamento dell'intero genoma. Per gestire e analizzare dati tanto imponenti in un modo statisticamente potente e per interpretarli in relazione a fenotipi complessi è urgente individuare metodi appropriati. Il progetto NEXTGENE (Next generation disease mapping), finanziato dall'UE, si è proposto di sviluppare nuovi metodi che consentano di identificare un numero maggiore delle varianti che contribuiscono alla malattia, modellandone esplicitamente l'interazione e combinando il segnale statistico fornito da diverse varianti rare. L'approccio ha analizzato i dati del sequenziamento e le frequenze delle varianti associate erano basate su quelle ottenute dalla teoria evolutiva. Il team ha studiato il modo in cui i geni associati alla malattia sono più prossimi nello spazio di interazione delle proteine e ha utilizzato le informazioni raccolte per trovare un nuovo metodo per l'identificazione dei geni della malattia. Ha inoltre creato un software in grado di rilevare i polimorfismi di inserimento e di delezione e di attivare un assemblaggio efficiente dei mitocondri completi negli studi di sequenziamento dell'intero genoma. Curiosamente, il confronto dei genomi dei genitori e dei figli ha permesso ai ricercatori di calcolare il nuovo tasso di mutazione e di trovare il suo contributo alle nuove malattie. Nel complesso, i risultati ottenuti dal progetto NEXTGENE forniscono una conoscenza accurata del modo in cui alcune varianti genetiche contribuiscono alla malattia. Gli strumenti e i risultati ottenuti hanno rilevanza clinica e indirizzeranno i futuri progetti di ricerca in questo settore.
Parole chiave
Genetica umana, SNP, NEXTGENE, mitocondri, tasso di mutazione