Lutter contre la pollution environnementale avec des microbes
Les projets BIOSYSMO(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) et MIBIREM(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre), financés par l’UE, partagent un objectif commun: assainir durablement les environnements contaminés à l’aide de microbes. Les 19 et 20 mars 2025, les partenaires des deux projets ont tenu une réunion conjointe afin de trouver des moyens de travailler ensemble à faire progresser la bioremédiation en tant que solution autonome à la pollution de l’environnement. Au cours de l’événement, les chercheurs de BIOSYSMO et de MIBIREM ont présenté des études de cas, des technologies émergentes et diverses stratégies d’intégration. Les présentations portaient essentiellement sur le développement et l’application de consortiums microbiens avancés (des communautés de deux ou plusieurs groupes bactériens ou microbiens vivant en symbiose) ainsi que sur les approches multiomiques et la biologie des systèmes comme moyen de réaliser une remédiation microbienne plus prévisible et plus robuste. Ils ont concentré leurs efforts conjoints sur la conception de systèmes d’aide à la décision, le renforcement de l’engagement des parties prenantes et l’harmonisation des pratiques de biorestauration sur les cadres politiques dans l’ensemble de l’UE. Selon le communiqué de presse(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) publié sur le site web de BIOSYSMO, «l’un des principaux enseignements tirés est l’importance de faire progresser le développement d’outils numériques». «À cet égard, BIOSYSMO concentre ses recherches sur la conception informatique et la modélisation des solutions microbiennes au niveau des systèmes, tandis que MIBIREM s’oriente vers l’application sur le terrain et l’optimisation spécifique au site. Ensemble, ces atouts constituent la base du codéveloppement de systèmes d’aide à la décision qui intègrent des données biologiques, chimiques et environnementales.» La possibilité de créer un dépôt commun pour les consortiums microbiens et les données multiomiques a également été examinée en tant que moyen de soutenir la normalisation, de garantir la reproductibilité et d’améliorer l’interopérabilité entre les ensembles de données et les modèles. Dans le cadre d’une session consacrée aux études de terrain, les chercheurs ont examiné l’importance de tester les stratégies microbiennes dans des conditions réalistes. Des mises à jour ont été apportées concernant l’état d’avancement des essais sur le terrain, l’état de préparation de la technologie et les défis liés à l’extensibilité, à l’hétérogénéité et aux contraintes techniques.
Une étude de cas partagée
Le deuxième jour de l’événement a été consacré à l’étude de cas de l’hexachlorocyclohexane (HCH), sur laquelle les deux projets collaborent. «La session a consisté en un effort coordonné pour étudier les voies de dégradation et évaluer les performances microbiennes sur des sites contaminés en Espagne, en Italie et en Allemagne.» Les travaux expérimentaux en cours à Sabiñánigo, un site industriel espagnol dont la pollution par le HCH est bien documentée, ont également fourni des informations. Les travaux portent sur la sélection microbienne, la stabilité de la communauté et l’évaluation des performances dans des conditions spécifiques au site. Des travaux complémentaires réalisés sur des sites impactés par le HCH en Italie et en Allemagne ont également été présentés. Les sujets abordés concernaient les pertes de performance après cryoconservation, les promesses des techniques d’immobilisation et la possibilité d’intégrer des données génomiques et culturomiques(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) pour concevoir des consortiums microbiens plus performants. Les défis réglementaires auxquels les deux projets sont actuellement confrontés ont également été considérés, de même que la nécessité de disposer de jeux d’amorces normalisés pour la qPCR(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre), de protocoles de surveillance harmonisés et d’un dialogue science-politique plus étroit. La réunion a mis en évidence les avantages mutuels que peuvent tirer BIOSYSMO (BIOremediation systems exploiting SYnergieS for improved removal of Mixed pOllutants) et MIBIREM (MIBIREM – Toolbox for Microbiome based Remediation) d’une intégration continue. «Les deux projets ont exprimé leur engagement en faveur d’une coopération à long terme relative à l’échange de données, au développement d’outils et à l’alignement réglementaire, jetant ainsi les bases d’un positionnement de la biorestauration à base de microbiomes en tant que solution crédible et évolutive dans le cadre de la politique européenne de l’environnement», précise le communiqué de presse. Pour plus d’informations, veuillez consulter: site web du projet BIOSYSMO(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) site web du projet MIBIREM(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)
