De nouvelles approches contre les maladies grâce à l’épitranscriptomique
Nous savons que les cellules peuvent chimiquement modifier l’ARN, les molécules qui transportent les instructions génétiques de l’ADN pour fabriquer des protéines. Ce phénomène, connu sous le nom de régulation épitranscriptomique de l’expression des gènes, est influencé par divers facteurs, notamment des signaux de développement et des stimuli environnementaux. Bien que le domaine de l’épitranscriptomique ait émergé dans les années 1970, le développement rapide de séquences complètes de génomes(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) au cours des dernières années a contribué à accélérer les nouvelles découvertes. Ces découvertes pourraient se révéler extrêmement importantes, car les altérations du contrôle épigénétique pourraient jouer un rôle essentiel dans plusieurs maladies complexes. «Lorsque le projet ROPES(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) a été lancé, de nombreuses études avaient déjà lié ces modifications de l’ARN à des maladies humaines», explique le coordinateur du projet Alessandro Quattrone de l’université de Trente(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) en Italie. «La plupart de ces travaux relevaient cependant encore de la recherche fondamentale.»
Accélérer le passage de la découverte à l’impact
L’objectif du projet ROPES, soutenu par le programme Actions Marie Skłodowska-Curie(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre), était d’accélérer le passage de la découverte à l’impact. «Nous voulions renforcer l’écosystème européen afin que les connaissances relatives aux modifications de l’ARN puissent éclairer plus directement les diagnostics et les thérapies», ajoute Alessandro Quattrone. Pour ce faire, le projet a réuni un groupe de chercheurs en début de carrière (CDC). Ceux-ci ont rejoint un réseau de groupes universitaires et d’entreprises de biotechnologie axés sur l’avancement des connaissances relatives au rôle des modifications de l’ARN dans différentes maladies et modèles, et sur la promotion du développement de thérapies innovantes. «Nous avons orienté la recherche selon deux axes complémentaires», explique Alessandro Quattrone. «Tout d’abord, les équipes ont développé des outils (méthodes, ensembles de données et approches analytiques) qui facilitent l’étude des modifications de l’ARN dans les maladies.» Elles ont ensuite appliqué ces outils à des pathologies spécifiques, principalement des cancers et des maladies rares, pour comprendre les mécanismes et explorer des pistes thérapeutiques. «Cette combinaison de création d’outils et d’applications axées sur la maladie a créé une boucle de rétroaction productive», confie Alessandro Quattrone.
Renforcer les réseaux professionnels d’épitranscriptomique
Le projet a permis aux CDC d’effectuer une série de détachements dans des institutions partenaires et de recevoir une formation interdisciplinaire et spécifique pour poursuivre leurs objectifs. «La formation était le fondement de ROPES», souligne Alessandro Quattrone. «Au cours du projet, nos CDC ont non seulement renforcé leurs compétences techniques, mais également leurs réseaux professionnels à travers l’Europe. «Ce travail a contribué à préparer une cohorte de jeunes scientifiques qui peuvent faire progresser ce domaine, un résultat que nous considérons comme un succès majeur.» Les diverses avancées scientifiques ont été documentées dans plusieurs publications évaluées par des pairs. Il s’agit notamment de l’extension des outils de l’épitranscriptomique pour lutter contre les maladies, de l’évaluation du rôle de l’épitranscriptomique en pathologie et de l’exploitation de l’épitranscriptomique pour identifier de nouvelles cibles de maladies.
Renforcer la position de l’Europe en épitranscriptomique
Une fois le projet terminé, les laboratoires participants entendent poursuivre leur collaboration et maintenir les liens entre les CDC. «Le partage continu des données et des outils, les publications conjointes et d’éventuels projets de suivi contribueront à transformer notre élan en impact à plus long terme», ajoute Alessandro Quattrone. En effet, l’un des objectifs clés est de renforcer la position de l’Europe en épitranscriptomique, un domaine historiquement porté par la Chine et les États-Unis. L’espoir est que l’épitranscriptomique fournira le lien manquant entre la variabilité génomique et les phénotypes cellulaires, contribuant à expliquer la cause de maladies spécifiques et menant au développement de nouvelles thérapies. ROPES constitue une étape importante sur cette voie.
