Mieux protéger les cultures en repérant les réservoirs potentiels de virus
Les virus ne menacent pas seulement la santé humaine: ils menacent également notre approvisionnement alimentaire. Les cultures sont particulièrement vulnérables aux infections virales, notamment à celles transmises par les insectes, les nématodes ou les acariens. Jusqu’ici, ce risque était principalement contrôlé à l’aide d’insecticides. Mais les nouvelles réglementations, les préoccupations sanitaires croissantes et la transition vers une agriculture plus durable rendent cette solution de moins en moins viable. «Les agriculteurs doivent aujourd’hui savoir précisément quels virus menacent leurs cultures, où ils circulent et comment les détecter rapidement», explique Marta Niedzicka, chercheuse à Teagasc(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre), l’organisme irlandais chargé du développement de l’agriculture et de l’alimentation. Le projet HealthyPlants(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre), financé par l’UE, entend précisément répondre à cet enjeu.
Identifier les réservoirs cachés de virus
Coordonné par Teagasc et soutenu par les Actions Marie Skłodowska-Curie(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre), le projet a mené la première étude nationale irlandaise consacrée aux virus associés aux principales cultures. Les chercheurs ont fait appel au séquençage ADN/ARN à haut débit (HTS) pour rechercher les virus non seulement dans les cultures, mais également dans les plantes sauvages présentes en bordure des champs. «Ces plantes peuvent servir de réservoirs cachés de virus et héberger des maladies qui pourraient ensuite être transmises aux cultures par des insectes comme les pucerons», explique Marta Niedzicka. «La détection précoce de ces réservoirs et des souches virales qu’ils contiennent constitue une première étape indispensable pour mieux gérer les risques phytosanitaires.» Le HTS permet de séquencer rapidement et simultanément des millions, voire des milliards, de molécules d’ADN ou d’ARN, offrant ainsi une vision rapide, complète et peu coûteuse des données génétiques.
Un risque pour les cultures de soja et de légumineuses
Les chercheurs ont découvert que le virus du nanisme du soja (SbDV) était largement répandu en Irlande. Transmis par deux espèces de pucerons très présentes dans le pays, ce virus peut provoquer d’importantes pertes de rendement dans les cultures de soja. L’équipe a retracé l’origine du SbDV jusqu’au trèfle blanc et au trèfle rouge, deux plantes très répandues dans les prairies irlandaises. «Cela démontre que les systèmes agricoles actuels abritent déjà un important réservoir hôte susceptible de représenter un risque majeur pour l’introduction de variétés de soja adaptées aux climats plus froids», souligne Marta Niedzicka. Le projet a également identifié huit virus dans des échantillons symptomatiques de pois et de féveroles, dont trois ont été considérés comme des menaces potentielles pour les légumineuses. «Nos résultats peuvent aider le secteur agricole à mieux cibler la surveillance, l’évaluation de la résistance variétale et le suivi des vecteurs», ajoute Marta Niedzicka.
Une nouvelle référence pour la surveillance moléculaire
En établissant une nouvelle référence pour la surveillance moléculaire, le projet HealthyPlants a permis de détecter rapidement la présence de virus nuisibles chez les plantes et les insectes. «En révélant l’existence de réservoirs viraux cachés dans le trèfle et en identifiant de nouvelles menaces pour les légumineuses, nos travaux renforcent les capacités d’alerte précoce et soutiennent une agriculture plus résiliente et plus durable face au changement climatique et à la diversification des cultures», conclut Marta Niedzicka. Les chercheurs veulent désormais utiliser ces résultats pour déterminer la prévalence et la répartition de certains virus dans des cultures de légumineuses commerciales telles que les lentilles, les féveroles et les pois protéagineux. Ils espèrent également identifier les insectes responsables de la propagation du virus. Le projet a mis une grande partie de ses résultats(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) à la disposition public.
