Objectif
Receptor proteins on the surfaces of B- and T-cells interact with pathogens, recognize them and initiate an immune response. The diversity and complexity of immune receptors poses a challenge to nonequilibrium many-body physics and our understanding of the physical principles that control the emergent functional properties of biological systems, such as recognition. The diversity of the composition of the immune repertoire emerges as a self-organized process, stimulated by interactions with the environment. The goal of the proposed research is to study the self-organization of the immune repertoire in the face of its pathogenic environment at the molecular and evolutionary level, by using a combination of data analysis and statistical mechanics modeling.
Recent experiments have determined the set of B-cell receptors found in a zebrafish and T-cells in humans – data that allows for theoretical analysis and hypotheses rejection that were never possible before. I will theoretically study the problem of recognition from four unique and complementary directions:
- guided by statistical signatures in the data I will propose evolutionary models of how selection and mutation in the sequences lead from the genomic precursors to a functional repertoire of receptors,
- I will quantify, under simplifying assumptions, the question of the optimal repertoire for recognition in a varying but partially predictable pathogenic environment using maximum likelihood,
- analyzing sequence data I will build probabilistic models to characterize the molecular scenarios that generate the repertoire,
- I will use information theory and statistical methods to build data-driven models of the molecular nature of recognition based on yeast display experiments.
Describing interactions between elements of receptor sequences will be an important step towards a physical understanding of recognition in the immune system, a crucial concept in grasping the onset of allergies and auto-immune diseases.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: https://op.europa.eu/fr/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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- sciences naturelles informatique et science de l'information science des données
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines
- sciences médicales et de la santé médecine fondamentale immunologie maladies auto-immunes
- sciences naturelles sciences biologiques génétique mutation
- sciences naturelles sciences physiques mécanique classique mécanique statistique
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
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ERC-2012-StG_20111012
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Institution d’accueil
75794 PARIS
France
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.