Inheritance, expressivity and epistasis hidden behind the phenotypic landscape of natural populations

Informations projet

PhenomeNal

N° de convention de subvention: 772505

DOI

10.3030/772505

Projet clôturé

Date de signature de la CE 6 Mars 2018

Date de début 1 Septembre 2018

Date de fin 28 Février 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 999 882,00

Contribution de l’UE

€ 1 999 882,00

Coordonné par

UNIVERSITE DE STRASBOURG
France

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Peer reviewed articles (29)

Species-Wide Transposable Element Repertoires Retrace the Evolutionary History of the Saccharomyces cerevisiae Host

Auteurs: Claudine Bleykasten-Grosshans, Romeo Fabrizio, Anne Friedrich, Joseph Schacherer
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro 38/10, 2021, Page(s) 4334-4345, ISSN 1537-1719
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msab171

Translation variation across genetic backgrounds reveals a post-transcriptional buffering signature in yeast

Auteurs: Elie M Teyssonniere, Yuichi Shichino, Mari Mito, Anne Friedrich, Shintaro Iwasaki, Joseph Schacherer
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 52, 2024, Page(s) 2434-2445, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae030

Towards accurate, contiguous and complete alignment-based polyploid phasing algorithms

Auteurs: Omar Abou Saada, Anne Friedrich, Joseph Schacherer
Publié dans: Genomics, Numéro 114, 2024, Page(s) 110369, ISSN 0888-7543
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ygeno.2022.110369

Non-additive genetic components contribute significantly to population-wide gene expression variation

Auteurs: Andreas Tsouris, Gauthier Brach, Joseph Schacherer, Jing Hou
Publié dans: Cell Genomics, Numéro 4, 2024, Page(s) 100459, ISSN 2666-979X
Éditeur: Cell Genomics
DOI: 10.1016/j.xgen.2023.100459

Contrasting Genomic Evolution Between Domesticated and Wild<i>Kluyveromyces lactis</i>Yeast Populations

Auteurs: Anne Friedrich, Jean-Sébastien Gounot, Andreas Tsouris, Claudine Bleykasten, Kelle Freel, Claudia Caradec, Joseph Schacherer
Publié dans: Genome Biology and Evolution, Numéro 15, 2023, ISSN 1759-6653
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evad004

Pan-transcriptome reveals a large accessory genome contribution to gene expression variation in yeast

Auteurs: Élodie Caudal, Victor Loegler, Fabien Dutreux, Nikolaos Vakirlis, Élie Teyssonnière, Claudia Caradec, Anne Friedrich, Jing Hou, Joseph Schacherer
Publié dans: Nature Genetics, Numéro 56, 2024, Page(s) 1278-1287, ISSN 1061-4036
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-024-01769-9

Species-wide quantitative transcriptomes and proteomes reveal distinct genetic control of gene expression variation in yeast

Auteurs: Elie Marcel Teyssonnière, Pauline Trébulle, Julia Muenzner, Victor Loegler, Daniela Ludwig, Fatma Amari, Michael Mülleder, Anne Friedrich, Jing Hou, Markus Ralser, Joseph Schacherer
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 121, 2024, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2319211121

Lessons from the meiotic recombination landscape of the ZMM deficient budding yeast Lachancea waltii

Auteurs: Fabien Dutreux, Abhishek Dutta, Emilien Peltier, Sabrina Bibi-Triki, Anne Friedrich, Bertrand Llorente, Joseph Schacherer
Publié dans: PLOS Genetics, Numéro 19, 2023, Page(s) e1010592, ISSN 1553-7404
Éditeur: PLOS Genetics
DOI: 10.1371/journal.pgen.1010592

Telomere-to-telomere assemblies of 142 strains characterize the genome structural landscape in Saccharomyces cerevisiae

Auteurs: Samuel O’Donnell, Jia-Xing Yue, Omar Abou Saada, Nicolas Agier, Claudia Caradec, Thomas Cokelaer, Matteo De Chiara, Stéphane Delmas, Fabien Dutreux, Téo Fournier, Anne Friedrich, Etienne Kornobis, Jing Li, Zepu Miao, Lorenzo Tattini, Joseph Schacherer, Gianni Liti, Gilles Fischer
Publié dans: Nature Genetics, Numéro 55, 2023, Page(s) 1390-1399, ISSN 1061-4036
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-023-01459-y

Phased polyploid genomes provide deeper insight into the multiple origins of domesticated Saccharomyces cerevisiae beer yeasts

Auteurs: Omar Abou Saada, Andreas Tsouris, Chris Large, Anne Friedrich, Maitreya J. Dunham, Joseph Schacherer
Publié dans: Current Biology, Numéro 32, 2024, Page(s) 1350-1361.e3, ISSN 0960-9822
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2022.01.068

Natural proteome diversity links aneuploidy tolerance to protein turnover

Auteurs: Julia Muenzner, Pauline Trébulle, Federica Agostini, Henrik Zauber, Christoph B. Messner, Martin Steger, Christiane Kilian, Kate Lau, Natalie Barthel, Andrea Lehmann, Kathrin Textoris-Taube, Elodie Caudal, Anna-Sophia Egger, Fatma Amari, Matteo De Chiara, Vadim Demichev, Toni I. Gossmann, Michael Mülleder, Gianni Liti, Joseph Schacherer, Matthias Selbach, Judith Berman, Markus Ralser
Publié dans: Nature, Numéro 630, 2024, Page(s) 149-157, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-024-07442-9

The dynamics of loss of heterozygosity events in genomes

Auteurs: Abhishek Dutta, Joseph Schacherer
Publié dans: EMBO Reports, 2025, ISSN 1469-3178
Éditeur: EMBO
DOI: 10.1038/s44319-024-00353-w

Diallel panel reveals a significant impact of low-frequency genetic variants on gene expression variation in yeast

Auteurs: Andreas Tsouris, Gauthier Brach, Anne Friedrich, Jing Hou, Joseph Schacherer
Publié dans: Molecular Systems Biology, Numéro 20, 2024, Page(s) 362-373, ISSN 1744-4292
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-024-00021-0

nPhase: an accurate and contiguous phasing method for polyploids

Auteurs: Omar Abou Saada, Andreas Tsouris, Chris Eberlein, Anne Friedrich, Joseph Schacherer
Publié dans: Genome Biology, Numéro 22/1, 2021, ISSN 1474-760X
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-021-02342-x

Loss of Heterozygosity Spectrum Depends on Ploidy Level in Natural Yeast Populations

Auteurs: Abhishek Dutta, Fabien Dutreux, Joseph Schacherer
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro 39, 2022, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msac214

Loss-of-function mutation survey revealed that genes with background-dependent fitness are rare and functionally related in yeast

Auteurs: Elodie Caudal, Anne Friedrich, Arthur Jallet, Marion Garin, Jing Hou, Joseph Schacherer
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 119, 2022, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2204206119

High complexity and degree of genetic variation in Brettanomyces bruxellensis population

Auteurs: Jean-Sébastien Gounot, Cécile Neuvéglise, Kelle C Freel, Hugo Devillers, Jure Piškur, Anne Friedrich, Joseph Schacherer
Publié dans: Genome Biology and Evolution, 2020, ISSN 1759-6653
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evaa077

Discordant evolution of mitochondrial and nuclear yeast genomes at population level

Auteurs: Matteo De Chiara, Anne Friedrich, Benjamin Barré, Michael Breitenbach, Joseph Schacherer, Gianni Liti
Publié dans: BMC Biology, Numéro 18/1, 2020, ISSN 1741-7007
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-020-00786-4

Extensive impact of low-frequency variants on the phenotypic landscape at population-scale

Auteurs: Téo Fournier, Omar Abou Saada, Jing Hou, Jackson Peter, Elodie Caudal, Joseph Schacherer
Publié dans: eLife, Numéro 8, 2019, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.49258

Pervasive Phenotypic Impact of a Large Nonrecombining Introgressed Region in Yeast

Auteurs: Christian Brion, Claudia Caradec, David Pflieger, Anne Friedrich, Joseph Schacherer
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, 2020, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msaa101

Impact of the acquired subgenome on the transcriptional landscape in <i>Brettanomyces bruxellensis</i> allopolyploids

Auteurs: Arthur Jallet, Anne Friedrich, Joseph Schacherer
Publié dans: G3: Genes, Genomes, Genetics, Numéro 13, 2024, ISSN 2160-1836
Éditeur: Genetics Society of America
DOI: 10.1093/g3journal/jkad115

Species-wide survey of the expressivity and complexity spectrum of traits in yeast

Auteurs: Andreas Tsouris, Téo Fournier, Anne Friedrich, Jing Hou, Maitreya J. Dunham, Joseph Schacherer
Publié dans: PLOS Genetics, Numéro 20, 2024, Page(s) e1011119, ISSN 1553-7404
Éditeur: PLOS Genetics
DOI: 10.1371/journal.pgen.1011119

Loss of heterozygosity results in rapid but variable genome homogenization across yeast genetic backgrounds

Auteurs: Abhishek Dutta, Fabien Dutreux, Joseph Schacherer
Publié dans: eLife, Numéro 10, 2021, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.70339

Extensive simulations assess the performance of genome-wide association mapping in various<i>Saccharomyces cerevisiae</i>subpopulations

Auteurs: Jackson Peter, Anne Friedrich, Gianni Liti, Joseph Schacherer
Publié dans: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Numéro 377, 2023, ISSN 0962-8436
Éditeur: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2020.0514

Overview of the Saccharomyces cerevisiae population structure through the lens of 3,034 genomes

Auteurs: Victor Loegler, Anne Friedrich, Joseph Schacherer
Publié dans: G3 Genes|Genomes|Genetics, 2024, ISSN 2160-1836
Éditeur: Genetics Society of America
DOI: 10.1093/g3journal/jkae245

Different trajectories of polyploidization shape the genomic landscape of the<i>Brettanomyces bruxellensis</i>yeast species

Auteurs: Chris Eberlein, Omar Abou Saada, Anne Friedrich, Warren Albertin, Joseph Schacherer
Publié dans: Genome Research, Numéro 31, 2023, Page(s) 2316-2326, ISSN 1088-9051
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.275380.121

Copy number variation alters local and global mutational tolerance

Auteurs: Grace Avecilla, Pieter Spealman, Julia Matthews, Elodie Caudal, Joseph Schacherer, David Gresham
Publié dans: Genome Research, Numéro 33, 2023, Page(s) 1340-1353, ISSN 1088-9051
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.277625.122

Multiple independent losses of crossover interference during yeast evolutionary history

Auteurs: Abhishek Dutta, Fabien Dutreux, Marion Garin, Claudia Caradec, Anne Friedrich, Gauthier Brach, Pia Thiele, Maxime Gaudin, Bertrand Llorente, Joseph Schacherer
Publié dans: PLOS Genetics, Numéro 20, 2024, Page(s) e1011426, ISSN 1553-7404
Éditeur: PLOS Genetics
DOI: 10.1371/journal.pgen.1011426

Dissection of quantitative trait loci in the Lachancea waltii yeast species highlights major hotspots

Auteurs: Emilien Peltier, Sabrina Bibi-Triki, Fabien Dutreux, Claudia Caradec, Anne Friedrich, Bertrand Llorente, Joseph Schacherer
Publié dans: G3 Genes|Genomes|Genetics, Numéro 11/9, 2021, ISSN 2160-1836
Éditeur: Genetics Society of America
DOI: 10.1093/g3journal/jkab242