Inheritance, expressivity and epistasis hidden behind the phenotypic landscape of natural populations

Projektinformationen

PhenomeNal

ID Finanzhilfevereinbarung: 772505

DOI

10.3030/772505

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 6 März 2018

Startdatum 1 September 2018

Enddatum 28 Februar 2025

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 999 882,00

EU-Beitrag

€ 1 999 882,00

Koordiniert durch

UNIVERSITE DE STRASBOURG
France

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (29)

Species-Wide Transposable Element Repertoires Retrace the Evolutionary History of the Saccharomyces cerevisiae Host

Autoren: Claudine Bleykasten-Grosshans, Romeo Fabrizio, Anne Friedrich, Joseph Schacherer
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution, Ausgabe 38/10, 2021, Seite(n) 4334-4345, ISSN 1537-1719
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msab171

Translation variation across genetic backgrounds reveals a post-transcriptional buffering signature in yeast

Autoren: Elie M Teyssonniere, Yuichi Shichino, Mari Mito, Anne Friedrich, Shintaro Iwasaki, Joseph Schacherer
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 52, 2024, Seite(n) 2434-2445, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae030

Towards accurate, contiguous and complete alignment-based polyploid phasing algorithms

Autoren: Omar Abou Saada, Anne Friedrich, Joseph Schacherer
Veröffentlicht in: Genomics, Ausgabe 114, 2024, Seite(n) 110369, ISSN 0888-7543
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ygeno.2022.110369

Non-additive genetic components contribute significantly to population-wide gene expression variation

Autoren: Andreas Tsouris, Gauthier Brach, Joseph Schacherer, Jing Hou
Veröffentlicht in: Cell Genomics, Ausgabe 4, 2024, Seite(n) 100459, ISSN 2666-979X
Herausgeber: Cell Genomics
DOI: 10.1016/j.xgen.2023.100459

Contrasting Genomic Evolution Between Domesticated and Wild<i>Kluyveromyces lactis</i>Yeast Populations

Autoren: Anne Friedrich, Jean-Sébastien Gounot, Andreas Tsouris, Claudine Bleykasten, Kelle Freel, Claudia Caradec, Joseph Schacherer
Veröffentlicht in: Genome Biology and Evolution, Ausgabe 15, 2023, ISSN 1759-6653
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evad004

Pan-transcriptome reveals a large accessory genome contribution to gene expression variation in yeast

Autoren: Élodie Caudal, Victor Loegler, Fabien Dutreux, Nikolaos Vakirlis, Élie Teyssonnière, Claudia Caradec, Anne Friedrich, Jing Hou, Joseph Schacherer
Veröffentlicht in: Nature Genetics, Ausgabe 56, 2024, Seite(n) 1278-1287, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-024-01769-9

Species-wide quantitative transcriptomes and proteomes reveal distinct genetic control of gene expression variation in yeast

Autoren: Elie Marcel Teyssonnière, Pauline Trébulle, Julia Muenzner, Victor Loegler, Daniela Ludwig, Fatma Amari, Michael Mülleder, Anne Friedrich, Jing Hou, Markus Ralser, Joseph Schacherer
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 121, 2024, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2319211121

Lessons from the meiotic recombination landscape of the ZMM deficient budding yeast Lachancea waltii

Autoren: Fabien Dutreux, Abhishek Dutta, Emilien Peltier, Sabrina Bibi-Triki, Anne Friedrich, Bertrand Llorente, Joseph Schacherer
Veröffentlicht in: PLOS Genetics, Ausgabe 19, 2023, Seite(n) e1010592, ISSN 1553-7404
Herausgeber: PLOS Genetics
DOI: 10.1371/journal.pgen.1010592

Telomere-to-telomere assemblies of 142 strains characterize the genome structural landscape in Saccharomyces cerevisiae

Autoren: Samuel O’Donnell, Jia-Xing Yue, Omar Abou Saada, Nicolas Agier, Claudia Caradec, Thomas Cokelaer, Matteo De Chiara, Stéphane Delmas, Fabien Dutreux, Téo Fournier, Anne Friedrich, Etienne Kornobis, Jing Li, Zepu Miao, Lorenzo Tattini, Joseph Schacherer, Gianni Liti, Gilles Fischer
Veröffentlicht in: Nature Genetics, Ausgabe 55, 2023, Seite(n) 1390-1399, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-023-01459-y

Phased polyploid genomes provide deeper insight into the multiple origins of domesticated Saccharomyces cerevisiae beer yeasts

Autoren: Omar Abou Saada, Andreas Tsouris, Chris Large, Anne Friedrich, Maitreya J. Dunham, Joseph Schacherer
Veröffentlicht in: Current Biology, Ausgabe 32, 2024, Seite(n) 1350-1361.e3, ISSN 0960-9822
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2022.01.068

Natural proteome diversity links aneuploidy tolerance to protein turnover

Autoren: Julia Muenzner, Pauline Trébulle, Federica Agostini, Henrik Zauber, Christoph B. Messner, Martin Steger, Christiane Kilian, Kate Lau, Natalie Barthel, Andrea Lehmann, Kathrin Textoris-Taube, Elodie Caudal, Anna-Sophia Egger, Fatma Amari, Matteo De Chiara, Vadim Demichev, Toni I. Gossmann, Michael Mülleder, Gianni Liti, Joseph Schacherer, Matthias Selbach, Judith Berman, Markus Ralser
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 630, 2024, Seite(n) 149-157, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-024-07442-9

The dynamics of loss of heterozygosity events in genomes

Autoren: Abhishek Dutta, Joseph Schacherer
Veröffentlicht in: EMBO Reports, 2025, ISSN 1469-3178
Herausgeber: EMBO
DOI: 10.1038/s44319-024-00353-w

Diallel panel reveals a significant impact of low-frequency genetic variants on gene expression variation in yeast

Autoren: Andreas Tsouris, Gauthier Brach, Anne Friedrich, Jing Hou, Joseph Schacherer
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Ausgabe 20, 2024, Seite(n) 362-373, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-024-00021-0

nPhase: an accurate and contiguous phasing method for polyploids

Autoren: Omar Abou Saada, Andreas Tsouris, Chris Eberlein, Anne Friedrich, Joseph Schacherer
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 22/1, 2021, ISSN 1474-760X
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-021-02342-x

Loss of Heterozygosity Spectrum Depends on Ploidy Level in Natural Yeast Populations

Autoren: Abhishek Dutta, Fabien Dutreux, Joseph Schacherer
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution, Ausgabe 39, 2022, ISSN 0737-4038
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msac214

Loss-of-function mutation survey revealed that genes with background-dependent fitness are rare and functionally related in yeast

Autoren: Elodie Caudal, Anne Friedrich, Arthur Jallet, Marion Garin, Jing Hou, Joseph Schacherer
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 119, 2022, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2204206119

High complexity and degree of genetic variation in Brettanomyces bruxellensis population

Autoren: Jean-Sébastien Gounot, Cécile Neuvéglise, Kelle C Freel, Hugo Devillers, Jure Piškur, Anne Friedrich, Joseph Schacherer
Veröffentlicht in: Genome Biology and Evolution, 2020, ISSN 1759-6653
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evaa077

Discordant evolution of mitochondrial and nuclear yeast genomes at population level

Autoren: Matteo De Chiara, Anne Friedrich, Benjamin Barré, Michael Breitenbach, Joseph Schacherer, Gianni Liti
Veröffentlicht in: BMC Biology, Ausgabe 18/1, 2020, ISSN 1741-7007
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-020-00786-4

Extensive impact of low-frequency variants on the phenotypic landscape at population-scale

Autoren: Téo Fournier, Omar Abou Saada, Jing Hou, Jackson Peter, Elodie Caudal, Joseph Schacherer
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 8, 2019, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.49258

Pervasive Phenotypic Impact of a Large Nonrecombining Introgressed Region in Yeast

Autoren: Christian Brion, Claudia Caradec, David Pflieger, Anne Friedrich, Joseph Schacherer
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution, 2020, ISSN 0737-4038
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msaa101

Impact of the acquired subgenome on the transcriptional landscape in <i>Brettanomyces bruxellensis</i> allopolyploids

Autoren: Arthur Jallet, Anne Friedrich, Joseph Schacherer
Veröffentlicht in: G3: Genes, Genomes, Genetics, Ausgabe 13, 2024, ISSN 2160-1836
Herausgeber: Genetics Society of America
DOI: 10.1093/g3journal/jkad115

Species-wide survey of the expressivity and complexity spectrum of traits in yeast

Autoren: Andreas Tsouris, Téo Fournier, Anne Friedrich, Jing Hou, Maitreya J. Dunham, Joseph Schacherer
Veröffentlicht in: PLOS Genetics, Ausgabe 20, 2024, Seite(n) e1011119, ISSN 1553-7404
Herausgeber: PLOS Genetics
DOI: 10.1371/journal.pgen.1011119

Loss of heterozygosity results in rapid but variable genome homogenization across yeast genetic backgrounds

Autoren: Abhishek Dutta, Fabien Dutreux, Joseph Schacherer
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 10, 2021, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.70339

Extensive simulations assess the performance of genome-wide association mapping in various<i>Saccharomyces cerevisiae</i>subpopulations

Autoren: Jackson Peter, Anne Friedrich, Gianni Liti, Joseph Schacherer
Veröffentlicht in: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Ausgabe 377, 2023, ISSN 0962-8436
Herausgeber: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2020.0514

Overview of the Saccharomyces cerevisiae population structure through the lens of 3,034 genomes

Autoren: Victor Loegler, Anne Friedrich, Joseph Schacherer
Veröffentlicht in: G3 Genes|Genomes|Genetics, 2024, ISSN 2160-1836
Herausgeber: Genetics Society of America
DOI: 10.1093/g3journal/jkae245

Different trajectories of polyploidization shape the genomic landscape of the<i>Brettanomyces bruxellensis</i>yeast species

Autoren: Chris Eberlein, Omar Abou Saada, Anne Friedrich, Warren Albertin, Joseph Schacherer
Veröffentlicht in: Genome Research, Ausgabe 31, 2023, Seite(n) 2316-2326, ISSN 1088-9051
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.275380.121

Copy number variation alters local and global mutational tolerance

Autoren: Grace Avecilla, Pieter Spealman, Julia Matthews, Elodie Caudal, Joseph Schacherer, David Gresham
Veröffentlicht in: Genome Research, Ausgabe 33, 2023, Seite(n) 1340-1353, ISSN 1088-9051
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.277625.122

Multiple independent losses of crossover interference during yeast evolutionary history

Autoren: Abhishek Dutta, Fabien Dutreux, Marion Garin, Claudia Caradec, Anne Friedrich, Gauthier Brach, Pia Thiele, Maxime Gaudin, Bertrand Llorente, Joseph Schacherer
Veröffentlicht in: PLOS Genetics, Ausgabe 20, 2024, Seite(n) e1011426, ISSN 1553-7404
Herausgeber: PLOS Genetics
DOI: 10.1371/journal.pgen.1011426

Dissection of quantitative trait loci in the Lachancea waltii yeast species highlights major hotspots

Autoren: Emilien Peltier, Sabrina Bibi-Triki, Fabien Dutreux, Claudia Caradec, Anne Friedrich, Bertrand Llorente, Joseph Schacherer
Veröffentlicht in: G3 Genes|Genomes|Genetics, Ausgabe 11/9, 2021, ISSN 2160-1836
Herausgeber: Genetics Society of America
DOI: 10.1093/g3journal/jkab242