Molecular machines based on coiled-coil protein origami

Informations projet

MaCChines

N° de convention de subvention: 787115

DOI

10.3030/787115

Projet clôturé

Date de signature de la CE 31 Août 2018

Date de début 1 Septembre 2018

Date de fin 31 Août 2024

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 497 125,00

Contribution de l’UE

€ 2 497 125,00

Coordonné par

KEMIJSKI INSTITUT
Slovenia

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Publications

Peer reviewed articles (19)

The art of designed coiled-coils for the regulation of mammalian cells

Auteurs: Tjaša Plaper, Erik Rihtar, Taja Železnik Ramuta, Vida Forstnerič, Vid Jazbec, Filip Ivanovski, Mojca Benčina, Roman Jerala
Publié dans: Cell Chemical Biology, Numéro 31, 2024, Page(s) 1460-1472, ISSN 2451-9456
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1016/j.chembiol.2024.06.001

Coiled Coils as Versatile Modules for Mammalian Cell Regulation

Auteurs: Estera Merljak, Anja Golob-Urbanc, Tjaša Plaper, Roman Jerala
Publié dans: Synthetic Biology and Engineering, Numéro 1, 2024, Page(s) 1-10, ISSN 2958-9053
Éditeur: SCIEPublish
DOI: 10.35534/sbe.2023.10006

Subunits of an E3 Ligase Complex as Degrons for Efficient Degradation of Cytosolic, Nuclear, and Membrane Proteins

Auteurs: Anže Verbič, Tina Lebar, Arne Praznik, Roman Jerala
Publié dans: ACS Synthetic Biology, Numéro 13, 2024, Page(s) 792-803, ISSN 2161-5063
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.3c00588

Designed allosteric protein logic

Auteurs: Tjaša Plaper, Estera Merljak, Tina Fink, Tadej Satler, Ajasja Ljubetič, Duško Lainšček, Vid Jazbec, Mojca Benčina, Sintija Stevanoska, Sašo Džeroski, Roman Jerala
Publié dans: Cell Discovery, Numéro 10, 2024, ISSN 2056-5968
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41421-023-00635-y

A nanobody toolbox targeting dimeric coiled-coilmodules for functionalization of designedprotein origami structures

Auteurs: Andreja Majerle, San Hadži, Jana Aupič, Tadej Satler, Fabio Lapenta, Žiga Strmšek, Jurij Lah, Remy Loris, and Roman Jerala,
Publié dans: Proc Natl Acad Sci USA, 2021, ISSN 1091-6490
Éditeur: National Academy of Science
DOI: 10.1073/pnas.2021899118

Coiled-coil heterodimer-based recruitment of an exonuclease to CRISPR/Cas for enhanced gene editing

Auteurs: Duško Lainšček, Vida Forstnerič, Veronika Mikolič, Špela Malenšek, Peter Pečan, Mojca Benčina, Matjaž Sever, Helena Podgornik & Roman Jerala
Publié dans: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31386-1

Engineering a scalable and orthogonal platform for synthetic communication in mammalian cells

Auteurs: Anna-Maria Makri Pistikou, Glenn A. O. Cremers, Bryan L. Nathalia, Theodorus J. Meuleman, Bas W. A. Bögels, Bruno V. Eijkens, Anne de Dreu, Maarten T. H. Bezembinder, Oscar M. J. A. Stassen, Carlijn C. V. Bouten, Maarten Merkx, Roman Jerala, Tom F. A. de Greef
Publié dans: Nature Communications, Numéro 14, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-42810-5

Programmable de novo designed coiled coil-mediated phase separation in mammalian cells

Auteurs: Maruša Ramšak, Dominique A. Ramirez, Loren E. Hough, Michael R. Shirts, Sara Vidmar, Kristina Eleršič Filipič, Gregor Anderluh, Roman Jerala
Publié dans: Nature Communications, Numéro 14, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43742-w

A multiplexed bacterial two-hybrid for rapid characterization of protein–protein interactions and iterative protein design

Auteurs: W. Clifford Boldridge, Ajasja Ljubetič, Hwangbeom Kim, Nathan Lubock, Dániel Szilágyi, Jonathan Lee, Andrej Brodnik, Roman Jerala, Sriram Kosuri
Publié dans: Nature Communications, Numéro 14, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-38697-x

A tunable orthogonal coiled-coil interaction toolbox for engineering mammalian cells

Auteurs: Tina Lebar, Duško Lainšček, Estera Merljak, Jana Aupič, Roman Jerala
Publié dans: Nature Chemical Biology, 2020, ISSN 1552-4450
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-019-0443-y

Design of fast proteolysis-based signaling and logic circuits in mammalian cells

Auteurs: Tina Fink, Jan Lonzarić, Arne Praznik, Tjaša Plaper, Estera Merljak, Katja Leben, Nina Jerala, Tina Lebar, Žiga Strmšek, Fabio Lapenta, Mojca Benčina, Roman Jerala
Publié dans: Nature Chemical Biology, Numéro 15/2, 2019, Page(s) 115-122, ISSN 1552-4450
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-018-0181-6

Crystal Structure of <i>de Novo</i> Designed Coiled-Coil Protein Origami Triangle

Auteurs: Tadej Satler, San Hadži, Roman Jerala
Publié dans: Journal of the American Chemical Society, Numéro 145, 2023, Page(s) 16995-17000, ISSN 0002-7863
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.3c05531

Regulation of protein secretion through chemicalregulation of endoplasmic reticulum retentionsignal cleavage

Auteurs: Arne Praznik, Tina Fink, Nik Franko, Jan Lonzarić, Mojca Benčina, Nina Jerala, Tjaša Plaper, Samo Roškar & Roman Jerala
Publié dans: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-28971-9

A Nanoscaffolded Spike-RBD Vaccine Provides Protectionagainst SARS-CoV-2 with Minimal Anti-Scaffold Response

Auteurs: Duško Lainšček, Tina Fink, Vida Forstnerič, Iva Hafner-Bratkovič, Sara Orehek, Žiga Strmšek, Mateja Manček-Keber, Peter Pečan, Hana Esih, Špela Malenšek, Jana Aupič, Petra Dekleva, Tjaša Plaper, Sara Vidmar, Lucija Kadunc, Mojca Benčina, Neža Omersa, Gregor Anderluh, Florence Pojer, Kelvin Lau, David Hacker, Bruno E. Correia, David Peterhoff, Ralf Wagner, Valter Bergant, Alexander H
Publié dans: Vaccines, 2021, ISSN 2076-393X
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/vaccines9050431

Metal ion–regulated assembly of designedmodular protein cages

Auteurs: Jana Aupič, Fabio Lapenta, Žiga Strmšek, Estera Merljak, Tjaša Plaper, Roman Jerala
Publié dans: Science Advances, 2022, ISSN 2375-2548
Éditeur: AAAS
DOI: 10.1126/sciadv.abm8243

Preorganized cyclic modules facilitate the self-assembly of protein nanostructures

Auteurs: Jaka Snoj, Fabio Lapenta, Roman Jerala
Publié dans: Chemical Science, Numéro 15, 2024, Page(s) 3673-3686, ISSN 2041-6520
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d3sc06658d

Designed folding pathway of modular coiled-coil-based proteins

Auteurs: Jana Aupič, Žiga Strmšek, Fabio Lapenta, David Pahovnik, Tomaž Pisanski, Igor Drobnak, Ajasja Ljubetič, Roman Jerala
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12/1, 2021, Page(s) 1-12, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-21185-5

Self-assembly and regulation of protein cages from pre-organised coiled-coil modules

Auteurs: Fabio Lapenta, Jana Aupič, Marco Vezzoli, Žiga Strmšek, Stefano Da Vela, Dmitri I. Svergun, José María Carazo, Roberto Melero, Roman Jerala
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12/1, 2021, Page(s) 1-12, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-21184-6

Segmentation strategy of de novo designed four-helical bundles expands protein oligomerization modalities for cell regulation

Auteurs: Estera Merljak, Benjamin Malovrh, Roman Jerala
Publié dans: Nature Communications, Numéro 14, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-37765-6

Droits de propriété intellectuelle

Patent (3)

REGULATION OF PROTEIN FUNCTION BY INSERTION OF INTERACTION PEPTIDES

Numéro de demande/publication: 20 22085613
Date: 2022-12-13
Demandeur(s): KEMIJSKI INSTITUT

VACCINES BASED ON AN ANTIGEN PROTEIN FUSED TO A NANOSTRUCTURING SCAFFOLD

Numéro de demande/publication: 20 21073632
Date: 2021-08-26
Demandeur(s): KEMIJSKI INSTITUT

COILED-COIL MEDIATED TETHERING OF CRISPR-CAS AND EXONUCLEASES FOR ENHANCED GENOME EDITING

Numéro de demande/publication: 19 192490
Date: 2019-08-20
Demandeur(s): KEMIJSKI INSTITUT