Molecular machines based on coiled-coil protein origami

Projektinformationen

MaCChines

ID Finanzhilfevereinbarung: 787115

DOI

10.3030/787115

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 31 August 2018

Startdatum 1 September 2018

Enddatum 31 August 2024

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 497 125,00

EU-Beitrag

€ 2 497 125,00

Koordiniert durch

KEMIJSKI INSTITUT
Slovenia

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (19)

The art of designed coiled-coils for the regulation of mammalian cells

Autoren: Tjaša Plaper, Erik Rihtar, Taja Železnik Ramuta, Vida Forstnerič, Vid Jazbec, Filip Ivanovski, Mojca Benčina, Roman Jerala
Veröffentlicht in: Cell Chemical Biology, Ausgabe 31, 2024, Seite(n) 1460-1472, ISSN 2451-9456
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1016/j.chembiol.2024.06.001

Coiled Coils as Versatile Modules for Mammalian Cell Regulation

Autoren: Estera Merljak, Anja Golob-Urbanc, Tjaša Plaper, Roman Jerala
Veröffentlicht in: Synthetic Biology and Engineering, Ausgabe 1, 2024, Seite(n) 1-10, ISSN 2958-9053
Herausgeber: SCIEPublish
DOI: 10.35534/sbe.2023.10006

Subunits of an E3 Ligase Complex as Degrons for Efficient Degradation of Cytosolic, Nuclear, and Membrane Proteins

Autoren: Anže Verbič, Tina Lebar, Arne Praznik, Roman Jerala
Veröffentlicht in: ACS Synthetic Biology, Ausgabe 13, 2024, Seite(n) 792-803, ISSN 2161-5063
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.3c00588

Designed allosteric protein logic

Autoren: Tjaša Plaper, Estera Merljak, Tina Fink, Tadej Satler, Ajasja Ljubetič, Duško Lainšček, Vid Jazbec, Mojca Benčina, Sintija Stevanoska, Sašo Džeroski, Roman Jerala
Veröffentlicht in: Cell Discovery, Ausgabe 10, 2024, ISSN 2056-5968
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41421-023-00635-y

A nanobody toolbox targeting dimeric coiled-coilmodules for functionalization of designedprotein origami structures

Autoren: Andreja Majerle, San Hadži, Jana Aupič, Tadej Satler, Fabio Lapenta, Žiga Strmšek, Jurij Lah, Remy Loris, and Roman Jerala,
Veröffentlicht in: Proc Natl Acad Sci USA, 2021, ISSN 1091-6490
Herausgeber: National Academy of Science
DOI: 10.1073/pnas.2021899118

Coiled-coil heterodimer-based recruitment of an exonuclease to CRISPR/Cas for enhanced gene editing

Autoren: Duško Lainšček, Vida Forstnerič, Veronika Mikolič, Špela Malenšek, Peter Pečan, Mojca Benčina, Matjaž Sever, Helena Podgornik & Roman Jerala
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31386-1

Engineering a scalable and orthogonal platform for synthetic communication in mammalian cells

Autoren: Anna-Maria Makri Pistikou, Glenn A. O. Cremers, Bryan L. Nathalia, Theodorus J. Meuleman, Bas W. A. Bögels, Bruno V. Eijkens, Anne de Dreu, Maarten T. H. Bezembinder, Oscar M. J. A. Stassen, Carlijn C. V. Bouten, Maarten Merkx, Roman Jerala, Tom F. A. de Greef
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 14, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-42810-5

Programmable de novo designed coiled coil-mediated phase separation in mammalian cells

Autoren: Maruša Ramšak, Dominique A. Ramirez, Loren E. Hough, Michael R. Shirts, Sara Vidmar, Kristina Eleršič Filipič, Gregor Anderluh, Roman Jerala
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 14, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43742-w

A multiplexed bacterial two-hybrid for rapid characterization of protein–protein interactions and iterative protein design

Autoren: W. Clifford Boldridge, Ajasja Ljubetič, Hwangbeom Kim, Nathan Lubock, Dániel Szilágyi, Jonathan Lee, Andrej Brodnik, Roman Jerala, Sriram Kosuri
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 14, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-38697-x

A tunable orthogonal coiled-coil interaction toolbox for engineering mammalian cells

Autoren: Tina Lebar, Duško Lainšček, Estera Merljak, Jana Aupič, Roman Jerala
Veröffentlicht in: Nature Chemical Biology, 2020, ISSN 1552-4450
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-019-0443-y

Design of fast proteolysis-based signaling and logic circuits in mammalian cells

Autoren: Tina Fink, Jan Lonzarić, Arne Praznik, Tjaša Plaper, Estera Merljak, Katja Leben, Nina Jerala, Tina Lebar, Žiga Strmšek, Fabio Lapenta, Mojca Benčina, Roman Jerala
Veröffentlicht in: Nature Chemical Biology, Ausgabe 15/2, 2019, Seite(n) 115-122, ISSN 1552-4450
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-018-0181-6

Crystal Structure of <i>de Novo</i> Designed Coiled-Coil Protein Origami Triangle

Autoren: Tadej Satler, San Hadži, Roman Jerala
Veröffentlicht in: Journal of the American Chemical Society, Ausgabe 145, 2023, Seite(n) 16995-17000, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.3c05531

Regulation of protein secretion through chemicalregulation of endoplasmic reticulum retentionsignal cleavage

Autoren: Arne Praznik, Tina Fink, Nik Franko, Jan Lonzarić, Mojca Benčina, Nina Jerala, Tjaša Plaper, Samo Roškar & Roman Jerala
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-28971-9

A Nanoscaffolded Spike-RBD Vaccine Provides Protectionagainst SARS-CoV-2 with Minimal Anti-Scaffold Response

Autoren: Duško Lainšček, Tina Fink, Vida Forstnerič, Iva Hafner-Bratkovič, Sara Orehek, Žiga Strmšek, Mateja Manček-Keber, Peter Pečan, Hana Esih, Špela Malenšek, Jana Aupič, Petra Dekleva, Tjaša Plaper, Sara Vidmar, Lucija Kadunc, Mojca Benčina, Neža Omersa, Gregor Anderluh, Florence Pojer, Kelvin Lau, David Hacker, Bruno E. Correia, David Peterhoff, Ralf Wagner, Valter Bergant, Alexander H
Veröffentlicht in: Vaccines, 2021, ISSN 2076-393X
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/vaccines9050431

Metal ion–regulated assembly of designedmodular protein cages

Autoren: Jana Aupič, Fabio Lapenta, Žiga Strmšek, Estera Merljak, Tjaša Plaper, Roman Jerala
Veröffentlicht in: Science Advances, 2022, ISSN 2375-2548
Herausgeber: AAAS
DOI: 10.1126/sciadv.abm8243

Preorganized cyclic modules facilitate the self-assembly of protein nanostructures

Autoren: Jaka Snoj, Fabio Lapenta, Roman Jerala
Veröffentlicht in: Chemical Science, Ausgabe 15, 2024, Seite(n) 3673-3686, ISSN 2041-6520
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d3sc06658d

Designed folding pathway of modular coiled-coil-based proteins

Autoren: Jana Aupič, Žiga Strmšek, Fabio Lapenta, David Pahovnik, Tomaž Pisanski, Igor Drobnak, Ajasja Ljubetič, Roman Jerala
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 12/1, 2021, Seite(n) 1-12, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-21185-5

Self-assembly and regulation of protein cages from pre-organised coiled-coil modules

Autoren: Fabio Lapenta, Jana Aupič, Marco Vezzoli, Žiga Strmšek, Stefano Da Vela, Dmitri I. Svergun, José María Carazo, Roberto Melero, Roman Jerala
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 12/1, 2021, Seite(n) 1-12, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-21184-6

Segmentation strategy of de novo designed four-helical bundles expands protein oligomerization modalities for cell regulation

Autoren: Estera Merljak, Benjamin Malovrh, Roman Jerala
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 14, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-37765-6

Rechte des geistigen Eigentums

Patent (3)

REGULATION OF PROTEIN FUNCTION BY INSERTION OF INTERACTION PEPTIDES

Antrags-/Publikationsnummer: 20 22085613
Datum: 2022-12-13
Antragsteller: KEMIJSKI INSTITUT

VACCINES BASED ON AN ANTIGEN PROTEIN FUSED TO A NANOSTRUCTURING SCAFFOLD

Antrags-/Publikationsnummer: 20 21073632
Datum: 2021-08-26
Antragsteller: KEMIJSKI INSTITUT

COILED-COIL MEDIATED TETHERING OF CRISPR-CAS AND EXONUCLEASES FOR ENHANCED GENOME EDITING

Antrags-/Publikationsnummer: 19 192490
Datum: 2019-08-20
Antragsteller: KEMIJSKI INSTITUT