Des microbes pour la résilience du bétail
L’économie rurale et le système alimentaire de l’Europe dépendent fortement de l’élevage. Mais l’élevage est également une importante source d’émissions de gaz à effet de serre. En conséquence, une pression est de plus en plus forte émerge pour réduire les émissions, améliorer le bien-être des animaux et s’adapter à l’évolution des conditions environnementales. Si la génétique et la nutrition sont traditionnellement à l’origine des progrès réalisés en matière de santé et de productivité animales, un nouvel acteur fait de plus en plus parler de lui: le microbiome. Les communautés microbiennes qui habitent et entourent les animaux jouent un rôle fondamental dans la digestion, l’immunité et la santé en général. Le terme collectif désignant cet écosystème unique, holobiome, est dérivé des mots grecs holos, qui signifie «entier», et bios, qui signifie «vie». Une nouvelle perspective de la santé animale émerge, qui considère que l’holobiome est en interaction constante avec les symbiotes microbiens plutôt que de manière isolée.
Cartographier l’holobiome des ruminants
Le projet HoloRuminant(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre), financé par l’UE et coordonné par l’INRAE en France, reconnaît l’importance de l’holobiome et de son interaction avec les hôtes ruminants. L’équipe a entrepris d’étudier les microbiomes des ruminants ainsi que leur influence sur la santé, le bien-être et la productivité de l’hôte. L’objectif final est de développer des stratégies qui maximisent les performances des animaux et réduisent les conséquences environnementales. HoloRuminant réunit des chercheurs de toute l’Europe pour étudier les bovins, les ovins et les caprins à différents stades de leur vie et dans différents environnements. Il s’appuie sur la méthodologie multi-omique, une approche scientifique qui examine plusieurs couches biologiques à la fois, telles que les gènes, les protéines et les substances chimiques présentes dans l’organisme. La multi-comique est utilisée pour analyser les microbiomes qui colonisent des sites essentiels de l’organisme tels que le rumen, la peau, les voies respiratoires et les voies reproductives. Cette cartographie approfondie permettra à l’équipe d’évaluer le développement de ces communautés microbiennes et leur évolution dans le temps, comment elles sont influencées par le régime alimentaire et la gestion, et comment elles affectent la physiologie et la productivité de l’animal hôte. Et surtout, elle aidera les chercheurs à examiner comment le microbiome peut être hérité ou manipulé pour améliorer les performances telles que le rendement laitier, le taux de croissance, la résistance aux maladies ou les émissions de méthane.
S’aligner sur les objectifs de développement durable de l’UE
La recherche d’HoloRuminant s’aligne sur plusieurs objectifs politiques de l’UE, notamment le pacte vert pour l’Europe, la stratégie de la ferme à la table et la stratégie de la bioéconomie. Elle entend identifier les moyens de réduire l’impact sur l’environnement tout en améliorant le bien-être des animaux. À titre d’exemple, les interventions en matière d’alimentation ou d’élevage qui favorisent un microbiote intestinal bénéfique peuvent contribuer à réduire les émissions de méthane, un problème majeur de la production de ruminants. Alors que l’Europe s’oriente vers une économie fondée sur la biotechnologie, les conclusions et les outils d’HoloRuminant seront essentiels pour concevoir des systèmes d’élevage résilients face aux pressions environnementales et économiques, tout en restant productifs et éthiques. Ce faisant, le projet contribue à transposer les connaissances microbiennes en stratégies pratiques et évolutives pour l’avenir de l’agriculture européenne.
Renforcer les ressources de recherche et de gestion
L’un des principaux résultats de HoloRuminant sera l’élaboration d’outils destinés à la communauté scientifique et agricole au sens large. Ces ressources seront mises à la disposition de public afin d’alimenter les recherches futures et de soutenir les études et les innovations en matière de gestion et d’élevage du bétail. Les résultats du projet devraient également contribuer au développement d’interventions basées sur le microbiome, telles que les probiotiques ou les régimes alimentaires qui favorisent les communautés microbiennes bénéfiques. Ces stratégies pourraient accroître la résilience des animaux et la durabilité des systèmes alimentaires.