Protéger nos microbiomes pour améliorer les traitements contre le cancer
La recherche sur le rôle des microbes qui colonisent notre intestin connaît un rapide essor. Elle porte essentiellement sur la relation entre certaines bactéries et la progression du cancer ainsi que sur l’impact sur le traitement. La dysbiose intestinale, un déséquilibre de la composition du microbiote intestinal, a été associée à la stadification et au pronostic du cancer(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) dans l’intestin et au-delà. Parallèlement au développement des tumeurs, nous savons désormais que certaines espèces de bactéries intestinales entravent l’efficacité d’un type d’immunothérapie contre le cancer qui utilise des médicaments pour bloquer des protéines appelées points de contrôle, et connu sous le nom de blocage des points de contrôle immunitaires (immune checkpoint blockade ou ICB). Déterminer la composition microbienne d’un patient au départ, afin d’évaluer sa propension à bénéficier de l’ICB ou de déterminer sa survie globale, semble une option très intéressante. «Nous voulions valider les “empreintes” du microbiome intestinal associées au cancer qui pourraient faire une réelle différence pour les patients», explique Laurence Zitvogel(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre), qui a coordonné le projet ONCOBIOME(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre). Hébergé par l’Institut Gustave Roussy(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) en France, le projet ONCOBIOME a pour objectif d’identifier et de caractériser les écosystèmes pertinents pour le cancer, à l’aide de méthodes fiables et robustes.
Calculer le ratio de bactéries bénéfiques et nocives dans notre intestin
Le domaine évolue rapidement. Nous pouvons déjà effectuer des analyses de métagénomique shotgun(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) d’échantillons de selles, ainsi que des tests PCR(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) pour suivre les bactéries bénéfiques ou nocives pour l’hôte. «Nous pouvons ensuite calculer un ratio entre les deux, le toposcore, pour évaluer le risque de résistance à l’immunothérapie.» Pour mieux comprendre la façon dont notre microbiome intestinal interagit avec le cancer, l’équipe a examiné les données provenant de plus de 9 000 patients de 10 pays, couvrant 4 types de cancer fréquents, du sein, colorectal, du poumon et le mélanome. «Nous voulions identifier et valider les signatures du microbiome intestinal (Gut OncoMicrobiome Signatures ou GOMS) spécifiques au cancer associées à son apparition, à son pronostic et à sa réponse au traitement. Et ensuite, intégrer ces GOMS à d’autres caractéristiques oncologiques afin de concevoir des tests permettant d’anticiper l’apparition et la progression du cancer», explique Laurence Zitvogel.
Conception de tests de dépistage du cancer autour des GOMS
ONCOBIOME a testé l’impact de médicaments, tels que les benzodiazépines et les antibiotiques, sur le microbiome ainsi que l’impact du mode de vie et de l’alimentation. Les chercheurs ont diagnostiqué une dysbiose intestinale en utilisant des échantillons de selles et de sérum. La validation prospective de ces tests diagnostiques est réalisée en étroite collaboration avec des sociétés de biotechnologie qui travaillent avec différents hôpitaux en Europe. Des prébiotiques tels que le camu-camu(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) et la castalagine(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre), ainsi que des probiotiques tels que Clostridium butyricum lyophilisé encapsulé et Akkermansia massiliensis, sont en cours de développement. Des études de phase II, randomisées, portant sur des produits biothérapeutiques vivants et sur la transplantation microbienne fécale sont menées au Canada, en Italie et en France, et d’autres sites. «L’objectif ultime est de gérer le problème de la dysbiose intestinale en réduisant la surprescription de médicaments qui exercent un impact négatif sur le microbiote intestinal. Changer de régime alimentaire peut également s’avérer essentiel, tout comme la prise de produits biothérapeutiques vivants. La transplantation microbienne fécale, en cas de dysbiose sévère, peut également jouer un rôle important juste avant d’initier une immunothérapie anticancéreuse. «Ces manœuvres d’interception sont développées dans plusieurs centres de cancérologie dans le cadre d’essais randomisés», explique Laurence Zitvogel.
Une nouvelle approche de traitement du cancer
Des projets tels qu’ONCOBIOME démontrent qu’une barrière intestinale saine associée à un microbiome équilibré sont nécessaires à notre forme physique et à notre capacité à répondre pleinement aux immunothérapies anticancéreuses. «Une nouvelle ère est née», ajoute Laurence Zitvogel: «Personne ne peut ignorer la vision écologique du cancer, qui prend en compte le corps entier.»
