ProViz: visualización interactiva de interacciones entre proteínas
Mediante el estudio de las interacciones entre proteínas es posible mejorar en buena medida la comprensión del funcionamiento de una célula que regula su desarrollo y función, así como descubrir nuevos fármacos objetivo. En los últimos años, se han empleado métodos de alto rendimiento, como la purificación por afinidad, para caracterizar las interacciones entre proteínas, que han dado lugar a una gran cantidad de datos en forma de redes. Con el objetivo de abordar las necesidades de los biólogos que exploran bases de datos locales y distantes de interacciones entre proteínas, investigadores de la Universidad de Burdeos 1 han integrado herramientas de análisis y de visualización en ProViz. Esta plataforma de software puede emplearse para identificar interacciones entre proteínas de interés a través de una búsqueda por palabra clave o mediante el análisis de la estructura de las redes. Está diseñada para elaborar gráficos, pero más en concreto para la exploración interactiva de gráficos grandes. Sobre la base de la plataforma Tulip y el formato de Lenguaje de Marcación Extensible (XML) para interacciones moleculares, ProViz proporciona en forma de gráficos una amplia gama de operaciones básicas y avanzadas. Los subgráficos producidos mediante supresión o agrupamiento de proteínas relacionadas se organizan de manera automática en vistas que pueden ser manipuladas independientemente y emplearse para producir otras vistas. Al construir las vistas, los usuarios pueden emplear vocabularios controlados externos como los vocabularios de ontología genética, que describen productos genéticos en cuanto a sus procesos biológicos asociados y sus componentes celulares. Puede descargar ProViz de manera gratuita en http://cbi.labri.fr/eng/proviz.htm como una herramienta independiente. En la página de descargas de software se han incluido enlaces a tutoriales interactivos para biólogos que deseen explorar las posibilidades ofrecidas en lo referente a la manipulación de grandes corpus de datos de redes de proteínas en interacción.
