VIral and BacteRial Adhesin Network Training

Projektinformationen

ViBrANT

ID Finanzhilfevereinbarung: 765042

DOI

10.3030/765042

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 31 August 2017

Startdatum 1 Januar 2018

Enddatum 30 Juni 2022

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Gesamtkosten

€ 3 925 220,40

EU-Beitrag

€ 3 925 220,40

Koordiniert durch

UNIVERSITY OF LEEDS
United Kingdom

CORDIS bietet Links zu öffentlichen Ergebnissen und Veröffentlichungen von HORIZONT-Projekten.

Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Leistungen

Documents, reports (6)

Release of the modelling protocol for adhesin structure determination as software
Report with updated exploitation strategy
Report on exploitation strategy
Outreach plan

Plan for communications and outreach

White paper on best practices in the ETN
Data management plan

Websites, patent fillings, videos etc. (4)

>10 review articles published/in press
Developed materials and methods for capture/enrichment of multiple pathogens based on adhesin-ligand binding

Developed materials and methods for captureenrichment of multiple pathogens based on adhesinligand binding

Initial website

Initial public website goes live

30 publications in high-quality open-access journals

30 publications in highquality openaccess journals

Other (2)

Recruitment of all ESRs
Supervisory Board of network

Compulsory Deliverable

Demonstrators, pilots, prototypes (1)

Mapping of Interfaces between viral adhesins and receptors

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (31)

Novel Biorecognition Elements against Pathogens in the Design of State-of-the Art Diagnostics

Autoren: Sande M.G, Rodrigues J.L, Ferreira D, Silva C.J, Rodrigues L. R.
Veröffentlicht in: Biosensors, 2021, ISSN 2079-6374
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/bios11110418

Complete Genome Sequence of Bartonella alsatica Strain IBS 382 (CIP 105477)

Autoren: Arno Thibau, Tilman G. Schultze, Wibke Ballhorn, Volkhard A. J. Kempf
Veröffentlicht in: Microbiology Resource Announcements, Ausgabe Volume 9 Ausgabe 34, 2020, ISSN 2576-098X
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mra.00769-20

Host-Pathogen Adhesion as the Basis of Innovative Diagnostics for Emerging Pathogens

Autoren: Alex van Belkum, Carina Almeida, Benjamin Bardiaux, Sarah V. Barrass, Sarah J. Butcher, Tuğçe Çaykara, Sounak Chowdhury, Rucha Datar, Ian Eastwood, Adrian Goldman, Manisha Goyal, Lotta Happonen, Nadia Izadi-Pruneyre, Theis Jacobsen, Pirjo H. Johnson, Volkhard A. J. Kempf, Andreas Kiessling, Juan Leva Bueno, Anchal Malik, Johan Malmström, Ina Meuskens, Paul A. Milner, Michael Nilges, Nicole Pam
Veröffentlicht in: Diagnostics, Ausgabe 11/7, 2021, Seite(n) 1259, ISSN 2075-4418
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/diagnostics11071259

Secondary structure and 1H, 15N & 13C resonance assignments of the periplasmic domain of OutG, Major pseudodopilin from Dickeya dadantii type II secretion system

Autoren: Jacobsen T, Dazzoni R, Renault M.G, Bardiaux B, Nilges M, Shevchik V, Izadi-Pruneyre N.
Veröffentlicht in: Biomol NMR Assign, 2022, ISSN 1874-2718
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s12104-022-10085-4

Type V Secretion Systems: An Overview of Passenger Domain Functions

Autoren: Ina Meuskens, Athanasios Saragliadis, Jack C. Leo, Dirk Linke
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 10, 2019, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2019.01163

Inertial focusing of microparticles, bacteria, and blood in serpentine glass channels

Autoren: Pablo Rodriguez-Mateos, Bongkot Ngamsom, Charlotte E. Dyer, Alexander Iles, Nicole Pamme
Veröffentlicht in: Electrophoresis, Ausgabe 42, 2021, Seite(n) 2246-2255, ISSN 0173-0835
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/elps.202100083

Dynamic relocalization of cytosolic type III secretion system components prevents premature protein secretion at low external pH

Autoren: Stephan Wimmi, Alexander Balinovic, Hannah Jeckel, Lisa Selinger, Dimitrios Lampaki, Emma Eisemann, Ina Meuskens, Dirk Linke, Knut Drescher, Ulrike Endesfelder, Andreas Diepold
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-21863-4

Molecular Organisation of Tick-Borne Encephalitis Virus

Autoren: Pulkkinen L.I.A, Barrass S. V, Domanska A, Överby A.K, Anastasina M, Butcher S. J.
Veröffentlicht in: Viruses, 2022, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v14040792

Long-Read Sequencing Reveals Genetic Adaptation of Bartonella Adhesin A Among Different Bartonella henselae Isolates

Autoren: Arno Thibau, Katharina Hipp, Diana J. Vaca, Sounak Chowdhury, Johan Malmström, Athanasios Saragliadis, Wibke Ballhorn, Dirk Linke, Volkhard A. J. Kempf
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe Volume 13, Article 838267, 2022, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2022.838267

The C-terminal head domain of Burkholderia pseudomallei BpaC has a striking hydrophilic core with an extensive solvente network

Autoren: Kiessling A. R, Harris S. A, Weimer K. M, Wells G, Goldman A.
Veröffentlicht in: Mol Microbiology, 2022, ISSN 1365-2958
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1111/mmi.14953

Different SARS-CoV-2 haplotypes associate with geographic origin and case fatality rates of COVID-19 patients

Autoren: Goyal M, De Bruyne K, van Belkum A, West B
Veröffentlicht in: Infection Genetics and Evolution, Ausgabe 90, 2021, ISSN 1567-1348
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.meegid.2021.104730

Automated antimicrobial susceptibility testing of slow-growing Pseudomonas aeruginosa strains in the presence of tetrazolium salt WST-1

Autoren: Datar R, Perrin G, Chalansonnet V, Perry A, Perry JD, van Belkum A, Orenga S
Veröffentlicht in: Journal of Microbiological Methods, Ausgabe 186, 2021, ISSN 0167-7012
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mimet.2021.106252

The Trimeric Autotransporter Adhesin YadA of Yersina enterocolitica Serotype O:9 Binds Glycan Moieties

Autoren: Meuskens I, Leva-Bueno J, Millner P, Schutz M, Peyman SA, Linke D.
Veröffentlicht in: Front Microbiology, Ausgabe Volume 22, 2022, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2021.738818

Interaction of Bartonella henselae with fibronectin represents the molecular basis for adhesion to host cells

Autoren: Diana J. Vaca, Arno Thibau, Matthias S. Leisegang, Johan Malmström, Dirk Linke, Johannes A. Eble, Wibke Ballhorn, Martin Schaller, Lotta Happonen, Volkhard A. J. Kempf
Veröffentlicht in: Microbiology Spectrum, 2022, ISSN 2165-0497
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/spectrum.00598-22

A lab-on-a-chip platform for integrated extraction and detection of SARS-CoV-2 RNA in resource-limited settings

Autoren: Pablo Rodriguez-Mateos, Bongkot Ngamsom, Cheryl Walter, Charlotte E.Dyer, Jesse Gitaka Alexander Iles, Nicole Pamme
Veröffentlicht in: Analytica Chimica Acta, Ausgabe Volume 1177, 8 September 2021, 2021, Seite(n) 338758, ISSN 0003-2670
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.aca.2021.338758

Distinct serotypes of streptococcal M proteins mediate fibrinogen-dependent platelet activation and pro-inflammatory effects

Autoren: Palm F, Chowdhury S, Wettemark S, Malmström J, Happonen L, Shannon O
Veröffentlicht in: Infect Immunology, 2022, ISSN 2379-5077
Herausgeber: ASM Journals
DOI: 10.1128/iai.00462-21

Contemporary diagnostics for medically relevant fastidious microorganisms belonging to the genera Anaplasma, Bartonella, Coxiella, Orientia and Rickettsia

Autoren: Diana J. Vaca, Gerhard Dobler, Silke F. Fischer, Christian Keller, Maik Konrad, Friederike D. von Loewenich, Sylvain Orenga, Siddhesh U. Sapre, Alex van Belkum, Volkhard A. J. Kempf
Veröffentlicht in: FEMS Microbiology Reviews, Ausgabe fuac013, 2022, ISSN 0168-6445
Herausgeber: Blackwell
DOI: 10.1093/femsre/fuac013

Immunogenicity of trimeric autotransporter adhesins and their potential as vaccine targets

Autoren: Arno Thibau, Alexander A. Dichter, Diana J. Vaca, Dirk Linke, Adrian Goldman, Volkhard A. J. Kempf
Veröffentlicht in: Medical Microbiology and Immunology, 2019, ISSN 0300-8584
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00430-019-00649-y

Interaction with the host: the role of fibronectin and extracellular matrix proteins in the adhesion of Gram-negative bacteria

Autoren: Diana J. Vaca, Arno Thibau, Monika Schütz, Peter Kraiczy, Lotta Happonen, Johan Malmström, Volkhard A. J. Kempf
Veröffentlicht in: Medical Microbiology and Immunology, 2019, ISSN 0300-8584
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00430-019-00644-3

Recent advances in the understanding of trimeric autotransporter adhesions

Autoren: Andreas R. Kiessling, Anchal Malik, Adrian Goldman
Veröffentlicht in: Medical Microbiology and Immunology (2019), 2019, ISSN 0300-8584
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00430-019-00652-3

Brexit in the channel: Europe cut off: a young German scientist's perspective

Autoren: Andreas R. Kiessling
Veröffentlicht in: Medical Microbiology and Immunology, 2019, ISSN 0300-8584
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00430-019-00646-1

Human adenovirus binding to host cell receptors: a structural view

Autoren: Aleksandra Cecylia Stasiak, Thilo Stehle
Veröffentlicht in: Medical Microbiology and Immunology, 2019, ISSN 0300-8584
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00430-019-00645-2

FISH and chips: a review of microfluidic platforms for FISH analysis

Autoren: Pablo Rodriguez-Mateos, Nuno Filipe Azevedo, Carina Almeida, Nicole Pamme
Veröffentlicht in: Medical Microbiology and Immunology, 2020, ISSN 0300-8584
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00430-019-00654-1

Advances in high-throughput methods for the identification of virus receptors

Autoren: Sarah V. Barrass, Sarah J. Butcher
Veröffentlicht in: Medical Microbiology and Immunology, 2019, ISSN 0300-8584
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00430-019-00653-2

Innovative training networks: a new way of collaboration-propped PhD training

Autoren: Ina Meuskens, Seamus Higson, Dirk Linke
Veröffentlicht in: Medical Microbiology and Immunology, 2019, ISSN 0300-8584
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00430-019-00647-0

New solutions to capture and enrich bacteria from complex samples

Autoren: Maria G. Sande, Tugçe Çaykara, Carla Joana Silva, Ligia R. Rodrigues
Veröffentlicht in: Medical Microbiology and Immunology, 2020, ISSN 0300-8584
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00430-020-00659-1

Structural proteomics, electron cryo-microscopy and structural modeling approaches in bacteria–human protein interactions

Autoren: Sounak Chowdhury, Lotta Happonen, Hamed Khakzad, Lars Malmström, Johan Malmström
Veröffentlicht in: Medical Microbiology and Immunology, 2020, ISSN 0300-8584
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00430-020-00663-5

Phenotypic and Genomic Variability of Serial Peri-Lung Transplantation Pseudomonas aeruginosa Isolates From Cystic Fibrosis Patients

Autoren: Datar R, Coello Pelegrin A, Orenga S, Chalansonnet V, Mirande C, Dombrecht J, Perry JD, Perry A, Goossens H, van Belkum A
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe Volume 12, 2021, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2021.604555

Recent Advances in Rapid Antimicrobial Susceptibility Testing

Autoren: Datar R, Orenge S, Pogorelcnik R, Rochas O, Simner PJ, van Belkum A
Veröffentlicht in: Clinical Chemistry, Ausgabe Volume 68, Ausgabe 1, 2021, ISSN 0009-9147
Herausgeber: American Association for Clinical Chemistry, Inc.
DOI: 10.1093/clinchem/hvab207

Streptococcus pyogenes Forms Serotype- and Local Environment-Dependent Interspecies Protein Complexes

Autoren: Chowdhury S, Khakzad H, Bergdahl GE, Lood R, Ekström S, Linke D, Malmström L, Happonen L, Malmström J.
Veröffentlicht in: mSystems, 2021, ISSN 2379-5077
Herausgeber: ASM Journals
DOI: 10.1128/msystems.00271-21

Retrospective Definition of Clostridioides difficile PCR Ribotypes on the Basis of Whole Genome Polymorphisms: A Proof of Principle Study

Autoren: Goyal M, Hauben L, Pouseele H, Jaillard M, De Bruyne K, van Belkum A, Goering R
Veröffentlicht in: Diagnostics, Ausgabe 10(12), 2020, ISSN 2075-4418
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/diagnostics10121078

Non-peer reviewed articles (1)

Proteome-wide cross-linking mass spectrometry to identify specific virus capsid-host interactions between tick-borne encephalitis virus and neuroblastoma cells

Autoren: Barrass S. V, Pulkkinen L.I.A, Vapalahti O, Kuivanen S. H, Anastasina M, Happonen L, Butcher S. J.
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2021, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2021.10.29.464531