RAtional design of canceR ImmunoTherapY: one size does not fit all

Información del proyecto

RARITY

Identificador del acuerdo de subvención: 852832

DOI 10.3030/852832

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 27 Noviembre 2019

Fecha de inicio 1 Diciembre 2019

Fecha de finalización 30 Noviembre 2024

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total € 1 499 795,00

Aportación de la UE € 1 499 795,00

Coordinado por

ACADEMISCH ZIEKENHUIS LEIDEN
Países Bajos

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Resultado final

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

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Publicaciones

Artículos arbitrados (21)

Visual cohort comparison for spatial single-cell omics-data

Autores: Antonios Somarakis, Marieke E. Ijsselsteijn, Sietse J. Luk, Boyd Kenkhuis, Noel F.C.C. de Miranda, Boudewijn P.F. Lelieveldt, Thomas Hollt
Publicado en: IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics, Edición 27/2, 2021, Página(s) 733-743, ISSN 1077-2626
Editor: Institute of Electrical and Electronics Engineers
DOI: 10.1109/tvcg.2020.3030336

Semi‐automated background removal limits data loss and normalizes imaging mass cytometry data

Autores: Marieke E. Ijsselsteijn, Antonios Somarakis, Boudewijn P. F. Lelieveldt, Thomas Höllt, Noel F. C. C. Miranda
Publicado en: Cytometry Part A, 2021, ISSN 1552-4922
Editor: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cyto.a.24480

PENGUIN: A rapid and efficient image preprocessing tool for multiplexed spatial proteomics

Autores: A.M. Sequeira, M.E. Ijsselsteijn, M. Rocha, Noel F.C.C. de Miranda
Publicado en: Computational and Structural Biotechnology Journal, Edición 23, 2025, Página(s) 3920-3928, ISSN 2001-0370
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.csbj.2024.10.048

Cancer-Associated Fibroblasts Are Key Determinants of Cancer Cell Invasion in the Earliest Stage of Colorectal Cancer

Autores: Hao Dang, Tom J. Harryvan, Chen-Yi Liao, Erik H.J. Danen, Vienna N.L.N. Spalburg, Szymon M. Kielbasa, Hailiang Mei, Jelle J. Goeman, Eveline S. de Jonge-Muller, Stefanus G.T. Janson, Johan J. van der Reijden, Stijn Crobach, James C.H. Hardwick, Jurjen J. Boonstra, Noel F.C.C. de Miranda, Lukas J.A.C. Hawinkels
Publicado en: Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology, Edición 16, 2024, Página(s) 107-131, ISSN 2352-345X
Editor: Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.jcmgh.2023.04.004

Integration of mass cytometry and mass spectrometry imaging for spatially resolved single-cell metabolic profiling

Autores: Joana B. Nunes, Marieke E. Ijsselsteijn, Tamim Abdelaal, Rick Ursem, Manon van der Ploeg, Martin Giera, Bart Everts, Ahmed Mahfouz, Bram Heijs, Noel F. C. C. de Miranda
Publicado en: Nature Methods, Edición 21, 2024, Página(s) 1796-1800, ISSN 1548-7091
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-024-02392-6

CD103 and CD39 coexpression identifies neoantigen-specific cytotoxic T cells in colorectal cancers with low mutation burden

Autores: Jitske van den Bulk, Manon van der Ploeg, Marieke E Ijsselsteijn, Dina Ruano, Ruud van der Breggen, Rebekka Duhen, Koen C M J Peeters, Arantza Fariña-Sarasqueta, Els M E Verdegaal, Sjoerd H van der Burg, Thomas Duhen, Noel F C C de Miranda
Publicado en: Journal for ImmunoTherapy of Cancer, Edición 11, 2024, Página(s) e005887, ISSN 2051-1426
Editor: SITC
DOI: 10.1136/jitc-2022-005887

Transcriptomic and immunophenotypic profiling reveals molecular and immunological hallmarks of colorectal cancer tumourigenesis

Autores: Jessica Roelands; Manon van der Ploeg; Marieke E Ijsselsteijn; Hao Dang; Jurjen J Boonstra; James C H Hardwick; Lukas J A C Hawinkels; Hans Morreau; Noel F C C de Miranda
Publicado en: Gut, Edición 1, 2022, ISSN 1468-3288
Editor: BMJ
DOI: 10.1136/gutjnl-2022-327608

Local and systemic immune profiles of human pancreatic ductal adenocarcinoma revealed by single-cell mass cytometry

Autores: Brouwer TP, de Vries NL, Abdelaal T, Krog RT, Li Z, Ruano D, Fariña A, Lelieveldt BPF, Morreau H, Bonsing BA, Vahrmeijer AL, Koning F, de Miranda NFCC
Publicado en: J Immunother Cancer, 2022, ISSN 2051-1426
Editor: BMJ
DOI: 10.1136/jitc-2022-004638

Enabling next-generation engineered TCR-T therapies based on high-throughput TCR discovery from diagnostic tumor biopsies

Autores: Thomas Kuilman, Deborah S. Schrikkema, Jules Gadiot, Raquel Gomez-Eerland, Laura Bies, Julia Walker, Robbert M. Spaapen, Hanna Kok, Demi Houg, Milena Viyacheva, Yvonne B. Claassen, Manuel Saornil, Oscar Krijgsman, Bas Stringer, Huiwen Ding, Anou Geleijnse, Anne C. Meinema, Bianca Weissbrich, Melissa Lancee, Carmen G. Engele, Marianna Sabatino, Pei-Ling Chen, Kenneth Y. Tsai, James J. Mulé, Vernon
Publicado en: Nature Communications, Edición 16, 2025, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-55420-6

Neoantigen Targetability in Progressive Advanced Melanoma

Autores: Jitske van den Bulk, Els M.E. Verdegaal, Manon van der Ploeg, Marten Visser, Joana B. Nunes, Arnoud H. de Ru, Rayman T.N. Tjokrodirijo, Marieke E. Ijsselsteijn, Natasja I. Janssen, Ruud van der Breggen, Linda de Bruin, Pita de Kok, George M.C. Janssen, Dina Ruano, Ellen H.W. Kapiteijn, Peter A. van Veelen, Noel F.C.C. de Miranda, Sjoerd H. van der Burg
Publicado en: Clinical Cancer Research, Edición 29, 2023, Página(s) 4278-4288, ISSN 1078-0432
Editor: American Association for Cancer Research
DOI: 10.1158/1078-0432.ccr-23-1106

Tumor-specific T cells support chemokine-driven spatial organization of intratumoral immune microaggregates needed for long survival

Autores: Ziena Abdulrahman; Saskia J Santegoets; Gregor Sturm; Pornpimol Charoentong; Marieke E Ijsselsteijn; Antonios Somarakis; Thomas Höllt; Francesca Finotello; Zlatko Trajanoski; Sylvia L van Egmond; Dana A M Mustafa; Marij J P Welters; Noel F C C de Miranda; Sjoerd H van der Burg
Publicado en: J Immunother Cancer, Edición 2, 2022, ISSN 1756-1833
Editor: BMJ
DOI: 10.1136/jitc-2021-004346

Autologous dendritic cells pulsed with allogeneic tumour cell lysate induce tumour-reactive T-cell responses in patients with pancreatic cancer: A phase I study

Autores: S.P. Lau, L. Klaase, M. Vink, J. Dumas, K. Bezemer, A. van Krimpen, R. van der Breggen, L.V. Wismans, M. Doukas, W. de Koning, A.P. Stubbs, D.A.M. Mustafa, H. Vroman, R. Stadhouders, J.B. Nunes, C. Stingl, N.F.C.C. de Miranda, T.M. Luider, S.H. van der Burg, J.G. Aerts, C.H.J. van Eijck
Publicado en: European Journal of Cancer, Edición 169, 2022, Página(s) 20-31, ISSN 0959-8049
Editor: Pergamon Press Ltd.
DOI: 10.1016/j.ejca.2022.03.015

Immunotherapy for pancreatic cancer: chasing the light at the end of the tunnel

Autores: Thomas P. Brouwer, Alexander L. Vahrmeijer, Noel F. C. C. de Miranda
Publicado en: Cellular Oncology, Edición 44/2, 2021, Página(s) 261-278, ISSN 2211-3428
Editor: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s13402-021-00587-z

Fibroblasts in Orchestrating Colorectal Tumorigenesis and Progression

Autores: Subinuer Abudukelimu, Noel F.C.C. de Miranda, Lukas J.A.C. Hawinkels
Publicado en: Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology, Edición 17, 2024, Página(s) 821-826, ISSN 2352-345X
Editor: Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.jcmgh.2024.01.013

Discordant prognosis of mismatch repair deficiency in colorectal and endometrial cancer reflects variation in antitumour immune response and immune escape

Autores: Mark A Glaire, Neil AJ Ryan, Marieke E Ijsselsteijn, Katarzyna Kedzierska, Sofia Obolenski, Reem Ali, Emma J Crosbie, Tjalling Bosse, Noel FCC de Miranda, David N Church
Publicado en: The Journal of Pathology, Edición 257, 2023, Página(s) 340-351, ISSN 0022-3417
Editor: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/path.5894

Linking Immunity with Genomics in Sarcomas: Is Genomic Complexity an Immunogenic Trigger?

Autores: Siddh van Oost, Debora M. Meijer, Marieke L. Kuijjer, Judith V. M. G. Bovée, and Noel F. C. C. de Miranda
Publicado en: Biomedicines, 2021, ISSN 2078-2489
Editor: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/biomedicines9081048

A Paradoxical Role for Regulatory T Cells in the Tumor Microenvironment of Pancreatic Cancer

Autores: Thomas Brouwer, Marieke Ijsselsteijn, Jan Oosting, Dina Ruano, Manon van der Ploeg, Frederike Dijk, Bert Bonsing, Arantza Fariña, Hans Morreau, Alexander Vahrmeijer, Noel de Miranda
Publicado en: Cancers, Edición 14, 2025, Página(s) 3862, ISSN 2072-6694
Editor: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/cancers14163862

γδ T cells are effectors of immunotherapy in cancers with HLA class I defects

Autores: Natasja L. de Vries, Joris van de Haar, Vivien Veninga, Myriam Chalabi, Marieke E. Ijsselsteijn, Manon van der Ploeg, Jitske van den Bulk, Dina Ruano, Jose G. van den Berg, John B. Haanen, Laurien J. Zeverijn, Birgit S. Geurts, Gijs F. de Wit, Thomas W. Battaglia, Hans Gelderblom, Henk M. W. Verheul, Ton N. Schumacher, Lodewyk F. A. Wessels, Frits Koning, Noel F. C. C. de Miranda, Emile E. Voest
Publicado en: Nature, Edición 613, 2023, Página(s) 743-750, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05593-1

Unraveling the Complexity of the Cancer Microenvironment With Multidimensional Genomic and Cytometric Technologies

Autores: Natasja L. de Vries, Ahmed Mahfouz, Frits Koning, Noel F. C. C. de Miranda
Publicado en: Frontiers in Oncology, Edición 10, 2020, ISSN 2234-943X
Editor: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fonc.2020.01254

Therapeutic targeting of TGF-β in cancer: hacking a master switch of immune suppression

Autores: Jitske van den Bulk, Noel F.C.C. de Miranda, Peter ten Dijke
Publicado en: Clinical Science, Edición 135/1, 2021, Página(s) 35-52, ISSN 0143-5221
Editor: Portland Press, Ltd.
DOI: 10.1042/cs20201236

Advancing multiplexed imaging for enhanced tissue complexity analysis

Autores: Marieke E. Ijsselsteijn, Noel F. C. C. de Miranda
Publicado en: Nature Methods, Edición 20, 2023, Página(s) 1280-1281, ISSN 1548-7091
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-01935-7