Towards the discovery of cellular RNA-binding proteins with master regulatory roles in virus infection

Informations projet

vRNP-capture

N° de convention de subvention: 101001634

DOI

10.3030/101001634

Date de signature de la CE 11 Mars 2021

Date de début 1 Decembre 2021

Date de fin 30 Novembre 2027

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 999 916,00

Contribution de l’UE

€ 1 999 916,00

Coordonné par

UNIVERSITY OF GLASGOW
United Kingdom

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Livrables

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Publications

Peer reviewed articles (7)

The molecular dissection of TRIM25’s RNA-binding mechanism provides key insights into its antiviral activity

Auteurs: Lucía Álvarez, Kevin Haubrich, Louisa Iselin, Laurent Gillioz, Vincenzo Ruscica, Karine Lapouge, Sandra Augsten, Ina Huppertz, Nila Roy Choudhury, Bernd Simon, Pawel Masiewicz, Mathilde Lethier, Stephen Cusack, Katrin Rittinger, Frank Gabel, Alexander Leitner, Gracjan Michlewski, Matthias W. Hentze, Frédéric H. T. Allain, Alfredo Castello, Janosch Hennig
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-52918-x

Alphavirus infection triggers selective cytoplasmic translocation of nuclear RBPs with moonlighting antiviral roles

Auteurs: Wael Kamel, Vincenzo Ruscica, Azman Embarc-Buh, Zaydah R. de Laurent, Manuel Garcia-Moreno, Yana Demyanenko, Richard J. Orton, Marko Noerenberg, Meghana Madhusudhan, Louisa Iselin, Aino I. Järvelin, Maximilian Hannan, Eduardo Kitano, Samantha Moore, Andres Merits, Ilan Davis, Shabaz Mohammed, Alfredo Castello
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 84, 2024, Page(s) 4896-4911.e7, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2024.11.015

Melanoma RBPome identification reveals PDIA6 as an unconventional RNA-binding protein involved in metastasis

Auteurs: Neus Mestre-Farràs; Santiago Guerrero; Nadine Bley; Ezequiel Rivero; Olga Coll; Eva Borràs; Eduard Sabidó; Alberto Indacochea; Carlos Casillas-Serra; Aino I Järvelin; Baldomero Oliva; Alfredo Castello; Stefan Hüttelmaier; Fátima Gebauer
Publié dans: Nuc Acid Res, Numéro Journal, 2022, ISSN 1362-4962
Éditeur: Nucleic Acids Res
DOI: 10.1093/nar/gkac605

Exploring the expanding universe of host-virus interactions mediated by viral RNA

Auteurs: Alfredo Castello, Lucía Álvarez, Wael Kamel, Louisa Iselin, Janosch Hennig
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 84, 2024, Page(s) 3706-3721, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2024.08.027

Uncovering viral RNA-host cell interactions on a proteome-wide scale

Auteurs: Louisa Iselin, Natasha Palmalux, Wael Kamel, Peter Simmonds, Shabaz Mohammed, Alfredo Castello
Publié dans: Trends Biochem Sci, Numéro Journal, 2022, ISSN 0968-0004
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tibs.2021.08.002

Repurposed 3D Printer Allows Economical and Programmable Fraction Collection for Proteomics of Nanogram Scale Samples

Auteurs: Eduardo S. Kitano, Gareth Nisbet, Yana Demyanenko, Katarzyna M Kowalczyk, Louisa Iselin, Stephen Cross, Alfredo Castello, and Shabaz Mohammed
Publié dans: Anal Chem, Numéro Journal, 2024, ISSN 0003-2700
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.4c01731

Absolute quantitative and base-resolution sequencing reveals comprehensive landscape of pseudouridine across the human transcriptome

Auteurs: Haiqi Xu, Linzhen Kong, Jingfei Cheng, Khatoun Al Moussawi, Xiufei Chen, Aleema Iqbal, Peter A. C. Wing, James M. Harris, Senko Tsukuda, Azman Embarc-Buh, Guifeng Wei, Alfredo Castello, Skirmantas Kriaucionis, Jane A. McKeating, Xin Lu, Chun-Xiao Song
Publié dans: Nature Methods, Numéro 21, 2024, Page(s) 2024-2033, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-024-02439-8

Other (5)

Uukuniemi virus infection causes a pervasive remodelling of the RNA-binding proteome in tick cells

Auteurs: Alexandra Wilson, Wael Kamel, Kelsey Davies, Zaydah R. De Laurent, Rozeena Arif, Lesley Bell-Sakyi, Douglas Lamont, Yana Demyanenko, Marko Noerenberg, Alain Kohl, Shabaz Mohammed, Alfredo Castello, Benjamin Brennan
Publié dans: BioRxiv, Numéro Preprint, 2024
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.09.06.611624

Compositional analysis of Sindbis virus ribonucleoproteins reveals an extensive co-opting of key nuclear RNA-binding proteins

Auteurs: Wael Kamel, Vincenzo Ruscica, Manuel Garcia Moreno, Natasha Palmalux, Louisa Iselin, Maximilian Hannan, Aino Jarvelin, Marko Noerenberg, Samantha Moore, Andres Merits, Ilan Davis, Javier Martinez, Shabaz Mohammed, Alfredo Castello
Publié dans: BioRxiv, Numéro Preprint, 2023
Éditeur: BioRxiv
DOI: 10.1101/2021.10.06.463336

XRN1 supplies free nucleotides to feed alphavirus replication

Auteurs: Vincenzo Ruscica, Louisa Iselin, Ryan Hull, Azman Embarc-Buh, Samyukta Narayanan, Natasha Palmalux, Namah Raut, Quan Gu, Honglin Chen, Marko Noerenberg, Zaydah R. de Laurent, Josmi Joseph, Michelle Noble, Catia Igreja, David L. Robertson, Joseph Hughes, Shabaz Mohammed, Vicent Pelechano, Ilan Davis, Alfredo Castello
Publié dans: BioRxiv, Numéro Preprint, 2024
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.12.09.625895

Incorporation of genome-bound cellular proteins into HIV-1 particles regulates viral infection

Auteurs: Manuel Garcia-Moreno, Robin Truman, Honglin Chen, Louisa Iselin, Caroline E. Lenz, Jeffrey Y. Lee, Kate Dicker, Marko Noerenberg, Thibault J.M. Sohier, Natasha Palmalux, Aino I. Järvelin, Wael Kamel, Vincenzo Ruscica, Emiliano P. Ricci, Ilan Davis, Shabaz Mohammed and Alfredo Castello
Publié dans: BioRxiv, Numéro Preprint, 2023
Éditeur: BioRxiv
DOI: 10.1101/2023.06.14.544764

The molecular dissection of TRIM25‘s RNA-binding mechanism provides key insights into its antiviral activity

Auteurs: Lucía Álvarez, Kevin Haubrich, Louisa Iselin, Laurent Gillioz, Vincenzo Ruscica, Karine Lapouge. Sandra Augsten, Ina Huppertz, Nila Roy Choudhury, Bernd Simon, Pawel Masiewicz, Mathilde Lethier, Stephen Cusack, Katrin Rittinger, Frank Gabel, Alexander Leitner, Gracjan Michlewski, Matthias W. Hentze, Frédéric H. T. Allain, Alfredo Castello, Janosch Hennig
Publié dans: Research Square, Numéro Preprint, 2023
Éditeur: Research Scuare
DOI: 10.21203/rs.3.rs-3692619/v1