Towards the discovery of cellular RNA-binding proteins with master regulatory roles in virus infection

Informazioni relative al progetto

vRNP-capture

ID dell’accordo di sovvenzione: 101001634

DOI

10.3030/101001634

Data della firma CE 11 Marzo 2021

Data di avvio 1 Dicembre 2021

Data di completamento 30 Novembre 2027

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 1 999 916,00

Contributo UE

€ 1 999 916,00

Coordinato da

UNIVERSITY OF GLASGOW
United Kingdom

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Risultati finali

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (7)

The molecular dissection of TRIM25’s RNA-binding mechanism provides key insights into its antiviral activity

Autori: Lucía Álvarez, Kevin Haubrich, Louisa Iselin, Laurent Gillioz, Vincenzo Ruscica, Karine Lapouge, Sandra Augsten, Ina Huppertz, Nila Roy Choudhury, Bernd Simon, Pawel Masiewicz, Mathilde Lethier, Stephen Cusack, Katrin Rittinger, Frank Gabel, Alexander Leitner, Gracjan Michlewski, Matthias W. Hentze, Frédéric H. T. Allain, Alfredo Castello, Janosch Hennig
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 15, 2024, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-52918-x

Alphavirus infection triggers selective cytoplasmic translocation of nuclear RBPs with moonlighting antiviral roles

Autori: Wael Kamel, Vincenzo Ruscica, Azman Embarc-Buh, Zaydah R. de Laurent, Manuel Garcia-Moreno, Yana Demyanenko, Richard J. Orton, Marko Noerenberg, Meghana Madhusudhan, Louisa Iselin, Aino I. Järvelin, Maximilian Hannan, Eduardo Kitano, Samantha Moore, Andres Merits, Ilan Davis, Shabaz Mohammed, Alfredo Castello
Pubblicato in: Molecular Cell, Numero 84, 2024, Pagina/e 4896-4911.e7, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2024.11.015

Melanoma RBPome identification reveals PDIA6 as an unconventional RNA-binding protein involved in metastasis

Autori: Neus Mestre-Farràs; Santiago Guerrero; Nadine Bley; Ezequiel Rivero; Olga Coll; Eva Borràs; Eduard Sabidó; Alberto Indacochea; Carlos Casillas-Serra; Aino I Järvelin; Baldomero Oliva; Alfredo Castello; Stefan Hüttelmaier; Fátima Gebauer
Pubblicato in: Nuc Acid Res, Numero Journal, 2022, ISSN 1362-4962
Editore: Nucleic Acids Res
DOI: 10.1093/nar/gkac605

Exploring the expanding universe of host-virus interactions mediated by viral RNA

Autori: Alfredo Castello, Lucía Álvarez, Wael Kamel, Louisa Iselin, Janosch Hennig
Pubblicato in: Molecular Cell, Numero 84, 2024, Pagina/e 3706-3721, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2024.08.027

Uncovering viral RNA-host cell interactions on a proteome-wide scale

Autori: Louisa Iselin, Natasha Palmalux, Wael Kamel, Peter Simmonds, Shabaz Mohammed, Alfredo Castello
Pubblicato in: Trends Biochem Sci, Numero Journal, 2022, ISSN 0968-0004
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tibs.2021.08.002

Repurposed 3D Printer Allows Economical and Programmable Fraction Collection for Proteomics of Nanogram Scale Samples

Autori: Eduardo S. Kitano, Gareth Nisbet, Yana Demyanenko, Katarzyna M Kowalczyk, Louisa Iselin, Stephen Cross, Alfredo Castello, and Shabaz Mohammed
Pubblicato in: Anal Chem, Numero Journal, 2024, ISSN 0003-2700
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.4c01731

Absolute quantitative and base-resolution sequencing reveals comprehensive landscape of pseudouridine across the human transcriptome

Autori: Haiqi Xu, Linzhen Kong, Jingfei Cheng, Khatoun Al Moussawi, Xiufei Chen, Aleema Iqbal, Peter A. C. Wing, James M. Harris, Senko Tsukuda, Azman Embarc-Buh, Guifeng Wei, Alfredo Castello, Skirmantas Kriaucionis, Jane A. McKeating, Xin Lu, Chun-Xiao Song
Pubblicato in: Nature Methods, Numero 21, 2024, Pagina/e 2024-2033, ISSN 1548-7091
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-024-02439-8

Other (5)

Uukuniemi virus infection causes a pervasive remodelling of the RNA-binding proteome in tick cells

Autori: Alexandra Wilson, Wael Kamel, Kelsey Davies, Zaydah R. De Laurent, Rozeena Arif, Lesley Bell-Sakyi, Douglas Lamont, Yana Demyanenko, Marko Noerenberg, Alain Kohl, Shabaz Mohammed, Alfredo Castello, Benjamin Brennan
Pubblicato in: BioRxiv, Numero Preprint, 2024
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.09.06.611624

Compositional analysis of Sindbis virus ribonucleoproteins reveals an extensive co-opting of key nuclear RNA-binding proteins

Autori: Wael Kamel, Vincenzo Ruscica, Manuel Garcia Moreno, Natasha Palmalux, Louisa Iselin, Maximilian Hannan, Aino Jarvelin, Marko Noerenberg, Samantha Moore, Andres Merits, Ilan Davis, Javier Martinez, Shabaz Mohammed, Alfredo Castello
Pubblicato in: BioRxiv, Numero Preprint, 2023
Editore: BioRxiv
DOI: 10.1101/2021.10.06.463336

XRN1 supplies free nucleotides to feed alphavirus replication

Autori: Vincenzo Ruscica, Louisa Iselin, Ryan Hull, Azman Embarc-Buh, Samyukta Narayanan, Natasha Palmalux, Namah Raut, Quan Gu, Honglin Chen, Marko Noerenberg, Zaydah R. de Laurent, Josmi Joseph, Michelle Noble, Catia Igreja, David L. Robertson, Joseph Hughes, Shabaz Mohammed, Vicent Pelechano, Ilan Davis, Alfredo Castello
Pubblicato in: BioRxiv, Numero Preprint, 2024
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.12.09.625895

Incorporation of genome-bound cellular proteins into HIV-1 particles regulates viral infection

Autori: Manuel Garcia-Moreno, Robin Truman, Honglin Chen, Louisa Iselin, Caroline E. Lenz, Jeffrey Y. Lee, Kate Dicker, Marko Noerenberg, Thibault J.M. Sohier, Natasha Palmalux, Aino I. Järvelin, Wael Kamel, Vincenzo Ruscica, Emiliano P. Ricci, Ilan Davis, Shabaz Mohammed and Alfredo Castello
Pubblicato in: BioRxiv, Numero Preprint, 2023
Editore: BioRxiv
DOI: 10.1101/2023.06.14.544764

The molecular dissection of TRIM25‘s RNA-binding mechanism provides key insights into its antiviral activity

Autori: Lucía Álvarez, Kevin Haubrich, Louisa Iselin, Laurent Gillioz, Vincenzo Ruscica, Karine Lapouge. Sandra Augsten, Ina Huppertz, Nila Roy Choudhury, Bernd Simon, Pawel Masiewicz, Mathilde Lethier, Stephen Cusack, Katrin Rittinger, Frank Gabel, Alexander Leitner, Gracjan Michlewski, Matthias W. Hentze, Frédéric H. T. Allain, Alfredo Castello, Janosch Hennig
Pubblicato in: Research Square, Numero Preprint, 2023
Editore: Research Scuare
DOI: 10.21203/rs.3.rs-3692619/v1