Towards the discovery of cellular RNA-binding proteins with master regulatory roles in virus infection

Información del proyecto

vRNP-capture

Identificador del acuerdo de subvención: 101001634

DOI

10.3030/101001634

Fecha de la firma de la CE 11 Marzo 2021

Fecha de inicio 1 Diciembre 2021

Fecha de finalización 30 Noviembre 2027

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 999 916,00

Aportación de la UE

€ 1 999 916,00

Coordinado por

UNIVERSITY OF GLASGOW
United Kingdom

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Resultado final

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Publicaciones

Peer reviewed articles (7)

The molecular dissection of TRIM25’s RNA-binding mechanism provides key insights into its antiviral activity

Autores: Lucía Álvarez, Kevin Haubrich, Louisa Iselin, Laurent Gillioz, Vincenzo Ruscica, Karine Lapouge, Sandra Augsten, Ina Huppertz, Nila Roy Choudhury, Bernd Simon, Pawel Masiewicz, Mathilde Lethier, Stephen Cusack, Katrin Rittinger, Frank Gabel, Alexander Leitner, Gracjan Michlewski, Matthias W. Hentze, Frédéric H. T. Allain, Alfredo Castello, Janosch Hennig
Publicado en: Nature Communications, Edición 15, 2024, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-52918-x

Alphavirus infection triggers selective cytoplasmic translocation of nuclear RBPs with moonlighting antiviral roles

Autores: Wael Kamel, Vincenzo Ruscica, Azman Embarc-Buh, Zaydah R. de Laurent, Manuel Garcia-Moreno, Yana Demyanenko, Richard J. Orton, Marko Noerenberg, Meghana Madhusudhan, Louisa Iselin, Aino I. Järvelin, Maximilian Hannan, Eduardo Kitano, Samantha Moore, Andres Merits, Ilan Davis, Shabaz Mohammed, Alfredo Castello
Publicado en: Molecular Cell, Edición 84, 2024, Página(s) 4896-4911.e7, ISSN 1097-2765
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2024.11.015

Melanoma RBPome identification reveals PDIA6 as an unconventional RNA-binding protein involved in metastasis

Autores: Neus Mestre-Farràs; Santiago Guerrero; Nadine Bley; Ezequiel Rivero; Olga Coll; Eva Borràs; Eduard Sabidó; Alberto Indacochea; Carlos Casillas-Serra; Aino I Järvelin; Baldomero Oliva; Alfredo Castello; Stefan Hüttelmaier; Fátima Gebauer
Publicado en: Nuc Acid Res, Edición Journal, 2022, ISSN 1362-4962
Editor: Nucleic Acids Res
DOI: 10.1093/nar/gkac605

Exploring the expanding universe of host-virus interactions mediated by viral RNA

Autores: Alfredo Castello, Lucía Álvarez, Wael Kamel, Louisa Iselin, Janosch Hennig
Publicado en: Molecular Cell, Edición 84, 2024, Página(s) 3706-3721, ISSN 1097-2765
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2024.08.027

Uncovering viral RNA-host cell interactions on a proteome-wide scale

Autores: Louisa Iselin, Natasha Palmalux, Wael Kamel, Peter Simmonds, Shabaz Mohammed, Alfredo Castello
Publicado en: Trends Biochem Sci, Edición Journal, 2022, ISSN 0968-0004
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tibs.2021.08.002

Repurposed 3D Printer Allows Economical and Programmable Fraction Collection for Proteomics of Nanogram Scale Samples

Autores: Eduardo S. Kitano, Gareth Nisbet, Yana Demyanenko, Katarzyna M Kowalczyk, Louisa Iselin, Stephen Cross, Alfredo Castello, and Shabaz Mohammed
Publicado en: Anal Chem, Edición Journal, 2024, ISSN 0003-2700
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.4c01731

Absolute quantitative and base-resolution sequencing reveals comprehensive landscape of pseudouridine across the human transcriptome

Autores: Haiqi Xu, Linzhen Kong, Jingfei Cheng, Khatoun Al Moussawi, Xiufei Chen, Aleema Iqbal, Peter A. C. Wing, James M. Harris, Senko Tsukuda, Azman Embarc-Buh, Guifeng Wei, Alfredo Castello, Skirmantas Kriaucionis, Jane A. McKeating, Xin Lu, Chun-Xiao Song
Publicado en: Nature Methods, Edición 21, 2024, Página(s) 2024-2033, ISSN 1548-7091
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-024-02439-8

Other (5)

Uukuniemi virus infection causes a pervasive remodelling of the RNA-binding proteome in tick cells

Autores: Alexandra Wilson, Wael Kamel, Kelsey Davies, Zaydah R. De Laurent, Rozeena Arif, Lesley Bell-Sakyi, Douglas Lamont, Yana Demyanenko, Marko Noerenberg, Alain Kohl, Shabaz Mohammed, Alfredo Castello, Benjamin Brennan
Publicado en: BioRxiv, Edición Preprint, 2024
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.09.06.611624

Compositional analysis of Sindbis virus ribonucleoproteins reveals an extensive co-opting of key nuclear RNA-binding proteins

Autores: Wael Kamel, Vincenzo Ruscica, Manuel Garcia Moreno, Natasha Palmalux, Louisa Iselin, Maximilian Hannan, Aino Jarvelin, Marko Noerenberg, Samantha Moore, Andres Merits, Ilan Davis, Javier Martinez, Shabaz Mohammed, Alfredo Castello
Publicado en: BioRxiv, Edición Preprint, 2023
Editor: BioRxiv
DOI: 10.1101/2021.10.06.463336

XRN1 supplies free nucleotides to feed alphavirus replication

Autores: Vincenzo Ruscica, Louisa Iselin, Ryan Hull, Azman Embarc-Buh, Samyukta Narayanan, Natasha Palmalux, Namah Raut, Quan Gu, Honglin Chen, Marko Noerenberg, Zaydah R. de Laurent, Josmi Joseph, Michelle Noble, Catia Igreja, David L. Robertson, Joseph Hughes, Shabaz Mohammed, Vicent Pelechano, Ilan Davis, Alfredo Castello
Publicado en: BioRxiv, Edición Preprint, 2024
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.12.09.625895

Incorporation of genome-bound cellular proteins into HIV-1 particles regulates viral infection

Autores: Manuel Garcia-Moreno, Robin Truman, Honglin Chen, Louisa Iselin, Caroline E. Lenz, Jeffrey Y. Lee, Kate Dicker, Marko Noerenberg, Thibault J.M. Sohier, Natasha Palmalux, Aino I. Järvelin, Wael Kamel, Vincenzo Ruscica, Emiliano P. Ricci, Ilan Davis, Shabaz Mohammed and Alfredo Castello
Publicado en: BioRxiv, Edición Preprint, 2023
Editor: BioRxiv
DOI: 10.1101/2023.06.14.544764

The molecular dissection of TRIM25‘s RNA-binding mechanism provides key insights into its antiviral activity

Autores: Lucía Álvarez, Kevin Haubrich, Louisa Iselin, Laurent Gillioz, Vincenzo Ruscica, Karine Lapouge. Sandra Augsten, Ina Huppertz, Nila Roy Choudhury, Bernd Simon, Pawel Masiewicz, Mathilde Lethier, Stephen Cusack, Katrin Rittinger, Frank Gabel, Alexander Leitner, Gracjan Michlewski, Matthias W. Hentze, Frédéric H. T. Allain, Alfredo Castello, Janosch Hennig
Publicado en: Research Square, Edición Preprint, 2023
Editor: Research Scuare
DOI: 10.21203/rs.3.rs-3692619/v1