Skip to main content
Przejdź do strony domowej Komisji Europejskiej (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
polski polski
CORDIS - Wyniki badań wspieranych przez UE
CORDIS

The evolutionary dynamics of pathogen emergence and establishment: from Reservoir Detection to Outbreak Control

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

SPREAD 4: online visualisation of pathogen phylogeographic reconstructions (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Kanika D Nahata, Filip Bielejec, Juan Monetta, Simon Dellicour, Andrew Rambaut, Marc A Suchard, Guy Baele, Philippe Lemey
Opublikowane w: Virus Evolution, 2022, ISSN 2057-1577
Wydawca: Oxford Academic
DOI: 10.1093/ve/veac088

The emergence of SARS-CoV-2 in Europe and North America. (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Michael Worobey; Jonathan Pekar; Brendan B. Larsen; Martha I. Nelson; Verity Hill; Jeffrey B. Joy; Andrew Rambaut; Marc A. Suchard; Joel O. Wertheim; Philippe Lemey
Opublikowane w: Science, Numer 11, 2020, ISSN 0036-8075
Wydawca: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.abc8169

Large-scale inference of correlation among mixed-type biological traits with phylogenetic multivariate probit models (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Zhenyu Zhang; Akihiko Nishimura; Paul Bastide; Xiang Ji; Rebecca Payne; Philip J. R. Goulder; Philippe Lemey; Marc A. Suchard
Opublikowane w: https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03254483, Numer 18, 2021, ISSN 1932-6157
Wydawca: Institute of Mathematical Statistics
DOI: 10.1214/20-aoas1394

Global spatial dynamics and vaccine-induced fitness changes of Bordetella pertussis. (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Noémie Lefrancq; Valérie Bouchez; Nadia Fernandes; Alex-Mikael Barkoff; Thijs Bosch; Tine Dalby; Thomas Åkerlund; Jessica Darenberg; Katerina Fabianova; Didrik F. Vestrheim; Norman K. Fry; Juan José González-López; Karolina Gullsby; Adele Habington; Qiushui He; David Litt; Helena Martini; Denis Piérard; Paola Stefanelli; Marc Stegger; Jana Zavadilova; Nathalie Armatys; Annie Landier; Sophie
Opublikowane w: Science Translational Medicine, Numer 14, 2022, ISSN 1946-6234
Wydawca: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.17863/cam.82478

Bayesian Phylogeographic Analysis Incorporating Predictors and Individual Travel Histories in BEAST. (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Samuel L. Hong; Philippe Lemey; Marc A. Suchard; Guy Baele
Opublikowane w: Curr Protoc, Numer 7, 2021, ISSN 1934-3396
Wydawca: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/cpz1.98

Predicting the evolution of Lassa Virus endemic area and population at risk over the next decades (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Raphaëlle Klitting; Liana E. Kafetzopoulou; Liana E. Kafetzopoulou; W. Thiery; G. Dudas; Sophie Gryseels; A. Kotamarthi; Bram Vrancken; Karthik Gangavarapu; Mambu Momoh; J. Demby Sandy; Augustine Goba; F. Alhasan; Don Grant; Robert F. Garry; Allison R. Smither; Mark Zeller; Matthias Pauthner; Michelle McGraw; Laura D. Hughes; Sophie Duraffour; Stephan Günther; Marc A. Suchard; Marc A. Suchard; P
Opublikowane w: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2021.09.22.461380

Untangling introductions and persistence in COVID-19 resurgence in Europe (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Philippe Lemey, Nick Ruktanonchai, Samuel L. Hong, Vittoria Colizza, Chiara Poletto, Frederik Van den Broeck, Mandev S. Gill, Xiang Ji, Anthony Levasseur, Bas B. Oude Munnink, Marion Koopmans, Adam Sadilek, Shengjie Lai, Andrew J. Tatem, Guy Baele, Marc A. Suchard, Simon Dellicour
Opublikowane w: Nature, Numer 595, 2021, Strona(/y) 713–717, ISSN 0028-0836
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-021-03754-2

Scalable Bayesian Divergence Time Estimation With Ratio Transformations (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: X., Fisher A.A., Su S., Thorne J.L., Potter B., Lemey P., Baele G., Suchard M.A
Opublikowane w: Systematic Biology, 2023, ISSN 1063-5157
Wydawca: Taylor & Francis
DOI: 10.1093/sysbio/syad039

Symptom evolution following the emergence of maize streak virus (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Adérito L Monjane, Simon Dellicour, Penelope Hartnady, Kehinde A Oyeniran, Betty E Owor, Marion Bezuidenhout, Daphné Linderme, Rizwan A Syed, Lara Donaldson, Shane Murray, Edward P Rybicki, Anders Kvarnheden, Elham Yazdkhasti, Pierre Lefeuvre, Rémy Froissart, Philippe Roumagnac, Dionne N Shepherd, Gordon W Harkins, Marc A Suchard, Philippe Lemey, Arvind Varsani, Darren P Martin
Opublikowane w: eLife, Numer 9, 2020, ISSN 2050-084X
Wydawca: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.51984

Tracking virus outbreaks in the twenty-first century (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Nathan D. Grubaugh, Jason T. Ladner, Philippe Lemey, Oliver G. Pybus, Andrew Rambaut, Edward C. Holmes, Kristian G. Andersen
Opublikowane w: Nature Microbiology, Numer 4/1, 2019, Strona(/y) 10-19, ISSN 2058-5276
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41564-018-0296-2

nosoi: A stochastic agent‐based transmission chain simulation framework in r (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Sebastian Lequime, Paul Bastide, Simon Dellicour, Philippe Lemey, Guy Baele
Opublikowane w: Methods in Ecology and Evolution, Numer 11/8, 2020, Strona(/y) 1002-1007, ISSN 2041-210X
Wydawca: John Wiley and Sons Inc.
DOI: 10.1111/2041-210x.13422

Phylogeographic and phylodynamic approaches to epidemiological hypothesis testing (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Dellicour, Simon; Lequime, Sebastian; Vrancken, Bram; Gill, Mandev S.; Bastide, Paul; Gangavarapu, Karthik; Matteson, Nate; Tan, Yi; Plessis, Louis du; Fisher, Alexander A.; Nelson, Martha I.; Gilbert, Marius; Suchard, Marc A.; Grubaugh, Nathan D.; Andersen, Kristian G.; Pybus, Oliver G.; Lemey, Philippe
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 18, 2020, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/788059

SANTA-SIM: simulating viral sequence evolution dynamics under selection and recombination. (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Abbas Jariani; Christopher Warth; Koen Deforche; Pieter Libin; Pieter Libin; Alexei J. Drummond; Alexei J. Drummond; Andrew Rambaut; Frederick A. Matsen; Kristof Theys
Opublikowane w: Virus Evolution, Numer 19, 2019, ISSN 2057-1577
Wydawca: Oxford Academic
DOI: 10.1093/ve/vez003

Advances in Visualization Tools for Phylogenomic and Phylodynamic Studies of Viral Diseases (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Kristof Theys; Philippe Lemey; Anne-Mieke Vandamme; Guy Baele
Opublikowane w: Frontiers in Public Health, Vol 7 (2019), Numer 17, 2019, ISSN 2296-2565
Wydawca: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fpubh.2019.00208

Genomic assessment of invasion dynamics of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Tsui, Joseph L-H; McCrone, John T; Lambert, Ben; Bajaj, Sumali; Inward, Rhys PD; Bosetti, Paolo; Pena, Rosario Evans; Tegally, Houriiyah; Hill, Verity; Zarebski, Alexander E; Peacock, Thomas P; Liu, Luyang; Wu, Neo; Davis, Megan; Bogoch, Isaac I; Khan, Kamran; Kall, Meaghan; Aziz, Nurin Iwani Binti Abdul; Colquhoun, Rachel; O'Toole, Aine; Jackson, Ben; Dasgupta, Abhishek; Wilkinson, Eduan; de Oliv
Opublikowane w: Science, 2023, ISSN 0036-8075
Wydawca: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.adg660

Efficient Bayesian inference of general Gaussian models on large phylogenetic trees (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Paul Bastide; Lam Si Tung Ho; Guy Baele; Philippe Lemey; Marc A. Suchard
Opublikowane w: Annals of Applied Statistics, Numer 15(2), 2021, ISSN 1932-6157
Wydawca: Institute of Mathematical Statistics
DOI: 10.1214/20-aoas1419

Recent advances in computational phylodynamics (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Guy Baele, Simon Dellicour, Marc A Suchard, Philippe Lemey, Bram Vrancken
Opublikowane w: Current Opinion in Virology, Numer 31, 2018, Strona(/y) 24-32, ISSN 1879-6257
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.coviro.2018.08.009

Reconstruction of SARS-CoV-2 outbreaks in a primary school using epidemiological and genomic data. (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Kremer C., Torneri A., Libin P.J.K., Meex C., Hayette M.P., Bontems S., Durkin K., Artesi M., Bours V., Lemey P., Darcis G., Hens N., Meuris C
Opublikowane w: Epidemics, 2023, ISSN 1755-4365
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.epidem.2023.100701

Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVID-19 pandemic (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Maciej F. Boni, Philippe Lemey, Xiaowei Jiang, Tommy Tsan-Yuk Lam, Blair W. Perry, Todd A. Castoe, Andrew Rambaut, David L. Robertson
Opublikowane w: Nature Microbiology, 2020, ISSN 2058-5276
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41564-020-0771-4

Increasing importance of European lineages in seeding the hepatitis C virus subtype 1a epidemic in Spain (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Ana Belén Pérez; Bram Vrancken; Natalia Chueca; Antonio Aguilera; Gabriel Reina; Miguel Garcia del Toro; Francisco Vera; Miguel Angel Von Wichman; Juan Arenas; Francisco Téllez; Juan A. Pineda; Mohamed Omar; Enrique Bernal; Antonio Rivero-Juárez; Elisa Fernández-Fuertes; Alberto de la Iglesia; Juan Manuel Pascasio; Philippe Lemey; Federico García; Lize Cuypers
Opublikowane w: Eurosurveillance, Numer 2, 2019, ISSN 1560-7917
Wydawca: ECDC
DOI: 10.2807/1560-7917.es.2019.24.9.1800227

Data Integration in Bayesian Phylogenetics (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Hassler, G.W., Magee, A.F., Zhang, Z., Baele, G., Lemey P., Ji, X., Fourment, M. and Suchard, M.A.
Opublikowane w: Annual Review of Statistics and Its Application, Numer 10(1), 2023, Strona(/y) 353-377, ISSN 2326-8298
Wydawca: Annual Reviews
DOI: 10.1146/annurev-statistics-033021-112532

Temporal signal and the phylodynamic threshold of SARS-CoV-2 (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Sebastián Duchêne; Leo Featherstone; Melina Haritopoulou-Sinanidou; Andrew Rambaut; Philippe Lemey; Guy Baele
Opublikowane w: Virus Evolution, Numer 10, 2020, ISSN 2057-1577
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/ve/veaa061

Inferring Phenotypic Trait Evolution on Large Trees With Many Incomplete Measurements (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Gabriel W. Hassler; Max R. Tolkoff; William L. Allen; Lam Si Tung Ho; Philippe Lemey; Marc A. Suchard
Opublikowane w: Journal of the American Statistical Association, Numer vol 117, iss 538, 2022, ISSN 0162-1459
Wydawca: American Statistical Association
DOI: 10.1080/01621459.2020.1799812

The emergence and ongoing convergent evolution of the N501Y lineages coincides with a major global shift in the SARS-CoV-2 selective landscape. (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Darren P, Martin; Steven, Weaver; Houryiah, Tegally; Emmanuel James, San; Stephen D, Shank; Eduan, Wilkinson; Alexander G, Lucaci; Jennifer, Giandhari; Sureshnee, Naidoo; Yeshnee, Pillay; Lavanya, Singh; Richard J, Lessells; Ravindra K, Gupta; Joel O, Wertheim; Anton, Nekturenko; Ben, Murrell; Gordon W, Harkins; Philippe, Lemey; Oscar A, MacLean; David L, Robertson; Tulio, de Oliveira; Sergei L, K
Opublikowane w: Cell, Numer Volume 184, Numer 20, 2021, Strona(/y) 5189-5200.e7, ISSN 0092-8674
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1101/2021.02.23.21252268

Accelerating Bayesian inference of dependency between complex biological traits (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Zhang, Zhenyu; Nishimura, Akihiko; Trovão, Nídia S.; Cherry, Joshua L.; Holbrook, Andrew J.; Ji, Xiang; Lemey, Philippe; Suchard, Marc A.
Opublikowane w: Plos Computational Biology, Numer 3, 2023, ISSN 1553-734X
Wydawca: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1011419

Molecular detection and genomic characterization of diverse hepaciviruses in African rodents (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Magda Bletsa, Bram Vrancken, Sophie Gryseels, Ine Boonen, Antonios Fikatas, Yiqiao Li, Anne Laudisoit, Sebastian Lequime, Josef Bryja, Rhodes Makundi, Yonas Meheretu, Benjamin Dudu Akaibe, Sylvestre Gambalemoke Mbalitini, Frederik Van de Perre, Natalie Van Houtte, Jana Těšíková, Elke Wollants, Marc Van Ranst, Oliver G Pybus, Jan Felix Drexler, Erik Verheyen, H
Opublikowane w: Virus Evolution, Numer Volume 7, Numer 1, 2021, Strona(/y) veab036, ISSN 2057-1577
Wydawca: Oxford Academic
DOI: 10.1093/ve/veab036

A near full-length HIV-1 genome from 1966 recovered from formalin-fixed paraffin-embedded tissue (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Sophie Gryseels, Thomas D. Watts, Jean-Marie Kabongo Mpolesha, Brendan B. Larsen, Philippe Lemey, Jean-Jacques Muyembe-Tamfum, Dirk E. Teuwen, Michael Worobey
Opublikowane w: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numer 117/22, 2020, Strona(/y) 12222-12229, ISSN 0027-8424
Wydawca: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1913682117

Earlier initiation of antiretroviral treatment coincides with an initial control of the HIV-1 sub-subtype F1 outbreak among men-having-sex-with-men in Flanders, Belgium (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Lore Vinken; Katrien Fransen; Lize Cuypers; Ivailo Alexiev; Claudia Balotta; Laurent Debaisieux; Carole Seguin-Devaux; Sergio García Ribas; Perpétua Gomes; Perpétua Gomes; Francesca Incardona; Rolf Kaiser; Jean Ruelle; Murat Sayan; Murat Sayan; Simona Paraschiv; Roger Paredes; Martine Peeters; Anders Sönnerborg; Ellen Vancutsem; Anne-Mieke Vandamme; Anne-Mieke Vandamme; Sigi Van den Wijngaert;
Opublikowane w: ISSN: 1664-302X, Numer 10, 2019, ISSN 1664-302X
Wydawca: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2019.00613

Genomic Epidemiology of 2015–2016 Zika Virus Outbreak in Cape Verde (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Oumar Faye, Maria de Lourdes Monteiro, Bram Vrancken, Matthieu Prot, Sebastian Lequime, Maryam Diarra, Oumar Ndiaye, Tomas Valdez, Sandra Tavarez, Jessica Ramos, Silvânia da Veiga Leal, Cecilio Pires, Antonio Moreira, Maria Filomena Tavares, Linete Fernandes, Jorge Noel Barreto, Maria do Céu Teixeira, Maria da Luz de Lima Mendonça, Carolina Cardoso da Silva Leite Gomes, Mariano Salazar Castello
Opublikowane w: Emerging Infectious Diseases, Numer 26/6, 2020, Strona(/y) 1084-1090, ISSN 1080-6040
Wydawca: US National Center for Infectious Diseases
DOI: 10.3201/eid2606.190928

Genomic and epidemiological monitoring of yellow fever virus transmission potential (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: N. R. Faria, M. U. G. Kraemer, S. C. Hill, J. Goes de Jesus, R. S. Aguiar, F. C. M. Iani, J. Xavier, J. Quick, L. du Plessis, S. Dellicour, J. Thézé, R. D. O. Carvalho, G. Baele, C.-H. Wu, P. P. Silveira, M. B. Arruda, M. A. Pereira, G. C. Pereira, J. Lourenço, U. Obolski, L. Abade, T. I. Vasylyeva, M. Giovanetti, D. Yi, D. J. Weiss, G. R. W. Wint, F. M. Shearer, S. Funk, B. Nikolay, V. Fonseca
Opublikowane w: Science, Numer 361/6405, 2018, Strona(/y) 894-899, ISSN 0036-8075
Wydawca: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aat7115

Bayesian phylogenetic and phylodynamic data integration using BEAST 1.10 (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Marc A Suchard, Philippe Lemey, Guy Baele, Daniel L Ayres, Alexei J Drummond, Andrew Rambaut
Opublikowane w: Virus Evolution, Numer 4/1, 2018, ISSN 2057-1577
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/ve/vey016

Phylodynamic assessment of intervention strategies for the West African Ebola virus outbreak (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Simon Dellicour, Guy Baele, Gytis Dudas, Nuno R. Faria, Oliver G. Pybus, Marc A. Suchard, Andrew Rambaut, Philippe Lemey
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 9/1, 2018, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-03763-2

Metagenomic sequencing at the epicenter of the Nigeria 2018 Lassa fever outbreak (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: L. E. Kafetzopoulou, S. T. Pullan, P. Lemey, M. A. Suchard, D. U. Ehichioya, M. Pahlmann, A. Thielebein, J. Hinzmann, L. Oestereich, D. M. Wozniak, K. Efthymiadis, D. Schachten, F. Koenig, J. Matjeschk, S. Lorenzen, S. Lumley, Y. Ighodalo, D. I. Adomeh, T. Olokor, E. Omomoh, R. Omiunu, J. Agbukor, B. Ebo, J. Aiyepada, P. Ebhodaghe, B. Osiemi, S. Ehikhametalor, P. Akhilomen, M. Airende, R. Esumeh,
Opublikowane w: Science, Numer 363/6422, 2019, Strona(/y) 74-77, ISSN 0036-8075
Wydawca: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aau9343

Transmission dynamics of re-emerging rabies in domestic dogs of rural China (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Huaiyu Tian, Yun Feng, Bram Vrancken, Bernard Cazelles, Hua Tan, Mandev S. Gill, Qiqi Yang, Yidan Li, Weihong Yang, Yuzhen Zhang, Yunzhi Zhang, Philippe Lemey, Oliver G. Pybus, Nils Chr. Stenseth, Hailin Zhang, Simon Dellicour
Opublikowane w: PLOS Pathogens, Numer 14/12, 2018, Strona(/y) e1007392, ISSN 1553-7374
Wydawca: PLoS
DOI: 10.1371/journal.ppat.1007392

On the importance of negative controls in viral landscape phylogeography (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Simon Dellicour, Bram Vrancken, Nídia S Trovão, Denis Fargette, Philippe Lemey
Opublikowane w: Virus Evolution, Numer 4/2, 2018, ISSN 2057-1577
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/ve/vey023

Discovery and genome characterization of three new Jeilongviruses, a lineage of paramyxoviruses characterized by their unique membrane proteins (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Bert Vanmechelen, Magda Bletsa, Lies Laenen, Ana Rita Lopes, Valentijn Vergote, Leen Beller, Ward Deboutte, Miša Korva, Tatjana Avšič Županc, Joëlle Goüy de Bellocq, Sophie Gryseels, Herwig Leirs, Philippe Lemey, Bram Vrancken, Piet Maes
Opublikowane w: BMC Genomics, Numer 19/1, 2018, ISSN 1471-2164
Wydawca: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12864-018-4995-0

Accurate quantification of within- and between-host HBV evolutionary rates requires explicit transmission chain modelling (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Bram Vrancken, Marc A Suchard, Philippe Lemey
Opublikowane w: Virus Evolution, Numer 3/2, 2017, ISSN 2057-1577
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/ve/vex028

Posterior Summarization in Bayesian Phylogenetics Using Tracer 1.7 (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Andrew Rambaut, Alexei J Drummond, Dong Xie, Guy Baele, Marc A Suchard
Opublikowane w: Systematic Biology, Numer 67/5, 2018, Strona(/y) 901-904, ISSN 1063-5157
Wydawca: Taylor & Francis
DOI: 10.1093/sysbio/syy032

Bayesian Inference of Evolutionary Histories under Time-Dependent Substitution Rates (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Jade Vincent Membrebe, Marc A Suchard, Andrew Rambaut, Guy Baele, Philippe Lemey
Opublikowane w: Molecular Biology and Evolution, Numer 36/8, 2019, Strona(/y) 1793-1803, ISSN 0737-4038
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msz094

BEAGLE 3: Improved Performance, Scaling, and Usability for a High-Performance Computing Library for Statistical Phylogenetics (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Daniel L Ayres, Michael P Cummings, Guy Baele, Aaron E Darling, Paul O Lewis, David L Swofford, John P Huelsenbeck, Philippe Lemey, Andrew Rambaut, Marc A Suchard
Opublikowane w: Systematic Biology, Numer 68/6, 2019, Strona(/y) 1052-1061, ISSN 1063-5157
Wydawca: Taylor & Francis
DOI: 10.1093/sysbio/syz020

HIV Rebound Is Predominantly Fueled by Genetically Identical Viral Expansions from Diverse Reservoirs (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Marie-Angélique De Scheerder, Bram Vrancken, Simon Dellicour, Timothy Schlub, Eunok Lee, Wei Shao, Sofie Rutsaert, Chris Verhofstede, Tessa Kerre, Thomas Malfait, Dimitri Hemelsoet, Marc Coppens, Annemieke Dhondt, Danny De Looze, Frank Vermassen, Philippe Lemey, Sarah Palmer, Linos Vandekerckhove
Opublikowane w: Cell Host & Microbe, Numer 26/3, 2019, Strona(/y) 347-358.e7, ISSN 1931-3128
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chom.2019.08.003

Divergence dating using mixed effects clock modelling: An application to HIV-1 (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Magda Bletsa, Marc A Suchard, Xiang Ji, Sophie Gryseels, Bram Vrancken, Guy Baele, Michael Worobey, Philippe Lemey
Opublikowane w: Virus Evolution, Numer 5/2, 2019, ISSN 2057-1577
Wydawca: Oxford University Presss
DOI: 10.1093/ve/vez036

Online Bayesian phylodynamic inference in BEAST with application to epidemic reconstruction (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Mandev S Gill, Philippe Lemey, Marc A Suchard, Andrew Rambaut, Guy Baele
Opublikowane w: Molecular Biology and Evolution, 2020, ISSN 0737-4038
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msaa047

In Search of Covariates of HIV-1 Subtype B Spread in the United States—A Cautionary Tale of Large-Scale Bayesian Phylogeography (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Samuel L. Hong, Simon Dellicour, Bram Vrancken, Marc A. Suchard, Michael T. Pyne, David R. Hillyard, Philippe Lemey, Guy Baele
Opublikowane w: Viruses, Numer 12/2, 2020, Strona(/y) 182, ISSN 1999-4915
Wydawca: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v12020182

Assessing the role of live poultry trade in community-structured transmission of avian influenza in China (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Qiqi Yang, Xiang Zhao, Philippe Lemey, Marc A. Suchard, Yuhai Bi, Weifeng Shi, Di Liu, Wenbao Qi, Guogang Zhang, Nils Chr. Stenseth, Oliver G. Pybus, Huaiyu Tian
Opublikowane w: Proceedings of the National Academy of Sciences, 2020, Strona(/y) 201906954, ISSN 0027-8424
Wydawca: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1906954117

Distinct rates and patterns of spread of the major HIV-1 subtypes in Central and East Africa (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Nuno R. Faria, Nicole Vidal, José Lourenco, Jayna Raghwani, Kim C. E. Sigaloff, Andy J. Tatem, David A. M. van de Vijver, Andrea-Clemencia Pineda-Peña, Rebecca Rose, Carole L. Wallis, Steve Ahuka-Mundeke, Jean-Jacques Muyembe-Tamfum, Jérémie Muwonga, Marc A. Suchard, Tobias F. Rinke de Wit, Raph L. Hamers, Nicaise Ndembi, Guy Baele, Martine Peeters, Oliver G. Pybus, Philippe Lemey, Simon Delli
Opublikowane w: PLOS Pathogens, Numer 15/12, 2019, Strona(/y) e1007976, ISSN 1553-7374
Wydawca: PLoS
DOI: 10.1371/journal.ppat.1007976

Disentangling the role of Africa in the global spread of H5 highly pathogenic avian influenza (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Alice Fusaro, Bianca Zecchin, Bram Vrancken, Celia Abolnik, Rose Ademun, Abdou Alassane, Abdelsatar Arafa, Joseph Adongo Awuni, Emmanuel Couacy-Hymann, M.’ Bétiégué Coulibaly, Nicolas Gaidet, Emilie Go-Maro, Tony Joannis, Simon Dickmu Jumbo, Germaine Minoungou, Clement Meseko, Maman Moutari Souley, Deo Birungi Ndumu, Ismaila Shittu, Augustin Twabela, Abel Wade, Lidewij Wiersma, Yao P. Akpeli,
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-13287-y

Natural selection in the evolution of SARS-CoV-2 in bats created a generalist virus and highly capable human pathogen. (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Oscar A. MacLean; Spyros Lytras; Steven Weaver; Joshua B Singer; Maciej F. Boni; Philippe Lemey; Sergei L Kosakovsky Pond; David Robertson
Opublikowane w: PLoS Biology, Numer Vol 19, Iss 3, 2021, Strona(/y) e3001115, ISSN 1544-9173
Wydawca: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001115

Principled, practical, flexible, fast: A new approach to phylogenetic factor analysis (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Gabriel W. Hassler; Brigida Gallone; Leandro Aristide; William L. Allen; Max R. Tolkoff; Andrew J. Holbrook; Guy Baele; Philippe Lemey; Marc A. Suchard
Opublikowane w: Methods in ecology and evolution, Numer 13, 2023, ISSN 2041-210X
Wydawca: John Wiley and Sons Inc.
DOI: 10.1111/2041-210x.13920

Gradients do grow on trees: a linear-time ${\cal O}\hspace{-0.2em}\left( N \right)$-dimensional gradient for statistical phylogenetics (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Ji, Xiang; Zhang, Zhenyu; Holbrook, Andrew; Nishimura, Akihiko; Baele, Guy; Rambaut, Andrew; Lemey, Philippe; Suchard, Marc A.
Opublikowane w: Molecular Biology and Evolution, 2020, ISSN 1537-1719
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msaa130

Uncovering the endemic circulation of rabies in Cambodia (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Layan M., Dacheux L, Lemey P., Brunker K., Ma L., Troupin C., Dussart P., Chevalier V., Wood J.L.N., Ly S., Duong V., Bourhy H., Dellicour S
Opublikowane w: Molecular Ecology, 2022, ISSN 1365-294X
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd
DOI: 10.1111/mec.17087

Phylogeography of Lassa Virus in Nigeria (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Deborah U. Ehichioya, Simon Dellicour, Meike Pahlmann, Toni Rieger, Lisa Oestereich, Beate Becker-Ziaja, Daniel Cadar, Yemisi Ighodalo, Thomas Olokor, Emmanuel Omomoh, Jennifer Oyakhilome, Racheal Omiunu, Jacqueline Agbukor, Benevolence Ebo, John Aiyepada, Paulson Ebhodaghe, Blessing Osiemi, Solomon Ehikhametalor, Patience Akhilomen, Michael Airende, Rita Esumeh, Ekene Muoebonam, Rosemary Giwa, An
Opublikowane w: Journal of Virology, Numer 93/21, 2019, ISSN 0022-538X
Wydawca: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/JVI.00929-19

Analyses of Early ZIKV Genomes Are Consistent with Viral Spread from Northeast Brazil to the Americas (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: de Moraes L., Portilho M.M., Vrancken B., Van den Broeck F., Santos L.A., Cucco M., Tauro L.B., Kikuti M., Silva M.M.O., Campos G.S., Reis M.G., Barral A., Barral-Netto M., Boaventura V.S., Vandamme A.M., Theys K., Lemey P., Ribeiro G.S. and Khouri R
Opublikowane w: Viruses, 2023, ISSN 1999-4915
Wydawca: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v15061236

Scalable Bayesian phylogenetics (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Alexander A. Fisher; Gabriel W. Hassler; Xiang Ji; Guy Baele; Marc A. Suchard; Philippe Lemey
Opublikowane w: PHILOSOPHICAL TRANSACTIONS OF THE ROYAL SOCIETY B, Numer Volume 377Numer 1861, 2022, ISSN 0962-8436
Wydawca: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2021.0242

Hamiltonian Monte Carlo sampling to estimate past population dynamics using the skygrid coalescent model in a Bayesian phylogenetics framework. (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Baele, Guy; Gill, Mandev S.; Lemey, Philippe; Suchard, Marc A.
Opublikowane w: Wellcome Open Research, Numer 4, 2020, ISSN 2398-502X
Wydawca: F1000 Research
DOI: 10.12688/wellcomeopenres.15770.1

Bayesian Evaluation of Temporal Signal in Measurably Evolving Populations (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Sebastian Duchene, Philippe Lemey, Tanja Stadler, Simon Y W Ho, David A Duchene, Vijaykrishna Dhanasekaran, Guy Baele
Opublikowane w: Molecular Biology and Evolution, Numer 06 July 2020, 2020, ISSN 0737-4038
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msaa163

Measles virus and rinderpest virus divergence dated to the sixth century BCE (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Ariane Düx, Sebastian Lequime, Livia Victoria Patrono, Bram Vrancken, Sengül Boral, Jan F. Gogarten, Antonia Hilbig, David Horst, Kevin Merkel, Baptiste Prepoint, Sabine Santibanez, Jasmin Schlotterbeck, Marc A. Suchard, Markus Ulrich, Navena Widulin, Annette Mankertz, Fabian H. Leendertz, Kyle Harper, Thomas Schnalke, Philippe Lemey, Sébastien Calvignac-Spencer
Opublikowane w: Science, Numer 368/6497, 2020, Strona(/y) 1367-1370, ISSN 0036-8075
Wydawca: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aba9411

Comparing patterns and scales of plant virus phylogeography: Rice yellow mottle virus in Madagascar and in continental Africa (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Mbolarinosy Rakotomalala, Bram Vrancken, Agnès Pinel-Galzi, Perle Ramavovololona, Eugénie Hébrard, Jean Stéphan Randrianangaly, Simon Dellicour, Philippe Lemey, Denis Fargette
Opublikowane w: Virus Evolution, Numer 5/2, 2019, ISSN 2057-1577
Wydawca: Oxford Academic
DOI: 10.1093/ve/vez023

Relaxed random walks at scale (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Fisher, Alexander A.; Ji, Xiang; Lemey, Philippe; Suchard, Marc A.
Opublikowane w: Systematic Biology, 2021, ISSN 1063-5157
Wydawca: Taylor & Francis
DOI: 10.1093/sysbio/syaa056

Phylogenomic Characterization of Lopma Virus and Praja Virus, Two Novel Rodent-Borne Arteriviruses. (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Bert Vanmechelen; Zafeiro Zisi; Sophie Gryseels; Joëlle Goüy de Bellocq; Bram Vrancken; Philippe Lemey; Piet Maes; Magda Bletsa
Opublikowane w: Volume 13, Numer 1, 2021, ISSN 1999-4915
Wydawca: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v13091842

In Vivo Therapy with M2e-Specific IgG Selects for an Influenza A Virus Mutant with Delayed Matrix Protein 2 Expression. (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Silvie Van den Hoecke; Marlies Ballegeer; Bram Vrancken; Lei Deng; Emma R. Job; Kenny Roose; Bert Schepens; Lien Van Hoecke; Philippe Lemey; Xavier Saelens
Opublikowane w: MBIO, Numer 15, 2021, ISSN 2150-7511
Wydawca: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mbio.00745-21

Quantifying rates of HIV-1 flow between risk groups and geographic locations in Kenya: A country-wide phylogenetic study (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: George M Nduva; Frederick Otieno; Joshua Kimani; Elizabeth Wahome; Lyle R McKinnon; Francois Cholette; Maxwell Majiwa; Moses Masika; Gaudensia Mutua; Omu Anzala; Susan M Graham; Larry Gelmon; Matt A Price; Adrian D Smith; Robert C Bailey; Guy Baele; Philippe Lemey; Amin S Hassan; Eduard J Sanders; Joakim Esbjörnsson
Opublikowane w: Virus Evolution, Numer Volume 8, Numer 1, 2022, Strona(/y) veac016, ISSN 2057-1577
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/ve/veac016

Detection of Marburg Virus Disease in Guinea (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Fara R. Koundouno; Liana E. Kafetzopoulou; Martin Faye; Annick Renevey; Barrè Soropogui; Kékoura Ifono; Emily V. Nelson; Aly A. Kamano; Charles Tolno; Giuditta Annibaldis; Saa L. Millimono; Jacob Camara; Karifa Kourouma; Ahmadou Doré; Tamba E. Millimouno; Fernand M.B. Tolno; Julia Hinzmann; Hugo Soubrier; Mette Hinrichs; Anke Thielebein; Glaucia Herzer; Meike Pahlmann; Georges A. Ki-Zerbo; Pier
Opublikowane w: The New England Journal of Medicine, 2022, ISSN 0028-4793
Wydawca: Massachusetts Medical Society
DOI: 10.1056/nejmc2120183

Massive Parallelization Boosts Big Bayesian Multidimensional Scaling (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Andrew J. Holbrook, Philippe Lemey, Guy Baele, Simon Dellicour, Dirk Brockmann, Andrew Rambaut, Marc A. Suchard
Opublikowane w: Journal of Computational and Graphical Statistics, Numer 08 Jun 2020, 2020, Strona(/y) 1-14, ISSN 1061-8600
Wydawca: American Statistical Association
DOI: 10.1080/10618600.2020.1754226

Accommodating individual travel history and unsampled diversity in Bayesian phylogeographic inference of SARS-CoV-2 (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Philippe Lemey, Samuel L. Hong, Verity Hill, Guy Baele, Chiara Poletto, Vittoria Colizza, Áine O’Toole, John T. McCrone, Kristian G. Andersen, Michael Worobey, Martha I. Nelson, Andrew Rambaut & Marc A. Suchard
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 11, 2020, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-18877-9

The evolutionary history of hepaciviruses (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: YQ Li, M Ghafari, AJ Holbrook, I Boonen, N Amor, S Catalano, JP Webster, YY Li, HT Li, V Vergote, P Maes, YL Chong, A Laudisoit, P Baelo, S Ngoy, SG Mbalitini, GC Gembu, P Musaba Akawa, J Goüy de Bellocq, H Leirs, E Verheyen, OG Pybus, A Katzourakis, AN Alagaili, S Gryseels, YC Li, MA Suchard, M Bletsa, P Lemey
Opublikowane w: bioRxiv, 2023
Wydawca: Cold Spring Harbour Laboratory
DOI: 10.1101/2023.06.30.547218

The recency and geographical origins of the bat viruses ancestral to SARS-CoV and SARS-CoV-2 (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Lytras, Spyros ; Ghafari, Mahan ; Magee, Andrew F ; Parker, Edyth ; Havens, Jennifer L ; Katzourakis, Aris ; Vasylyeva, Tetyana I ; Suchard, Marc A ; Hughes, Alice C ; Hughes, Joseph ; Robertson, David L ; Dellicour, Simon ; Worobey, Michael ; Wertheim, Joel O ; Lemey, Philippe
Opublikowane w: bioArxiv, 2023
Wydawca: Cold Spring Harbour Laboratory
DOI: 10.1101/2023.07.12.548617

The International Virus Bioinformatics Meeting 2022 (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Franziska Hufsky; Denis Beslic; Dimitri Boeckaerts; Sebastian Duchene; Enrique González-Tortuero; Andreas J. Gruber; Jiarong Guo; Daan Jansen; John Juma; Kunaphas Kongkitimanon; Antoni Luque; Muriel Ritsch; Gabriel Lencioni Lovate; Luca Nishimura; Célia Pas; Esteban Domingo; Emma Hodcroft; Philippe Lemey; Matthew B. Sullivan; Friedemann Weber; Fernando González-Candelas; Sarah Krautwurst; Alba
Opublikowane w: VIRUSES, Numer 14(5), 2022, ISSN 1999-4915
Wydawca: MDPI
DOI: 10.48350/170316

Wyszukiwanie danych OpenAIRE...

Podczas wyszukiwania danych OpenAIRE wystąpił błąd

Brak wyników

Moja broszura 0 0