Wymiana danych i wiedzy oraz ujednolicenie wykorzystywanych narzędzi pomogą w skutecznej reakcji na COVID-19
Chociaż w działaniach przeciwko pandemii zjednoczyła się największa jak dotąd liczba inicjatyw naukowych, szybka i skoordynowana wymiana danych i wiedzy, która ma na celu wspomóc prace nad lekami i szczepionkami, jest utrudniona. Zespół finansowanego ze środków UE projektu ELIXIR-CONVERGE zdecydował się sprostać temu wyzwaniu, gromadząc w tym celu dane naukowe pochodzące z systemów opieki zdrowotnej z całej Europy. Zespół ELIXIR CONVERGE, Europejskie Laboratorium Biologii Molekularnej – Europejski Instytut Bioinformatyki i kilka innych podmiotów pracują nad europejską platformą danych dotyczących COVID-19, która przyspieszy zbieranie i wymianę kompleksowych danych pochodzących z różnych źródeł. Dane te wspomogą prace europejskich i światowych środowisk naukowych. Portal danych dotyczących COVID-19(odnośnik otworzy się w nowym oknie) zostanie połączony z europejską chmurą dla otwartej nauki(odnośnik otworzy się w nowym oknie). „Portal umożliwi naukowcom udostępnianie, wyświetlanie i analizowanie danych referencyjnych i specjalistycznych zestawów danych dotyczących COVID-19. Portal danych dotyczących COVID-19 stanowić będzie główny punkt dostępu do funkcji większego projektu – europejskiej platformy danych dotyczących COVID-19”, jak czytamy w sekcji „O projekcie”(odnośnik otworzy się w nowym oknie) na portalu danych. Europejska platforma danych dotyczących COVID-19 składa się z dwóch połączonych ze sobą komponentów: „centrum danych SARS-CoV-2, które będzie zarządzać przepływem danych sekwencyjnych dotyczących pandemii i umożliwi kompleksową, otwartą wymianę danych pomiędzy europejskimi i światowymi środowiskami naukowymi” i „portal danych dotyczących COVID-19, gdzie zebrane zostaną narzędzia i istotne zestawy danych dotyczących COVID-19, które będą stale aktualizowane. Portal umożliwiać będzie ponadto wymianę danych sekwencyjnych i ułatwi dostęp do innych zasobów dotyczących SARS-CoV-2”. Cytowany w komunikacie prasowym(odnośnik otworzy się w nowym oknie) dyrektor ELIXIR, dr Niklas Blomberg, mówi: „Musimy opracować uniwersalne metody, które zapewnią naukowcom dostęp do danych z różnych państw. Nawet jeśli dane będą musiały pozostać w instytucie, z którego pochodzą, nie oznacza to, że inni badacze nie mogą mieć do nich dostępu”. Jak napisano w tym samym komunikacie prasowym, dr Blomberg podkreśla, że „pandemia uwidoczniła zapotrzebowanie Europy na infrastrukturę, która zapewni naukowcom dostęp do danych dotyczących zdrowia i umożliwi ich porównywanie, co pomoże decydentom opracować skuteczniejsze strategie reakcji w przypadku przyszłych kryzysów”.
Skoordynowane działania
Realizacja projektu ELIXIR-CONVERGE (Connect and align ELIXIR Nodes to deliver sustainable FAIR life-science data management services), który wspiera prace nad portalem danych dotyczących COVID-19, potrwa do stycznia 2023 roku. Projekt powstał w celu standaryzacji zarządzania danymi dotyczącymi nauk przyrodniczych w Europie. „Początkowa faza operacyjna organizacji ELIXIR, wspierana przez projekt ELIXIR-EXCELERATE realizowany w ramach programu »Horyzont 2020« w latach 2015–2019, skupiała się na koordynacji i dostarczaniu usług bioinformatycznych przez krajowe sieci skupiające ośrodki badawcze”, jak podano na stronie projektu(odnośnik otworzy się w nowym oknie). „Przygotowało to grunt pod skoordynowaną europejską infrastrukturę dotyczącą nauk przyrodniczych. Działania te staną się podstawą dla projektu ELIXIR-CONVERGE, którego celem jest dostarczenie innego istotnego komponentu zapewniającego lokalne wsparcie w zakresie zarządzania danymi ośrodkom w całej Europie. Rozwiązanie oparte będzie na zestawie narzędzi dla naukowców, który umożliwia zarządzanie cyklem życia danych, i będzie spełniać międzynarodowe standardy”. Projekt ELIXIR-CONVERGE pomoże „stworzyć europejską federację danych, w ramach której wzajemnie powiązane krajowe infrastruktury badawcze zapewniać będą użytkownikom dostęp do dużych, zróżnicowanych i rozproszonych zestawów danych dotyczących nauk przyrodniczych”. W projekt zaangażowało się 29 instytutów z 22 państw. Więcej informacji: strona projektu ELIXIR-CONVERGE(odnośnik otworzy się w nowym oknie)